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测序深度500x什么意思

YUANBAO520418 2018-11-17 00:05:04 396  浏览
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测序深度500x什么意思
 
2018-11-17 00:05:04 396 0
测序深度
百度百科的解释是“测序深度(Sequencing Depth):测序得到的碱基总量(bp)与基因组大小(Genome)的比值,它是评价测序量的指标之一。” 我的问题是:所说的“测序得到的碱基总量(bp)”,是得到的Z原始的碱基总量?还是filter、去杂之后的碱基总量?
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有两种体细胞突变容易被忽视bai,一种是局限在特定组织的突变。举例来说,如果突变只存在于大脑,而我们检测的是血液,那就找不到这些致病突变。另一种致病性体细胞突变虽然发生在所有组织中,但是只影响一部分细胞,因此不容易被检测到。

  普通的二代测序,全基因组或外显子组测序是将DNA分成小片段,然后对各个片段多次读取(一般是三十次)。然而,如果突变只发生在15-20%的细胞中,三十次读取还不足以可靠地捕捉到它们,尤其是当突变只影响一个基因拷贝时。

  Walsh和博士后Saumya Jamuar通过“定向高覆盖度测序”技术,为158名脑部疾病的患者鉴定致病突变,这些患者的症状包括癫痫、智力障碍、语言障碍等。

  研究人员并没有分析整个基因组或外显子组(所有蛋白编码基因),而是把注意力放在一系列已知或有嫌疑的基因上,并且大大提高了测序的深度。

  在一些疾病如唐氏综合征中,嵌合突变相较于影响全身细胞的突变,产生的症状要轻一些。但是很少量的变异细胞就足以引发损害人身心健康的症状,在以往的研究中,为了从普通基因组中检测到这些突变,研究人员就不得不增加测定的序列数量。而对少数候选基因区域进行的平均300次深度测序,就可以有效辨别被误认为测序错误的突变。


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