赛默飞极ng确修饰位点谱图库的建立与磷酸化 蛋白质组的 DIA 解析

本文由 赛默飞色谱及质谱 整理汇编

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• 赛默飞极ng确修饰位点谱图库的建立与磷酸化 蛋白质组的 DIA 解析

  数据非依赖采集（Data-IndependentAcquisition,DIA）是当前Z热门的质谱采集技术之一，它以非目标的方式将质量范围分为若干窗口，依次并循环采集窗口内所有母离子的二级碎片[1,2]。DIA与SRM类似，也是基于子离子（transition）定量，相比传统蛋白质组学定量方法具有更好的选择性和更高的准确度。然而，目前DIA在翻译后修饰分析上仍有较大瓶颈。DIA依赖于DDA建立谱图库，而DDA数据在搜库鉴定时，修饰位点定位错误的概率较高，特别是磷酸化修饰发生在常见的S/T/Y上，若肽段含有2个或以上位置接近的S/T/Y，位点就容易找错。将含有错误位点信息的鉴定结果作为谱图库，就会导致翻译后修饰DIA解析结果的不可靠[3]。因此，DIA尚难用于大规模的翻译后修饰样本分析。针对修饰位点的打分算法使修饰位点的定位更加准确，ProteomeDiscoverer软件中整合的phosphoRS/ptmRS模块[4]和MaxQuant软件的算法[5]都可以实现位点可信度（SiteProbability）的计算，从而获得可靠的位点定位信息。本文基于上述软件对翻译后修饰DDA数据进行位点可信度分析，筛选具有准确位点定位的谱图建立谱图库，导入Skyline软件，进而实现可靠的翻译后修饰DIA解析。将该流程应用于磷酸化样本DIA数据分析，成功提取6401条高可信度的磷酸化肽段（Q<0.01），占谱图库肽段总数的98.4%，其中可用于准确定量的肽段（CV<20%）占86.9%，有效解决了翻译后修饰DIA定量的难题。产品关键词：OrbitrapFusion质谱仪[详细]

  2018-08-10 10:58

  产品样册

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• 极ng确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的 DIA 解析

  极ng确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的 DIA 解析[详细]

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• 赛默飞基于Q Exactive-GC建立高分辨极ng确质量数据库

  本研究基于气相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱（ThermoScientificTMQExactive-GC），并结合相应的数据处理软件，研究极ng确质量数据库建立以及利用数据库进行目标化合物快速筛查的流程。实验中的数据，均在60,000FWHM（200m/z）及以上的分辨率下采集，且数据的质量准确度保证在2ppm范围内，所以，其超高的性能特点保证了数据的准确性和可靠性。快速筛查方法同时对极ng确质量数偏差、保留时间窗口、同位素分布与同位素丰度信息等参数进行了优化，Z*程度的降低假阳性以及假阴性结果的干扰，从而获得Z准确的筛查结果。关键词QExactive-GC；高分辨极ng确质量数据库；目标化合物筛查[详细]

  2018-08-10 10:58

  产品样册

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  赛默飞世尔 RTEliteTM系列极ng确控制电热板 SP136420-33产品样册[详细]

  2024-09-28 00:38

  应用文章

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• 赛默飞全新GC-MS具有超高分辨率和亚ppm级的极ng确质量能力

  前言ThermoScientific™QExactive™GC组合型四极杆Orbitrap质谱仪是一款全新的台式质谱，致力于将气相色谱（GC）的高分离能力与Orbitrap高分辨极ng确质量数（HR/AM）能力wan美结合。高质量数精度的质谱仪（MS）对于复杂基质下的目标化合物和非目标化合物测量非常关键，在进行化合物识别和确认时，对于提高测量结果的可靠性也非常关键。对于前者，获得稳定高质量数精度可以使用相对较窄的质量数提取窗口，充分利用该仪器的质量数解析能力优势；对于后者，提供足够准确的测量化合物质量数，允许化学家可靠预测元素组成和同位素比，以识别物质的化学结构。结果证实，在使用QExactiveGC质谱仪的高分辨率时，即使在很宽的浓度范围和复杂化学背景下，也能获得出色且稳定的质量精度。[详细]

  2018-08-10 10:58

  产品样册

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  激光干涉仪极ng确测量的局限性[详细]

  2015-10-18 00:00

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  赛默飞数据非依赖采集DIA解决方案[详细]

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  2015-05-27 00:00

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  2014-09-04 00:00

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  随着生命科学的快速发展，蛋白质组学的关注焦点和研究趋势已经逐渐从定性转向定量。定量蛋白质组学是对细胞、组织乃至完整生物体的蛋白质表达量及差异进行分析，对于生物过程机理的探索和临床诊断标志物的发现与验证具有重要意义。基于静电场轨道阱Orbitrap的数据非依赖采集（DataIndependentAcquisition,DIA）是赛默飞为用户带来的一项全新的、全息式的质谱技术。DIA将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口，高速、循环地对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂、检测，从而无遗漏、无差异地获得样本中所有离子的全部碎片信息（图1）。[详细]

  2018-08-10 10:58

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  2013-11-06 00:00

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  制造具有zhuo越性能的高品质电极不仅需要技术技能和专业知识，而且需要深入了解各种客户应用及其具体要求。在过去几十年，梅特勒-托利多已积累了丰富的经验和知识，从而能够提供全面的电极组合，为您的任何应用提供专业支持。[详细]

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  化学要求对需要的试剂极ng确称重[详细]

  2007-08-24 00:00

  安装说明

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• 化学要求对需要的试剂极ng确称重

  化学要求对需要的试剂极ng确称重[详细]

  2007-08-24 00:00

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  2018-08-31 10:10

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