贝克曼库尔特Biomek NGeniuS与IDT文库制备自动化解决方案

随着基因组测序和数据分析方法的广泛普及，越来越多的实验室正在探索下一代测序（Next-Generation Sequencing，NGS）作为研究工具的可行性。然而，NGS文库的手动制备过程单调乏味，根据所构建文库的类型而异，耗时从数小时到数天时间不等，并且操作过程中必须小心谨慎，以避免人工出错导致的制备失败，浪费宝贵样本。Biomek NGeniuS系统是一款全自动文库制备系统，帮助我们从第 一步即确保正确无误。DNA样品上机，拨动转盘，按下按钮，运行过程无需值守，每批次可支持运行4-24任意数量的样品，是实验室追求灵活性和自动化的理想之选。

图1 Biomek NGeniuS全自动文库制备系统

IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit 便是一款支持自动化的试剂盒。该试剂盒提供高一致性的文库制备方法，独特的两步连接法能够有效抑 制接头二聚体和模板DNA自连，因而可有效提高文库转换率，尤其适用于cfDNA和FFPE等低质量样品，有助于研究人员发现和表征肿瘤样品中出现的低频变异位点。

图2 IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit工作流程

我们使用Biomek NGeniuS系统对三种不同类型的样品，cfDNA、FFPE和gDNA，分别构建24个、10个和4个文库。

cfDNA 样品所得文库平均浓度为16.67ng/μL。cfDNA样品连接后扩增片段平均长度为362bp，长度分布一致且呈正态。与参考基因组相比，该样品组从NGeniuS实验中获得的所有文库比对率为99.49%，配对的reads比对到参考基因组的比对率为99.84%。23份样品中reads平均重复率为0.46%。

图3  以cfDNA为起始样品，在Biomek NGeniuS 系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit所制备文库的分析结果。

FFPE样品构建的文库平均片段长度为378 bp，长度呈正态分布。与参考基因组相比，该样品组从NGeniuS实验中获得的所有文库比对率为99.8%，配对的reads比对到参考基因组的比对率为99.84%。10份样品中reads平均重复率为0.37%。

图4  以FFPE DNA为起始样品，在Biomek NGeniuS 系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit所制备文库的分析结果。

gDNA样品制备的文库平均片段长度为391bp，长度分布与 IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit 的预期一致。与参考基因组相比，该样品组从 NGeniuS实验中获得的所有文库的比对率为99.2%，配对的reads比对到参考基因组的比对率为99.3%。3份样品中reads平均重复率为0.56%。

图5  以gDNA为起始样品，在Biomek NGeniuS 系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit所制备文库的分析结果。

在Biomek NGeniuS全自动文库制备系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep kit构建文库，所得文库片段大小分布一致，并符合IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit说明书建议的文库大小范围。对三种不同浓度的样品重复进行测序，结果表明，平均文库大小为362~391bp。所获文库比对率>99.2%，配对的reads比对到参考基因组的比对率>99.3%，重复率<0.56%。

表1 在Biomek NGeniuS文库制备系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit的测序结果。

实验证明，Biomek NGeniuS文库制备系统与IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit配套使用，可成功制备出适合在Illumina平台上测序的高质量全基因组测序文库。

＊ 以上产品仅用于工业及科研，不用于临床诊断，禁忌内容或注意事项详见说明书。