如虎添翼——Proteome Discoverer™ 软件3.1版本重磅发布

软件更新 

在正在举行的ASMS 2023的会议上，赛默飞世尔公司重磅推出了革命性的Orbitrap Astral质谱仪。而作为一家刚柔并济，均衡发展的公司，本次发布会中，除了在硬件领域有重大突破外，在软件方面，我们也强势推出了Z 新版的Proteome Discoverer (PD）3.1，CHIMERYS 2.0，以及Ardia驱动的Proteome Discoverer服务器平台。

PD软件作为一款针对蛋白质高通量定性、定量分析的软件，自2008年发布以来，受到了广大用户的认可。PD3.1主要对原有的INFERYS和CHIMERYS进行了升级，并增加了全新的DIA数据检索，Ardia则是一个崭新的集数据存储、处理、共享、管理的服务器平台。下面就让小编为大家一一揭开它们的神秘面纱吧。

图1. PD软件历代版本更新内容

01、INFERYS 3.0 Rescoring 节点

INFERYS Rescoring是在PD2.5版本中新增的节点，它可以读取搜索引擎中的所有正库和反库的肽段信息，预测每个肽段序列的谱图，比较理论和实际谱图，并计算额外的feature特征再输入到percolator节点中。在给定的FDR阈值下，包含该节点的工作流程会产生更多的肽段鉴定，并且可显著提高置信度。而在PD 3.1版本中对INFERYS Rescoring节点进行了升级，新增对磷酸化肽段，中性离子丢失以及重标的SILAC以及PRM多肽的识别功能。

图2. INFERYS 3.0 Rescoring 节点新增功能

02、CHIMERYS 2.0

CHIMERYS是在PD 3.0中新增的节点，它是一种智能搜索算法，利用人工智能，通过深度学习，结合强大的去卷积算法，提供准确的肽段谱图和保留时间预测，克服混合肽段MS2图谱匹配的难题，大大增加了数据中的PSM数量，显著提高了鉴定率。但在PD 3.0版本中，CHIMERYS会出现检索时间较长的问题，且这个节点仅支持DDA数据的检索，不能够对翻译后修饰进行鉴定。

而在PD 3.1版本中，CHIMERYS 2.0节点首先将FDR过滤的Percolator节点更换为Mokapot节点，这提升了5倍的数据处理速度。同时，CHIMERYS 2.0也提升了对DDA数据的检索率。如图3，在对100个或20个HELA细胞进行蛋白组鉴定时，CHIMERYS 2.0相较于之前的版本提升了12%的鉴定数。

图3. CHIMERYS 2.0 在DDA数据检索中的提升

同时，CHIMERYS在更新后，能够对磷酸化修饰进行检索。如图4所示，使用CHIMERYS 2.0检索磷酸化数据，较使用Sequest检索引擎，鉴定位点数有28%的提升。

图4. CHIMERYS 2.0支持磷酸化修饰多肽的检索

但CHIMERYS 2.0节点Z重要的更新则是可以支持DIA数据的检索。并且检索流程比DDA数据检索更简单（图5）。得到的结果与PD 3.0中查看方式也是相同的，如图6。

图5. CHIMERYS 2.0支持DIA数据检索

图6. DIA数据CHIMERYS 2.0检索结果

03 Ardia驱动的Proteome Discoverer服务器平台

随着质谱的速度越来越快，通量越来越高，产生的数据体积也会越来越大，数量也随之越来越多，所以多个PC间传输质谱数据和处理结果，以及原始数据和处理结果的存储、备份、查找、检索周期与数据共享，一直是很多实验室的难题，尤其是对于一些数据和结果需要存储多年的科研、服务机构。另外，随着蛋白质组学研究的深入和扩大，数据量越来越大，对数据处理的时效性问题也变得尤为重要。为此，Ardia应运而生。作为建立在新技术的新平台；Ardia将会不断成长和进化；解锁数据并加速对它的深入了解，以提升客户的体验。赛默飞在本月底将正式发布Ardia，敬请关注！

问渠那得清如许，为有源头活水来。正是一次又一次的更新升级，使得Proteome Discoverer 软件功能越来越强大。赛默飞始终致力以更加优异的表现服务于广大用户，为科学服务的脚步从未停歇！Proteome Discoverer 3.1软件的推出，其新的特性尤其是CHIMERY 2.0 智能搜索算法的升级，不仅大大提升了鉴定效率，更使得PD软件不仅仅局限于DDA的蛋白质组学数据，这使得PD软件的功能更加完善。无论是DDA还是DIA均可以实现一站式数据检索，再配合全新的Ardia服务器，我们相信全新的 Proteome Discoverer 3.1软件会为大家带来一个惊喜的体验！

了解PD3.0软件，

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