极ng确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的 DIA 解析

本文由 赛默飞色谱质谱及痕量元素分析 整理汇编

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• 极ng确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的 DIA 解析

  极ng确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的 DIA 解析[详细]

  2015-12-29 00:00

  选购指南

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• 赛默飞极ng确修饰位点谱图库的建立与磷酸化 蛋白质组的 DIA 解析

  数据非依赖采集（Data-IndependentAcquisition,DIA）是当前Z热门的质谱采集技术之一，它以非目标的方式将质量范围分为若干窗口，依次并循环采集窗口内所有母离子的二级碎片[1,2]。DIA与SRM类似，也是基于子离子（transition）定量，相比传统蛋白质组学定量方法具有更好的选择性和更高的准确度。然而，目前DIA在翻译后修饰分析上仍有较大瓶颈。DIA依赖于DDA建立谱图库，而DDA数据在搜库鉴定时，修饰位点定位错误的概率较高，特别是磷酸化修饰发生在常见的S/T/Y上，若肽段含有2个或以上位置接近的S/T/Y，位点就容易找错。将含有错误位点信息的鉴定结果作为谱图库，就会导致翻译后修饰DIA解析结果的不可靠[3]。因此，DIA尚难用于大规模的翻译后修饰样本分析。针对修饰位点的打分算法使修饰位点的定位更加准确，ProteomeDiscoverer软件中整合的phosphoRS/ptmRS模块[4]和MaxQuant软件的算法[5]都可以实现位点可信度（SiteProbability）的计算，从而获得可靠的位点定位信息。本文基于上述软件对翻译后修饰DDA数据进行位点可信度分析，筛选具有准确位点定位的谱图建立谱图库，导入Skyline软件，进而实现可靠的翻译后修饰DIA解析。将该流程应用于磷酸化样本DIA数据分析，成功提取6401条高可信度的磷酸化肽段（Q<0.01），占谱图库肽段总数的98.4%，其中可用于准确定量的肽段（CV<20%）占86.9%，有效解决了翻译后修饰DIA定量的难题。产品关键词：OrbitrapFusion质谱仪[详细]

  2018-08-10 10:58

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• 基于 Q Exactive-GC 建立高分辨极ng确质量数据库及目标化

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  2015-11-20 00:00

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• 赛默飞基于Q Exactive-GC建立高分辨极ng确质量数据库

  本研究基于气相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱（ThermoScientificTMQExactive-GC），并结合相应的数据处理软件，研究极ng确质量数据库建立以及利用数据库进行目标化合物快速筛查的流程。实验中的数据，均在60,000FWHM（200m/z）及以上的分辨率下采集，且数据的质量准确度保证在2ppm范围内，所以，其超高的性能特点保证了数据的准确性和可靠性。快速筛查方法同时对极ng确质量数偏差、保留时间窗口、同位素分布与同位素丰度信息等参数进行了优化，Z*程度的降低假阳性以及假阴性结果的干扰，从而获得Z准确的筛查结果。关键词QExactive-GC；高分辨极ng确质量数据库；目标化合物筛查[详细]

  2018-08-10 10:58

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• 高光谱暗场成像用于胞嘧啶修饰位点的量化研究

  表观遗传信息的调控和异常在众多的生理、病理中起着至关重要的作用。胞嘧啶衍生物可以调控基因表达。但是，单细胞水平上遗传信息标记物的定量评估受到了较低的时空分辨率和信噪比成像方法的限制。所以，很少有人对不同类型细胞和不同细胞阶段的这些胞嘧啶修饰位点进行表征研究。[详细]

  2022-05-11 11:13

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