为解决化学标记测序技术因严苛处理条件需要大量RNA样本而限制其在临床稀缺样本中的应用这一瓶颈问题,研究人员开发了名为Uli-epic的创新文库构建策略。该技术通过整合poly(A)加尾、逆转录与模板转换及T7 RNA聚合酶介导的体外线性扩增,成功将BID-seq对Ψ的检测限从10 ng mRNA降至100 pg,将GLORI对m6A的检测限从200 ng的mRNA降低至10 ng。
自1951年发现第一个化学修饰的RNA核苷酸假尿苷(Ψ)以来,科学家已在RNA中鉴定出超过170种化学修饰。这些修饰在RNA生命周期中扮演着关键角色,包括调控RNA二级结构、基因表达、pre-mRNA剪接、核输出、RNA稳定性及翻译效率等。尽管高通量测序与化学标记技术的结合实现了单碱基分辨率的转录组-wide RNA修饰检测,但这些方法通常因严苛的化学处理条件导致RNA降解,需要大量起始RNA样本(例如GLORI技术需200 ng mRNA,BID-seq需10 ng mRNA)。这在胚胎发育、临床样本等仅能获得极少量RNA(低至pg级)的研究场景中,严重限制了其应用。因此,开发一种稳定、易用且适用于超低输入RNA样本的化学法修饰检测技术成为当务之急。
为了突破这一瓶颈,复旦大学生物医学研究院胡璐璐课题组与同济大学康九红课题组联合开发了一种创新的文库构建策略Uli-epic,该策略结合了化学基础的RNA修饰检测技术,可在极低量的RNA样本中精确检测表观转录组修饰,成功实现了对超低输入RNA样本中表观转录组修饰的高精度分析。相关研究成果以Uli-epic: profiling RNA modifications from ultra-low input samples为标题,发表于Genome Biology杂志。
12月29日晚17:00,翌圣生物直播间将迎来一场技术盛宴——复旦大学胡璐璐老师为我们分享Uli-epic技术:一种创新的可在极低量的RNA样本中精确检测表观转录组修饰文库构建策略。
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翌圣生物
翌圣生物科技(上海)股份有限公司成立于2014年,是一家聚焦生命科学产业链上游核心原料,从事核苷酸、蛋白、细胞和类器官四大品类生物试剂的研发、生产与销售的高新技术企业。公司兼备核心技术自主研发和规模化生产能力,核心产品数量达数千种,覆盖分子克隆、qPCR、NGS、体外转录、抗体、蛋白纯化及分析、细胞培养、转染、报告基因检测和类器官等多种系列,广泛应用于生命科学研究、诊断检测和生物医药等领域。
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