2025-01-10 17:05:38荧光标记物
荧光标记物是一种能够吸收特定波长光后发出荧光的化学物质,广泛应用于生物学、医学及材料科学等领域。它们通过共价结合或非共价相互作用与目标分子结合,在紫外光或蓝光激发下发出明亮荧光,从而实现目标分子的可视化追踪、定位及定量分析。荧光标记物具有高灵敏度、低背景干扰、操作简便等优点,是研究细胞结构、功能及分子间相互作用的重要工具。常见的荧光标记物包括荧光染料、量子点、荧光蛋白等。

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2018-12-07 13:53:31哪些荧光标记物适合用于多肽的羧基端标记
 
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2022-07-22 15:27:25荧光定量PCR实验,荧光标记怎么选?
荧光定量PCR技术是将常规的PCR和荧光检测技术相结合,利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程,以此实现对初始模板的定量分析。荧光定量PCR技术作为当今生物学研究的重要手段之一,在基础科学、生物技术、医学研究、法医学、诊断学等多方面具有广泛的应用前景。说到荧光定量PCR技术,我们经常会问类似于“你的实验是染料法还是探针法”,“你用的探针是什么类型”等之类的问题,这其实是对荧光标记的选择。根据荧光标记的不同,可以将荧光定量PCR实验分为探针法和染料法两大类。染料法染料法利用能与DNA双链结合的染料来实现,如SYBR Green I。该染料在游离状态下呈现微弱的荧光,一旦与双链DNA的双螺旋小沟结合,其绿色荧光增强约1000倍。因此其总的荧光强度与双链DNA含量成正比,利用这一关系可以反映生成的PCR产物的量(图 1)。SYBR Green I的吸收约在497 nm,发射波长约在520 nm,与FAM荧光分子的光谱性质类似,因此在所有的荧光定量PCR设备中都是通道检测,即“FAM/SYBR Green I”通道。▲ 图1 染料法原理图理论上,所有能与双链DNA结合的染料都可以用于qPCR检测,如溴化乙锭EtBr,碘化丙啶PI,吖啶橙、Cy3等。而选择用于qPCR反应的染料通常会从信号强度、生物安全性、检测简便性和经济适用性这几个因素考虑。例如EtBr可能存在潜在的致癌性。综合考虑下来,SYBR Green I成了比较理想的选择。目前,使用Evagreen的实验者也越来越多,Evagreen作为一种新型的染料,其光谱性质与SYBR Green I类似,其优势在于:▶  对PCR反应的抑制程度小。高浓度SYBR Green I会强烈抑制PCR反应,因此要控制其使用浓度,一定程度上降低了DNA检测的灵敏度。▶ 与DNA结合密度高。单位长度的DNA双链上Evagreen的密度更高,为饱和型染料,消除了SYBR Green I存在的“染料重分布”的缺陷,提高检测灵敏度的同时也可用于高分辨率溶解曲线HRM。▶  化学性质更稳定,适合长期保存。TaqMan 探针TaqMan 探针基本可以满足60%以上的qPCR实验,如常规的基因表达和拷贝数变异CNV实验。TaqMan 荧光探针是一种寡核苷酸探针,荧光基团连接在探针的5'末端,而淬灭剂则在3'末端(图2)。PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针,探针完整时,报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收; PCR扩增时, Tag酶的5'-3'外切酶活性将探针酶切降解,使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离,从而荧光监测系统可接收到荧光信号,每扩增一条DNA链,就有一个荧光分子形成,实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。常用的荧光基团是FAM,TET,VIC,HEX。▲ 图2 Taqman探针MGB探针对于要分辨单碱基差异的SNP实验,采用对碱基错配容忍度更低的MGB探针,在淬灭基团后加入了DPI3基团(图3),从而提高了与靶标结合的亲和力;而且可以对靶点碱基进行化学修饰,如PeptideNucleic Acid和Locked Nucleic Acid。▲ 图3 MGB探针双杂交探针Taqman探针对探针的长度有比较严格的要求,双杂交探针则消除了这一“缺陷”。双杂交探针是由两条寡核苷酸单链组成,一条的3’端带有供体荧光分子,另一条的5’端带有受体荧光分子(图4)。游离状态下荧光供体会发出荧光,但当两条单链都匹配到模板链上时,就会发生荧光共振能量转移FRET,受体荧光分子就可以发出荧光,其荧光强度与生成的产物的量成正比。双杂交探针的优势有两点:摆脱了探针长度的限制,较长的探针可以提高与模板匹配的成功率;只有上下游两条探针都正确匹配后才能检测到受体荧光分子发出的荧光,特异性有所提高。▲ 图4 双杂交探针分子信标探针游离状态下,分子信标探针是一种茎环结构,其环状部分的15-30个碱基可以与靶标区域相结合匹配,下端的配对区域(左右一般各5-6个碱基)则由重复的GC组成,从而将5’的荧光分子和3’的淬灭基团紧紧聚在一起,荧光发生淬灭;当退火时,分子信标探针解开环并与模板靶标杂交,这样荧光分子和淬灭基团的物理距离就变大了,荧光淬灭的前提就打破了(图5)。除了MGB探针,分子信标探针也非常适合用于SNP检测。▲ 图5 分子信标探针除了上述几种类型的探针之外,还有尝试将引物和探针功能相结合的技术,如Amplifluor、LUX等,在设计难度上有所提高,但使用时更简便。各有其应用的侧重点和设计上的利弊,在此不多赘述。那么在荧光定量PCR实验中,我们应该如何进行选择呢?在这里,给大家总结了一些两种方法的区别,供大家参考。表1 染料法和探针法的区别
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2022-12-14 14:26:52naica®微滴芯片数字PCR系统对韩牛分子标记物的准确评估
导读韩牛(Bos taurus coreanae)是一种驯化的哺乳动物,在韩国消费市场作为食物资源,其牛肉消费量远超其他品种,这种消费模式导致了区分韩牛和其他牛品种的分子研究的出现。不仅是牛,其他经济动物的不同品种在市场中的经济价值也存在较大的差异,所以准确进行种质鉴定势在必行。在之前的一项研究中,使用传统的PCR方法和Sanger测序验证确定了由TE关联缺失事件产生的韩牛特异性SV。它可以用作区分不同牛品种的分子标记(即韩牛与荷斯坦牛)。然而,PCR存在缺陷,每个样品都有各种最终拷贝定量。为了克服传统PCR的局限性,并准确评估先前研究中确定的韩牛特异性SV位点,檀国大学生物医学科学系联合畜牧研究所和檀国大学医学院,使用naica️®微滴芯片数字PCR系统对韩牛特异性SV位点进行了更为精确的检测,并将成果《Quantitative evaluation of the molecular marker using droplet digital PCR》发表在Genomics & Informatics杂志上。转座元件(TEs)约占牛基因组的一半。它们可以是一个强大的物种特异性标记,在基因组进化时没有结构变异(SV)的回归突变。因此,作者应用naica️®微滴芯片数字PCR系统对韩牛特异性SV进行准确的定量检测。虽然样品在韩牛群体中的等位基因频率变化较低,但naica️®微滴芯片数字PCR系统可以通过绝对定量进行高灵敏度检测,可以做到比PCR更准确的定量。所以naica️®微滴芯片数字PCR系统平台相比于传统PCR更适用于分子标志物的定量评价。应用亮点:▶  使用naica®微滴芯片数字PCR系统对韩牛特异性SV进行准确的定量检测。▶ dPCR测定在计数单分子和分析特定群体的少量拷贝时可以高精度地定量,与qPCR相比,具有更高的准确性。▶ 经过sanger测序,确定了naica️®微滴芯片数字PCR系统检测准确无误,且操作和成本均低于测序。▶ naica️®微滴芯片数字PCR系统适用于分子标志物的定量评价。实验方法:检测样本信息:共提取了五个棕色韩牛DNA和五个荷斯坦DNA作为实验样本。检测方法:为了更准确地检测韩牛特异性SV,将“Del_96”位点应用于naica️®微滴芯片数字PCR系统(Stilla Technologies)。进行naica️®微滴芯片数字PCR系统前确认韩牛和荷斯坦牛的DNA的浓度定量。FAM引物组和FAM探针用于检测韩牛和荷斯坦牛基因组。VIC引物组和VIC探针设计在韩牛特异性缺失(图 1B)。因此,FAM引物组和FAM探针(阳性对照)设计在所有牛DNA中检测。VIC引物组和VIC探针设计用于仅检测韩牛的荧光。▲图 1B实验结果:FAM染料在所有牛基因组中均被检测到,VIC染料仅在韩牛样品中显示出显著的检测。这表明所有韩牛基因组都包含特定的缺失序列(Del_96区域)。在韩牛样品中检测到VIC染料的信号平均浓度为243(copies/ μL)。虽然在荷斯坦样品中也检测到平均浓度0.12(copies/μL)的VIC染料信号,但这些信号相比韩牛可忽略不计。▲naica®微滴芯片数字PCR系统检测韩Del_96和荷斯坦样品之间区域的绝对拷贝数比较。浓度图在 X 轴上指示样品数,在 Y 轴上指示对数刻度条(拷贝/μL)。(A)在所有样品中检测到FAM荧光。韩牛样品的绝对拷贝数大约是荷斯坦样品的两倍。(B)仅在韩牛样品中强烈检测到VIC荧光。最后,文章Results and Discussion给出-数字PCR适合作为验证物种特异性标记的平台。综上,对于naica️®微滴芯片数字PCR技术,准确定量绝对拷贝数是一个关键特征,相比qPCR准确性更高,naica®微滴芯片数字PCR为本文的检测提供了有利的支持,也验证了这一特征。在不久的将来,通过将物种识别工具应用于naica️®微滴芯片数字PCR系统,它作为大样本量物种鉴定平台具有巨大潜力。所以naica️®微滴芯片数字PCR系统适合作为验证物种特异性标记的平台。期刊介绍:Genomics & Informatics是由韩国基因组组织发行的涉及农业和生物科学、生物化学、遗传学、分子生物学、健康信息学等领域的期刊。
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2017-05-14 09:33:40蓝色荧光标记物在荧光显微镜的dapi通道能看到吗
 
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2023-05-08 19:13:14明美LED荧光光源助力显微镜荧光升级
明美LED荧光光源助力显微镜荧光升级荧光显微镜具有特异性强、检出率高等优势,因此在各种科研和医学检查应用中使用广泛,传统荧光显微镜因为汞灯光源限制,有比较多使用难点,明美针对这些问题,投入大量人力和资金,研发出了一系列LED荧光光源,助力显微镜荧光升级和传统荧光显微镜升级LED荧光显微镜,取得市场广泛认可。荧光显微镜的常用光源通常都是白光光源,而荧光光源有高压汞灯,氙灯,金属卤素灯和LED白光光源以及LED单波长光源,光源间各有优劣势,近期,北京用户需要替换汞灯光源,因为汞灯寿命短,需预热,操作繁琐,明美北京区域工程师提供了四通道的LED荧光光源MG-120,寿命长,即开即关,操作简单,解决的老师的使用烦恼 荧光光源MG-120采用四通道独立控制,可选BGUR等不同通道配置,寿命长,衰减慢,通常不需要更换灯泡及校准,可以即开即用;控制方便,外部配备有控制器,能进行特定波长开关和亮度记忆,减少荧光串色及荧光淬灭。此次,用户是搭配奥林巴斯倒置显微镜IX73,该荧光光源已做测试,可适配各荧光显微镜如果您对荧光光源感兴趣或存在疑问,欢迎与我们联系,我们将竭诚为您服务!来源:https://www.mshot.com/article/1738.html
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