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麻烦哪位高手!!!设计扩增以下基因的引物,并给出PCR反应的参数。

sockusuallyn    2011-11-21    基因扩增仪    浏览 386 次

基因序列如下: 5'-GTAGATGGACTTATGCCGTCCCGGTGACTCCTGGAATAATCGTCCATCCACTCTAAATCAGTTACGGCCTTATCCGCAGGAGTTGAAGTACAAAGGATGTATGATTCGAGGCTTACGGAGTAGAGATGTTCATTTTTCCAGCTTTCAATGGTCTCATGACACATGAGGGACTCGATGGGAAACTCAGGTGTGTAAGTGCTAACTGGGTCTGGGAATAGATG... 基因序列如下:
5'-GTAGATGGACTTATGCCGTCCCGGTGACTCCTGGAATAATCGTCCATCCACTCTAAATCAGTTACGGCCTTATCCGCAGGAGTTGAAGTACAAAGGATGTATGATTCGAGGCTTACGGAGTAGAGATGTTCATTTTTCCAGCTTTCAATGGTCTCATGACACATGAGGGACTCGATGGGAAACTCAGGTGTGTAAGTGCTAACTGGGTCTGGGAATAGATGGCGTGCAGTGTAGTCGAAGTC-3’

精彩问答
幻雪夜57 发布日期:2011-11-22
F:5‘-GTAGATGGACTTATGCCG-3’ Tm:47.8℃ 评分100
R:5'-GACTTCGACTACACTGCAC-3' Tm:47.2℃ 评分86 总体85分

正反引物有接近3‘端的交叉引物二聚体
反引物有接近3’端的引物二聚体

F:5‘-GTAGATGGACTTATGCCGTC-3’ Tm:52.2℃ 93分
R:5'-GACTTCGACTACACTGCACG-3' Tm“53.6℃ 86分 总体79分

正引物有3‘端发卡(貌似不严重),正反引物分别有引物二聚体和交叉引物二聚体

两组都订了试试看吧~我觉得diyi组好一些,但是就是Tm有点低。

使用primer premier 5 设计的

希望能够帮助你~欢迎追问,我也可以把设计结果图发给你~
全部评论
沙漠之鹄 发布日期:2011-11-22
我用Invitrogen Vector NTI 11为你设计了引物(扩增从diyi个碱基对到Z后一个):给你两套,万一一个不行,就用另外一套
GTAGATGGACTTATGCCGTC
GACTTCGACTACACTGCACG

或者
GTAGATGGACTTATGCCGTCCCGGTGACTCCTGGAA
GACTTCGACTACACTGCACGCCATCTATTCC

diyi套的TM在48度。所以你的退火温度设在50度
第二套的TM在63度。你把退火温度设在60度。
变性30秒,延伸30秒(具体看你使用的Taq酶的特性)
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