凝胶电泳的分类

提取得到DNA分子以后，其数量和质量需要通过电泳技术来检测。自从在核酸研究中引入琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶以来，根据相对分子质量大小分离DNA的凝胶电泳技术，已经发展成为一种对DNA分子分析鉴定的重要实验手段。基因操作的核心技术之一，就是琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶电泳。对于DNA片段的分离、鉴定和纯化，可以使用它们。该技术操作简单，速度快，DNA重组、DNA核苷酸序列分析、DNA限制性内切酶分析及限制性酶切作图等的技术以它们为基础。它们已经是许多通用的分子生物学研究方法。

分类

1.琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳

琼脂糖来源于红色海藻产物琼脂，其是一种线性多糖聚合物，电泳介质是由将琼脂糖溶液加热到沸点后冷却凝固形成的，它的密度取决于琼脂糖的浓度。经过化学修饰的低熔点(LMP)的琼脂糖，具有比较脆弱的结构，所以即使温度较低也会熔化，可以在DNA片段的制备电泳被使用。

聚丙烯酰胺凝胶主要有两种方式：

（1）非变性聚丙烯酰胺凝胶

被用来对双链DNA片段分离和纯化。碱基组成和序列对DNA的迁移率产生影响是未变凝胶中分离DNA的缺点。因为未知DNA的迁移是否反常没有办法知道，所以双链DNA的大小不能使用未变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳来确定。

（2）变性聚丙烯酰胺凝胶

被用来对单链DNA片段分离及纯化，这类聚丙烯酰胺凝胶是在核苷酸碱基配对YZ剂(尿素或甲酰胺)的存在下聚合而成，碱基组成及序列几乎不会影响到变性DNA的移动速度，因此被用来对DNA测序以及对单链DNA片段分离及纯化等。

2.脉冲电场凝胶电泳

超大分子量的DNA分子显然是没有办法使用普通的凝胶电泳技术来进行分离的。1984年，D.C.Schwartz和C.R.Cantor发明的脉冲电场凝胶电泳技术，可以成功地用来对整条染色体这样的超大分子量的DNA分子进行分离。

在常规的琼脂糖凝胶电泳中，如果双链DNA分子超过一定大小范围，那么它们都会以相同的速率移动的。这是由于在单向恒定电场的作用下，它们只是通过“一端向前”的方式游动穿过整个胶板。而在脉冲电场中，随着所用的电场方向的周期性改变，DNA分子的迁移方向也在不断的变化。