Uracil-Specific Excision Reagent是由尿嘧啶DNA糖基化酶（Uracil DNA Glycosylase, UDG）和核酸内切酶 Ⅷ(Endonuclease VIII, Endo Ⅷ)（戳链接了解详情）两种酶混合而成。UDG识别ssDNA或dsDNA上的dU碱基并形成AP位点，但磷酸二酯骨架结构保持完整。Endo VIII的裂解酶活性能够使AP位点的3′和5′端的磷酸二酯键断裂，释放无碱基的脱氧核糖，形成单核苷酸间隙。因此，Uracil-Specific Excision Reagent（尿嘧啶-特异性切除试剂）能作用于DNA上的dU位置，产生一个单核苷酸缺口，适用于ssDNA、dsDNA及环状DNA，满足各类特异性切割dU碱基的实验需求。
图1. 切割dU碱基示意图
图2. 常规RNA建库与链特异性文库构建对比[1]
1、PCR引物5′端具有重叠序列，包含一个dU碱基，该碱基在与5′末端6- 10 nt距离处取代dT；
2、通过PCR在目标DNA分子和克隆载体之间生成6-10个碱基的同源性片段，并且每个PCR产物的5'端被引入了一个dU；
3、使用Uracil-Specific Excision Reagent处理PCR片段，在每个dU位置形成单核苷酸缺口，产生适合于PCR片段定向组装的3´单链延伸；
4、退火延伸完成组装。
图3. 克隆示意图
图4. 切除效果对比
|
应用 |
产品名称 |
产品货号 |
|
基于尿嘧啶切除的克隆、 RNA链特异性建库 |
Uracil-Specific Excision Reagent(1 U/μL) |
14537ES |
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DNA损伤修复研究 |
Endonuclease VIII (10 U/μL) |
14536ES |
|
PCR防污染 |
Uracil DNA Glycosylase (UDG/UNG), 1 U/μL |
14455ES |
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