随机引物合成法的操作、注意事项和优点
分子杂交(molecular hybridization)是指使单链核酸碱基序列确定的技术。待测单链核酸与已知序列的单链核酸(叫做探针)间通过碱基配对使可检出的双螺旋片段形成为分子杂交的基本原理。下面就让小编带你了解一下双链DNA探针标记法中的随机引物合成法。
概念
将DNA模板和寡核苷酸引物结合经过Klenow酶的作用使得DNA探针合成,合成的DNA探针即为随机引物合成双链探针。反应中酶的量、dNTP、模板、引物对合成产物的大小、产量、比活性均会产生影响。产物的平均长度一般是400-600个核苷酸。
操作准备:
设备:恒温水浴锅、高速台式离心机等。
材料:待标记的DNA片段。
试剂:缓冲液A;[α-32 P] dATP;20mmol/L DTT;Klenow片段;10×随机标记缓冲液;随机引物。
具体操作:
混合1μl 7.5ng随机引物以及1μl 200ng双链DNA,然后将混合液放入eppendorf管中,先进行5min水浴煮沸,再立刻进行1min冰浴。将1μl ddH2O,3μl[α-32 P] dATP(比活性>3000Ci/mmol; 10μCi/μl),1μl 10×随机标记缓冲液,1μl 未标记的dNTP溶液以及1μl 20mmol/L DTT在一置于冰浴中的0.5ml eppendorf管内混合。在后管中移入前管中的溶液。将5单位Klenow片段加入到管中,充分混合,使用微型离心机通过12000g离心1-2秒, 从而使得所有溶液在试管底部沉着,室温环境中保温3-16h。将10μl缓冲液A加入到反应液中,在-20℃下保持放射性标记的探针以备使用,与此同时将放射比活性计算出来。
注意事项
1.模板DNA应当为线性的。
2.需要认真调整引物与模板的比例,如果引物比模板高,那么会得到较短片段的探针,然而累积较多的产物;相反,则反应产物比较长。
优点:
使用随机引物反应的优点如下:
1.在低熔点琼脂糖中,随机引物也能够直接进行反应。
2.反应产物具有比较到的比活性,比活性能够达到4×109 cpm/μg探针。
3.即使使用的质粒DNA模板微量也能够进行反应,其在反应时对模板没有较为严格的要求。
4.5'→3'外切酶活性不为Klenow片段所具备,能够稳定地进行反应,从而使大量的有效探针得以获得。
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