瓶颈一
可培养微生物筛选效率低、重复率高,难以捕捉物种多样性;
瓶颈二
不可培养的关键功能微生物“只闻其声,不见其人”,无法建立功能与基因型的直接联系。
· 广度挖掘:RAcolony高通量菌落智能筛选系统,通过“微观图像+拉曼光谱”双模态表型分析,实现对可培养菌株的高效、低冗余筛选,最大限度拓宽菌种资源库的物种多样性。
· 深度解析:PRECI SCS可视化单细胞分选仪,结合稳定同位素探针(SIP)技术,实现对特定功能微生物(如污染物降解菌)的原位、精准捕获与分选,深入解析其基因功能,直击“不可培养”难题。
取活性污泥为样本,样品处理后,进行涂布培养,全皿146个菌落,经RAcolony基于图像与拉曼光谱的去重筛选后,最终选取的16个菌落,其微观形态与拉曼光谱如图2所示。结果显示去重效果显著,各菌落在形态和分子光谱层面均存在明显差异。
图1 RAcolony“去重”筛选后16个菌落微观图像和拉曼光谱
该样本同步进行人工筛选,全皿146个菌落,实验者根据经验挑取了13个菌落,测序结果如表1所示,RAcolony的筛选效率显著高于人工挑选。
表1 RAcolony与传统人工筛选的比较
将传统平板分离法与13C标记单细胞拉曼光谱(Raman-SIP)技术对比结合,实现活性污泥中双酚A(BPA)降解菌的原位识别、功能验证与基因解析。
图2 活性污泥中双酚A降解菌单细胞筛选流程图[1]
· 精准锁定功能菌: 通过Raman-13C SIP技术,成功识别出在原位环境中主动代谢13C-BPA的活性细胞。
· 物种鉴定: 利用PRECI SCS分选这些功能细胞并进行测序,发现其主要归属于Pseudomonas(91.4%)和Comamonas(8.6%)两属,明确了它们是BPA降解的核心功能菌群,这与传统平板法获得的结果既有重合也有差异,揭示了原位真实的功能图景。
· 机制解析:宏基因组解析标明,分选细胞含苯环裂解及苯丙氨酸合成相关基因,明确了BPA从“降解-碳利用-生物合成”的完整代谢链;
图3 污泥细菌在13C-双酚A中暴露3天后的单细胞可视化及拉曼光谱图[2]
(a)载玻片上的细胞;(b)细胞的三维图像;(c)拉曼光谱;(d)分选前和(e)分选后的HOOKE分选芯片,粉色箭头指示分选后的单细胞位置。
RAcolony解决可培养资源获取的效率和广度问题,而PRECI SCS则攻克原位功能解析和不可培养资源的深度难题。这一筛选工具平台,将加速从活性污泥这一“黑箱”中发掘新物种、新基因和新功能的过程,推动环保科技的持续创新。
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参考文献:
[1] Habasi Patrick Manzi, Dan Qin, Kai Yang, Hongzhe Li, Claude Kiki, Jean Claude Nizeyimana, Li Cui, Qian Sun, Unveiling bisphenol A-degrading bacteria in activated sludge through plating and 13C isotope labeled single-cell Raman spectroscopy, J Hazard Mater., 2025 Mar 5:485:136862. doi: 10.1016/j.jhazmat.2024.136862. Epub 2024 Dec 12.
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