代测序的3种测序方式的共同点有哪些

蔻笢D茰刑礈 2017-10-25 05:53:48 417 浏览

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sijie199396 2017-10-26 00:00:00

“普通的基因测序”应该是指“常规DNA测序”吧，是用Sanger法（也就是双脱氧法）进行测序的方法，目前非常普遍的是直接用ABI 3730xl 进行的自动测序，基本上可以做到600bp-800bp的读长。　　高通量测序的概念其实是一个相对的概念，在2000年的时候，3700、MegaBace等仪器上的测序也是高通量测序，是相对手工测序或者跑平板胶来说的。　　不过到2005年以后，高通量测序就改指第二代测序（Next generation sequencing），454、Solexa(后改为Illumina）和SOLiD等第二代测序，比3730等diyi代测序的通量提高了成千上万倍，甚至上亿倍，所以称为高通量测序。　　NGS的特点主要有：　　1、通量高。一个RUN能产生500Mb-600Gb的数据量。　　2、读长相对较短。454(约400-500bp)，llumina（100-250bp），SOLiD（75-100）。　　3、单位数据的成本非常低。现在很多项目测序的费用。已经非常低。生物信息分析成本变得更为重要了。

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有两种体细胞突变容易被忽视bai，一种是局限在特定组织的突变。举例来说，如果突变只存在于大脑，而我们检测的是血液，那就找不到这些致病突变。另一种致病性体细胞突变虽然发生在所有组织中，但是只影响一部分细胞，因此不容易被检测到。

　　普通的二代测序，全基因组或外显子组测序是将DNA分成小片段，然后对各个片段多次读取（一般是三十次）。然而，如果突变只发生在15-20%的细胞中，三十次读取还不足以可靠地捕捉到它们，尤其是当突变只影响一个基因拷贝时。

　　Walsh和博士后Saumya Jamuar通过“定向高覆盖度测序”技术，为158名脑部疾病的患者鉴定致病突变，这些患者的症状包括癫痫、智力障碍、语言障碍等。

　　研究人员并没有分析整个基因组或外显子组（所有蛋白编码基因），而是把注意力放在一系列已知或有嫌疑的基因上，并且大大提高了测序的深度。

　　在一些疾病如唐氏综合征中，嵌合突变相较于影响全身细胞的突变，产生的症状要轻一些。但是很少量的变异细胞就足以引发损害人身心健康的症状，在以往的研究中，为了从普通基因组中检测到这些突变，研究人员就不得不增加测定的序列数量。而对少数候选基因区域进行的平均300次深度测序，就可以有效辨别被误认为测序错误的突变。

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