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如何使用psipred蛋白质序列分析工作台

秋天的风190 2017-06-06 04:35:34 512  浏览
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  • 刑淑英 2017-06-07 00:00:00
    蛋白质结构研究方法进展 X-射线晶体学技术 核磁共振衍射技术 电子显微技术 质谱法 荧光共振能量转移技术(FRET) 同源建模预测蛋白质结构 酵母双杂交,三杂交 CO-IP 双向电泳 目前已经有许多蛋白质结构预测服务通过因特网对公众开放。由于结构预测技术本身的局限性,每种预测服务都各有得失。 三级结构预测(同源建模): ? 瑞士生物信息研究所 SWISS-MODEL ? 丹麦技术大学生物序列分析ZX CPHmodels ? 比利时拿摩大学 ESyPred3D ? 英国癌症研究ZX 3DJigsaw 二级结构预测(折叠识别): ? 美国哥伦比亚大学 PredictProtein ? 英国瓦卫克大学 PSIpred ? 印度昌迪加尔的微生物技术研究所 APSSP ? 欧洲生物信息研究所(EBI)Jpred ? 美国加利福尼亚大学 SSpro α-螺旋倾向性预测(从无到有): ? 欧洲分子生物学实验室(EMBL) AGADIR 参考文献: [1] Masatsune Kainosho1, Takuya Torizawa1, Yuki Iwashita1, Tsutomu Terauchi1, Akira Mei Ono1 and Peter Güntert2 Optimal isotope labelling for NMR protein structure determinations Nature 440, 52-57 (2 March 2006) | doi:10.1038/nature04525 [2] Liu D, Lepore BW, Petsko GA, Thomas PW, Stone EM, Fast W, Ringe D. Three-dimensional structure of the quorum-quenching N-acyl homoserine lactone hydrolase from Bacillus thuringiensis.Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Aug 16; 102(33):11882-7 [3]刘买利 张许叶朝辉 提高生物大分子NMR分辨率和灵敏度的有效方法:TROSY和CRINEPT 波谱学杂志2004.9 371-381 [4]李慧林,施丹,任罡,等. 生物大分子的电子显微学[M ]. 见:叶恒强,王元明编. 电子显微学进展. 北京:科学, 2003. [5]王大能,陈勇,隋森芳. 电子显微学在结构生物学研究中的新进展. 电子显微学报, 2003, 10. [6]Robinson A New Avenue for Mass Spectrometry 2006 February Vol .3 No 2 Nature publishing [7]Schleifenbaum, A.; Stier, G.; Gasch, A.; et al. J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 11786. [8]tockholm, D.; Bartoli, M.; Sillon, G.; et al. J. Mol. Biol., 2005, 346, 215.

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EGFP蛋白全称、大小、序列分析

一、EGFP蛋白全称

 

EGFP,全称为增强型绿色荧光蛋白(Enhanced Green Fluorescent Protein),是一种在生物科学研究中广泛应用的荧光报告蛋白。它是由普通绿色荧光蛋白(GFP)进行突变和优化得到的,相较于原始的GFP,EGFP具有更高的荧光亮度和更稳定的性质。

 

二、EGFP蛋白大小

 

EGFP蛋白的大小为238个氨基酸,分子量约为27kDa。这个分子量相对较小,使其在融合蛋白、抗体标记等生物分子标记领域中具有广泛的应用价值。同时,EGFP的相对分子量较小也意味着它对其他蛋白质的负担较小,这有助于保持标记蛋白质的天然状态和功能。

 

三、EGFP蛋白序列

 

以下是EGFP蛋白的氨基酸序列:

 

MVHHIQGGGPGMPMPGEEMMMAAN稚TSGSHMVHHIQGGGPGMPMPGEEMMMAAN稚TSGSHMVHHIQGGGPGMPMPGEEMMMAAN稚TSGSHMVHHIQGGGPGMPMPGEEMMMAAN稚TSGSHMEEEEDVMKDVEEETPIPELMLLDMAAQDPIPELMLLDMAAQDPIPELMLLDMAAQDPIPELMLLDMAAQDPIPELMLLDMAAQDP

 

通过分析EGFP的氨基酸序列,我们可以发现其中包含一些重要的结构域和功能位点。例如,在EGFP的氨基端,有一个由数个甘氨酸和丝氨酸组成的“环状结构”,这个结构对于荧光发射起着关键作用。在羧基端,我们还可以看到一个“多肽区”,这个区域对于荧光亮度和稳定性也有重要影响。此外,在EGFP的氨基酸序列中还包含多个突变位点,这些位点使得EGFP相较于原始的GFP具有更高的荧光亮度和更稳定的性质。

 

四、总结

 

EGFP是一种重要的荧光报告蛋白,通过对其全称、大小和序列的深入了解,我们可以更好地理解其性质和应用。在实际的生物科学研究中,EGFP已被广泛应用于细胞生物学、分子生物学、生物医学等多个领域,为科研工作者提供了强有力的工具,有助于推动生命科学研究的进步。

 

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洁净工作台是什么 洁净工作台标准是多少

洁净工作台工作原理为:通过风机将空气吸入预过滤器,经由静压箱进入GX过滤器过滤,将过滤后的空气以垂直或水平气流的状态送出,使操作区域达到百级洁净度,保证生产对环境洁净度的要求。洁净工作台标准是用来检测洁净工作台是否干净的标准。那么洁净工作台标准是多少呢?

洁净工作台标准1

      洁净工作台的风是由内向外吹的,在进风口有一个过滤网(要隔段时间清洗),因此吹进来的风是被过滤过的。这是净工作台标准的外部标准,所以洁净工作台标准的diyi要素就是检查过滤网是否干净。

洁净工作台标准2   

     洁净工作台一般都装有紫外灯,紫外灯具有杀菌作用。每次使用前一般先用紫外灯开20分以上,以达到杀菌效果。这是净工作台标准的外部标准,所以洁净工作台标准的第二要素就是检查紫外灯是否损坏。

洁净工作台标准3     

      大家都知道酒精有消毒的作用,我们日常生活中要用到酒精,那么洁净工作台更加要用到酒精了。一般在使用前,都要用75%酒精消毒,进一步清除细菌。这是洁净工作台标准三。所以洁净工作台标准的第三要素就是检查是否用酒精擦拭洁净工作台。

洁净工作台标准4  

      酒精是易燃物,由于酒精有消毒作用,燃烧出来的火焰也是无菌的,一般在使用时同时点上酒精灯,在火焰附近5厘米内,火焰上方10厘米内处于无菌状态。这是由于火焰附近的气流由火焰向外流。所以洁净工作台标准的第四要素就是检查有没有点燃酒精灯。

洁净工作台标准5

      检测洁净工作台的清洁度首先,尘埃粒子计算器检查尘埃粒子,使用浮游菌测定仪测定浮游菌。第二,采样做培养,检查沉降菌。可以参照国际检测洁净工作台标准JG/T 19-1999层流洁净工作台标准和SJ2131-82洁净工作台通用技术条件标准。

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