树脂的选择及氨基酸的固定
固相载体为可以区分开固相合成与其他技术的Z主要特征，满足于如下要求的固相载体才能用来多肽合成。
要求：
1.在试剂和不断增长的肽链之间，必须允许载体接触且快速，不受阻碍。
2.必须允许载体有足够的连接点提供，从而使每单位体积的载体又有用产量的肽给出，而且需要使被载体束缚的肽链之间的相互作用尽量减少。
3.必须有反应位点（或反应基团）包含其中，如此，才能在在这些位点上连接肽链，并且在之后需将这些位点去除。
载体种类
被用来固相法合成多肽的高分子载体主要包括聚乙烯-乙二醇类树脂及衍生物、聚丙烯酰胺、聚苯乙烯-苯二乙烯交联树脂三类。只有将反应基团导入，这些树脂才能就和氨基酸直接连上。由于所导入反应基团存在差异，这些树脂及树脂衍生物又被分为氨基树脂或酰肼型树脂、羧基树脂、氯甲基树脂。
形成共价键的方法
FMOC合成法一般选择如王氏树脂的羧基树脂，BOC合成法一般选择如Merrifield树脂的氯甲基树脂。通过对氨基酸的羧基同树脂的反应基团之间形成的共价键进行保护来实现氨基酸的固定。
羧基树脂，一般是先将如DCC或羧基二咪唑等的适当的缩合剂加入，使树脂与被保护氨基酸形成共酯来固定氨基酸。
氯甲基树脂，一般首先将保护氨基酸的四甲铵盐或钠盐、钾盐、铯盐制成，然后在适当温度下，和树脂直接发生反应或者在如二氧六环、DMF或DMSO等合适的有机溶剂中反应。
氨基树脂或酰肼型树脂，一般是先将如DCC等适当的缩合剂加入以后，通过对护氨基酸与树脂之间形成的酰胺键进行保护来固定氨基酸。
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