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轻松应对土壤/粪便DNA提取难题!

来源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 更新时间:2023-07-13 00:00:00 阅读量:76
导读:助力微生物组学的研究!

DNA双螺旋模型的发现让人们认识到,生命最根本的基石是4个“碱基字母”及其相应的“书写规则”。现代分子生物学的发展对DNA的研究有了更精准的认识;DNA提取是分子生物学实验中必不可少的实验步骤。

 
 
常规的DNA提取研究者们可以轻松掌握,让人困扰的是一些特殊样本的提取,比如土壤DNA提取、粪便DNA提取,这类样本含有大量的杂质,提取纯度差、得率差是常常遇到的问题。
 
翌圣生物经过匠心打造,自主研发出高性能的土壤DNA提取试剂盒和粪便DNA提取试剂盒,助力微生物组学的研究!

 

 
土壤DNA提取
 

土壤中的微生物多种多样,同时,土壤样本中常含有大量的抑制剂(腐殖酸、黄腐酸等腐殖质),腐殖质容易与核酸一起被抽提,且会影响DNA聚合酶活性,进而影响下游PCR及测序过程。获取土壤样本微生物DNA是土壤研究的第一步,也是下游实验能否成功进行的最关键的一步。

 

 
 
 
土壤提取的难点及解决方案
 
 
难点一:提取的 DNA 得率低
  • 样本微生物含量低:增加样本量;调节样本的含水量等因素来优化裂解条件。

  • 裂解不充分:增加物理破碎的时间和次数。

  • 洗脱不充分:建议二次洗脱增加产量或提高洗脱体积。

 

 

难点二:提取的核酸出现降解,跑胶有弥散现象

  • 优化裂解条件,避免过度裂解,降低物理破碎的力度;

  • 操作过程中是否有污染 DAase,造成 DNA 降解;

  • 可能有大量RNA的污染,可加入RNase I。

 

 

难点三:提取 DNA 的纯度过低,残留抑制物影响下游实验

  • 样本复杂含有有机质高:需要特别去除杂质,必要时可以使用 PBS 清洗土壤并收集菌体;

  • 杂质去除效果差,杂质残留多:选择有去除蛋白、腐质酸等复杂抑制物的去杂剂;

  • 乙醇等没有充分挥发:晾晒步骤要充分,使醇挥发。

 

 
 
 
产品推荐

MolPure® Soil DNA Kit(Cat#18815ES),能高效获得土壤DNA,有利于实现后续对土壤微生物生态系统多样性的研究。

 

 
 
 
产品特点
  • 操作便捷:室温操作,仅需35min即可回收DNA。

  • 产量高:独特的玻璃珠能高效裂解土壤微生物,释放更多DNA,最大限度地提取其产量。

  • 适用范围广:适合花坛土、花盆土、农田土、山林土、淤泥、黑土等各类型土壤。

  • 纯度高:有效去除土壤中腐殖酸、重金属离子等杂质,并与离心柱法纯化相结合,提高了DNA的纯度。

 

 
 
 
操作流程

图1 土壤DNA提取操作流程图

 

 
 
 
产品性能

250mg池塘土壤样本,分别用18815ES和竞品提取,洗脱体积50μL,18815ES相对竞品展现出更优异的DNA浓度和纯度。

 

表1 DNA提取浓度和纯度

 

图2 土壤DNA琼脂糖凝胶电泳图

 

 
粪便DNA提取
 

肠道微生物的种类、数量、生理活动等,参与影响人体多种生理机能,并与部分疾病的发生紧密相关。粪便中含有的成分非常复杂,包括包括水分、蛋白质、无机物、脂肪、未消化的食物纤维、脱了水的消化液残余、维生素K、维生素B等,因此从粪便中提取核酸并非易事。

 

 
 
 
粪便提取难点及解决方案
 

难点一:粪便中革兰氏阳性菌难以破壁

  • 加入裂解液后充分震荡混匀;

  • 针对含革兰氏阳性菌等较难裂解的粪便样本,可提高样本裂解的温度。

 

难点二:提取 DNA 中的残留物质抑制下游实验

  • 转移上清时避免吸到粪便颗粒;

  • 去除杂质时,应充分震荡混匀;

  • 对于非常干燥的粪便样本,需要适当减少样本量。

 

 
 
 
产品推荐

MolPure® Stool DNA Kit 粪便 DNA 提取试剂盒(Cat#18820ES),能高效提取粪便DNA,有利于实现后续对肠道微生物生态系统多样性的研究。

 

 
 
 
产品特点
  • 操作便捷:室温操作,仅需35min即可回收DNA。

  • 产量高:独特裂解液配方,释放更多DNA,最大限度地提取其产量。

  • 纯度高:独特的杂质去除剂配方,能很大程度去除粪便中的杂质,并与离心柱法纯化相结合,提高了DNA的纯度。

 

 
 
 
操作流程

图3 粪便DNA提取操作流程图

 

 
 
 
产品性能

来自8位自愿者的粪便样本,取200mg样本,采用18820ES和竞品提取粪便DNA,洗脱体积50μL, 18820ES相对竞品展现出更优异的DNA浓度和纯度。

 

表2 粪便DNA提取浓度和纯度

 

图4 粪便DNA提取琼脂糖凝胶电泳图

 

 

 
产品推荐
 

产品编号

产品名称

产品应用

18815ES

MolPure® Soil DNA Kit

土壤DNA提取

18820ES

MolPure® Stool DNA Kit

粪便DNA提取

 

 
DNA提取相关产品
 

产品编号

产品名称

产品应用

18700ES

MolPure® Cell/Tissue DNA Kit

细胞/组织DNA提取

18725ES

MolPure® Marine Animals DNA Kit

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18730ES

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18780ES

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18801ES

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多糖多酚植物DNA提取

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