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- 梅眉辣挤诱犊 2015-09-28 00:00:00
- 一、肝组织中 DNA 的分离与鉴定【 实验目的】1 .掌握 DNA 分离纯化的原理和方法。2 .熟悉台式离心机 的使用。3. 掌握 DNA 定量技术。【 实验原理】细胞内的核酸多以核蛋白的形式存在,其中脱氧核糖核蛋白主要存在于细胞核 中,核糖核蛋白主要存在于细胞质中。这两类核蛋白在 0.14mol / L 氯化钠溶液中的溶解度相差很大,核糖核蛋白在此溶液中具有很高的溶解度,脱氧核糖核蛋白的溶解度却相当低。制成肝匀浆后,用 0 . 14mol / L 氯化钠溶液抽提,可将两种核蛋白分离。分离过程中加入少量柠檬酸钠,可YZ脱氧核糖核酸酶对 DNA 的水解作用。 SDS( 十二烷基硫酸钠 ) 能使脱氧核糖核蛋白产生解聚作用,在含有脱氧核糖核蛋白的溶液中加入 SDS , DNA 即与蛋白质分离开,用氯仿将蛋白质沉淀除去,而 DNA 溶解于水相,Z后用冷乙醇将 DNA 析出,而获得纯化的 DNA 。在氯仿中加入少量异戊醇能减少操作过程泡沫的产生,并有助于分相,使离心后的上层水相,中层变性蛋白,下层有机溶剂相维持稳定。 DNA 和 RNA 在波长 260nm 处有很高的吸收峰值,蛋白质则在 280nm 处有很高的吸收峰值。利用这个原理,测定纯化样品在 260nm 和 280nm 处的吸光度,可以推算出样品中 DNA 的浓度,并判断其纯度。在标准条件下,当 A260 = 1 时,样品中双链 DNA 浓度为 50 μg/ml ,单链 DNA 浓度为 40 μg/ml 。纯净的 DNA 样品 A260/A280 的比值约为 1.8 ,样品中含有蛋白质或其它杂质,会使 A260/A280 的比值下降。【 器材和试剂】1. 器材 玻璃匀浆器、离心机 、试管、刻度吸管、紫外可见分光光度计2. 试剂1. 0.9 %氯化钠溶液2. 10 %氯化钠溶液3. 0.14 mol/L 氯化钠溶液 ( 含 0.01 mol/L 柠檬酸钠 ) :称取氯化钠 8.182g 和柠檬酸钠 2H2O 2.941g ,用蒸馏水溶解并稀释至 1000m 14. 95 %乙醇溶液 ( 冷藏 )5. 5 %十二烷基磺酸钠 (SDS) 溶液 : 称取 25 克 SDS 溶于 500m 1 45 %乙醇6. 氯仿 - 异戊醇混合液:氯仿 : 异戊醇 =24:17. 0.1 mol/L NaOH【 操作步骤】1 .肝匀浆制备:新鲜猪肝,用 0.9 % NaCI 洗去血液,除去结缔组织,剪碎,称取 4g 肝组织,加 4ml 0.14mol / L NaCl 溶液,匀浆器中研磨,制成肝匀浆。2 .分离核蛋白:肝匀浆倒入试管中, 4000r/min 离心 5min ,上清弃去。沉淀加 2 m 1 0.14 mol/L NaCl 搅匀后再置匀浆器中研磨, 4000r/min 离心 5min ,上清弃去,沉淀重复上述操作,上清弃去,沉淀为 DNA- 蛋白质复合物。3 .沉淀中加 0.14mol/L NaCl 2.0ml ,搅匀,滴加 5 % SDS 2.0m1 ,边加边搅, 60 ℃ 水浴 10 min( 不停搅拌 ) ,冷至室温,均匀分成两管为 Bl 、 B2 。4 . B1 、 B2 管中各滴加氯仿 - 异戊醇液 4.0m 1( 边加边搅 ) ,搅至溶液颜色均匀, 3000r/min 离心 15min 。溶液分三层,上层液为水相 ( 含 DNA) ,中层为蛋白质沉淀,下层为有机相,吸取 B1 、 B2 上层液合倒于另一试管中。5 .上清液加 95 %冷乙醇 4.0m 1 ,混匀 ( 颠倒混匀法 ) , 3000r/min 离心 15min ,去上清液,沉淀为纯化 DNA 。6 . DNA 的溶解:沉淀中加入 0.1 mol/L NaOH 4.0ml ,搅拌溶解, 2000r/min 离心 10min ,上清液则为 DNA 水解液。7 . DNA 的测定:用 0.1mol/L NaOH 将样品稀释到一定浓度,以 0.1mol/L NaOH 调零,测定样品的 A260 和 A280 ,计算出每克肝组织中的 DNA 含量,并判断纯化 DNA 的纯度。【 注意事项】1 .在制备肝匀浆时,应尽量在冰冷条件下进行,并尽快加入含 0.0l mol / L 柠檬酸钠的 0.14mol/L 氯化钠溶液,以YZ脱氧核糖核酸酶 ,防止 DNA 的分解,以提高核酸得量。2 .各步骤操作应力求准确,尽量减少中途核酸的丢失,保证定量测定的准确性。3 .稀释后应该尽量使样品 A260 和 A280 处于 0.1-0.7 的范围内。二、肝组织中 RNA 的分离与鉴定【 实验目的】1 .掌握 RNA 分离纯化的原理及操作方法2 .掌握 RNA 定量技术【 实验原理】根据前面所述, DNA 和 RNA 这两类核蛋白在 0.14mol / L 氯化钠溶液中的溶解度不同,制成肝匀浆后,用 0.14mol / L 氯化钠溶液抽提,可将两种核蛋白分离 。在含有核糖核蛋白的 0.14mol / L 氯化钠溶液中,调节 pH 至 4.2 ,使其达到等点电,核糖核蛋白即从溶液中沉淀出;用热的 10 %氯化钠溶液抽提核糖核酸,Z后用冷乙醇将核糖核酸钠析出,而获得纯化的 RNA 。分离过程中注意 RNase 的活性,防止 RNA 的降解。 RNase 无处不在,且耐高温, RNA 的提取条件比 DNA 要严格得多,常采用 DEPC( 焦碳酸二乙酯 ) 来YZ RNase 的活性。样品中 RNA 的浓度及纯度测定,与前相同,在此不再赘述,纯度较高的 RNA 样品, A260/A280=1.8 ~ 2.0 ,如果 A260/A280 < 1.8, 说明样品中含有蛋白质等,可用苯酚 - 氯仿抽提除去。【 器材和试剂】1. 器材 玻璃匀浆器、离心机、紫外可见分光光度计、试管、刻度吸管2. 试剂(1) 0.9 %氯化钠溶液(2) 10 %氯化钠溶液(3) 0.14mol / L 氯化钠溶液 ( 含 0.01 mol / L 柠檬酸钠 ) :称取氯化钠 8.182g 和柠檬酸钠 ·2H2O 2.941g ,用蒸馏水溶解并稀释至 1000m 1(4) 10 %乙酸溶液(5) 95 %乙醇溶液 ( 冷藏 )(6) 0.1mol/L NaOH【 操作步骤】1 .肝匀浆制备:新鲜猪肝,用 0.9 % NaCl 洗去血液,除去结缔组织,剪碎,称取 4g 肝组织,加 4m 1 0.14mol/L NaCl 溶液,匀浆器中研磨,制成肝匀浆。2 .分离核蛋白:肝匀浆倒入试管中, 4000r/min 离心 5min ,上清倒入另一试管中为 A 管。沉淀加 2m 1 0.14mol / L NaCI 搅匀后再置匀浆器中研磨, 4000r/min 离心 5min ,上清倒入 A 管,沉淀重复上述操作,上清并入 A 管,沉淀弃去。3 . A 管用 10 %乙酸调 pH 至 4.2 ,混匀,静置 5min , 4000r/min 离心 5min ,倾去上清,沉淀含核糖核蛋白。4 . A 管沉淀中加 3m 1 10 % NaCI ,搅匀, 100 ℃ 水浴 10min( 不断搅拌,防沸溢出 ) ,冷却, 4000r/min 离心 5min ,留上清液。5 . A 管上清液加 95 %冷乙醇 5m 1 ,见乳白色核糖核酸钠沉淀,混匀放置 10min , 4000r/min 离心 15min ,沉淀为纯化 RNA 。6 . RNA 的溶解:沉淀中加入 0.1 mol/L NaOH 4.0ml ,搅拌溶解, 2000r/min 离心 10min ,上清液则为 RNA 水解液。7 . RNA 的测定:用 0.1mol/L NaOH 将样品稀释到一定浓度,以 0.1mol/L NaOH 调零,测定样品的 A260 和 A280 ,计算出每克肝组织中的 RNA 含量,并判断纯化 RNA 的纯度。【 注意事项】1 .在制备肝匀浆时 , 在进行。在冰浴中进行,全部操做过程注意YZ RNase 活性。2 .各步骤操作应力求准确,尽量减少中途核酸的丢失,保证定量测定的准确性。3 .稀释后应该尽量使样品 A260 和 A280 处于 0.1-0.7 的范围内。
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前言
MIQE是描述评估qPCR实验所需的最小信息,该指南是稿件投稿时需要同时提交的一个清单。通过作者提供相关的实验条件和实验特点,审稿人可以评价实验所用方法的可靠性。另外提供详细的实验所用试剂、序列和分析方法,其他研究人员可以利用这些信息进行重复实验。
对于核酸提取MIQE有明确要求两点——实验组与对照组的定义及每一组的样本数量。
无论采用手工法还是试剂盒,只要符合MIQE的要求并实现良好的可操作性和重现性,就是合理客观的技术方法。MIQE在该部分操作中的要求又分为两大块——样本描述和核酸提取方法。
样本描述
▶ 样本采集和处理的方法描述
▶ 样本的来源描述(宏观解剖还是激光显微切割)
▶ 样本是如何即时处理(保存条件及时间)
▶ 冷冻样本的冷冻方法和时间
核酸提取
采取的提取方法:
1)手工法:小批量经济型
2)自动化仪器:大批量高效型
按获取的物质可分为DNA和RNA:
◆ DNA:适合拷贝数变异、SNP分析等实验
◆ RNA:适合基因表达、长非编码RNA等实验
图源:网络,侵删
按提取方法分为化学法和机械破碎法:
◆ 化学法:适合采用碱裂解法的样本,质粒提取、菌类的提取
◆ 机械破碎法:比较坚硬有一定韧性的物质,动植物组织
更推荐使用合适的商品化的核酸提取试剂盒,流程标准化程度更高,质量更容易得到保证,这样在方法描述时可以更简单一些,直接引用试剂盒的生产厂家、货号和名称即可。
DNA酶或RNA酶的处理细节:
基因表达实验中,RNA模板如果存在DNA污染,会严重干扰最后的结果。因此提取RNA时要加入DNA酶将DNA消化掉,工作浓度、处理温度和时间要加以说明,同时也要加入RNase抑制剂提供保护。使用柱纯化试剂盒提取RNA时也可以在柱上进行DNA消化。同样的,提取DNA时也要将RNA消化掉,尽管残留RNA对DNA为模板的qPCR实验影响小得多。
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