翌圣LDT整体解决方案助力精准医疗
2021年2月9日，国务院发布最新版《医疗器械监督管理条例》(将于6月1日起施行)，其中第 53 条提到“对于符合条件的医疗机构，可根据单位需求自行研发在国内暂无上市产品的体外诊断试剂，在医师指导下使用。”这将促进实验室自建检测方法（LDT）的发展，更好地助力精准医疗。
医学检验部门自建检测方法（laboratory developed tests，LDT）通常是指医学检验部门自行研发、验证和使用的检测方法，仅在医学检验部门内部使用，不作为商品出售给其它医学检验部门、医院及个人。
近年来随着检测技术的不断创新，新技术新项目在医学检验部门从研发向临床应用快速转化，医学检验部门运行理念变化，个体化医疗和精准医疗的临床需求增加，LDT的内涵已发生了巨大改变。NGS技术的复杂性阻碍了其在临床的大规模普及。
作为一种新型分子诊断技术，NGS检测不仅难以沿着传统IVD产品的市场准入路径快速获批和应用，而且在院内开展还有诸多硬件和人员方面的条件不成熟。这不仅加大了NGS产业的发展风险和负担，也阻碍了部分患者从中受益。NGS的临床应用离不开LDT。
图1.我国LDT发展现状
在国家政策逐步放开和鼓励有条件的医学检验部门适当发展LDT的背景下，翌圣推出LDT解决方案，一方面为第三方医学检验实验室服务，简化入院流程，节约入院成本，另一方面为有条件的医院中心实验室提供原料和性能验证服务，来满足日益增长的个体化医学和精准医学的临床需求。
图2.翌圣LDT整体解决方案
翌圣生物在NGS LDT入院已积累了丰富的经验，从NGS试剂供应到协同入院服务，我们提供完整解决方案；NGS要想真正地在医院内落地，很大程度上依赖性能优异的建库试剂盒。
图3.NGS建库流程
翌圣DNA建库和RNA建库拥有优越的产品性能，同时匹配华大智造MGISP-960，实现全自动化、标准化、规模化建库，成为LDT入院的好伴侣。
13577针对 300bp 的单一片段样本，使用 UDI 短接头（12405）时，连接效率为 95%，使用单端长接头（13519）时，连接效率为 93%。
图4.不同接头连接效率对比图
13577与竞品试剂在3种样本上建库，13577产量最优。下机数据捕获率、平均捕获深度和I*品牌相当，且与3家竞品试剂相比，13577 Dup值最低。
图5. 不同样本不同品牌文库产量及数据质量图
以100 ng 常规gDNA为模板，使用12195构建文库，片段化条件分别为37℃ 5/10/ 15/20/30 /40min，PCR扩增6个循环，文库峰型完美媲美机械法建库。
图6.不同酶切时间的文库主峰和产量图
以不同投入量的小牛gDNA为模板，使用12195搭配illumina&MGI长接头构建文库，最终文库产量12195优于竞品。
图7.不同样本不同品牌文库产量图
数据质量综合评分
12309ES测序数据对比到中华家系一号的参考数据集，以分值来代表SNR和RC的综合水平。
Great！12309ES的数据质量评分高达9.733
与标准物质参考数据集的基因表达差异倍数的准确性评价结果：12309ES的测序结果与中华家系 1 号全转录组 RNA 标准物质标准参考数据集差异分析，Pearson相关系数＞0.94，基因定量水平具有高准确性。
图8.基因表达差异倍数与参考数据集一致性分析结果
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产品名称 |
产品编号 |
产品应用 |
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MolPure® Magnetic Cell-Free DNA Kit 磁珠法游离DNA提取试剂盒 |
18382ES |
cfDNA提取 |
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MolPure® Magnetic FFPE DNA Kit 磁珠法FFPE DNA提取试剂盒 |
FFPE提取 |
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MolPure® Magnetic Blood DNA Kit/磁珠法血液基因组DNA提取试剂盒 |
gDNA提取 |
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Hieff NGS® DNA Library Prep Kit 全能型DNA建库试剂盒 |
机械法建库 |
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Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V2一步法DNA建库试剂盒V2 |
酶切法建库 |
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Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit双模式RNA建库试剂盒 |
RNA建库 |
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Hieff NGS® MaxUp Human rRNA Depletion Kit(rRNA&ITS/ETS)人/小鼠/大鼠核糖体RNA去除试剂盒 |
rRNA去除 |
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Hieff NGS® Dual Barcode Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI®DNA双端Barcode环化试剂盒 |
双端环化 |
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Hieff NGS® Stubby UDI Primer Kit for Illumina®Set1/Set2/Set3/Set4（板式） |
12312-12315ES |
illumina UDI接头 |
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HieffNGS®UniqueDualBarcodePrimerKitforMGI®Set1/Set2/Set3/Set4（板式） |
13536-13539ES |
MGI UDB接头 |
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1×dsDNA HSAssay Kit |
双链DNA（dsDNA）定量 |
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ssDNA Assay Kit |
单链 DNA（ssDNA)定量 |
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Hieff NGS®DNA Selection Beads DNA分选磁珠 |
DNA的纯化 |
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