高通量建库仪在GWAS大量样本测序研究中的应用

来源：睿科集团股份有限公司分类：应用方案

2025-04-11 17:00:14 37阅读次数

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GWAS（Genome-Wide Association Study）-全基因组关联分析，是一种在全基因组范围搜索遗传变异位点，并与性状进行关联分析的一种方法，通过比较基因型与表型，锁定与目标性状相关的基因位点。

GWAS

目前常见的应用领域

农业分子育种

揭示关注农艺性状的遗传基础（产量、抗逆性、品质等），探索遗传学机理，为分子育种提供指导和支持。

疾病研究

寻找特定疾病（例如心血管疾病、精神类疾病、癌症等）相关的遗传变异位点，了解疾病发病机制，为早期预防和治疗提供靶点信息。

在农业领域

动植物GWAS研究流程及内容

GWAS研究中，一般自然群体材料的样本数量要求至少200个以上，而针对复杂性状，样本数量的要求更多，以便得到更为准确的功能基因定位（表1：水稻GWAS已发表文章中的样本数量）。

表1

物种	年份	样本数	期刊	分析内容
水稻	2014^[1]	529	NG	代谢相关性状
	2014^[2]	533	NG	农艺性状
	2016^[3]	381	NG	谷粒大小性状
	2016^[4]	176	NG	抽穗性状
	2016^[5]	93	NG	耐盐性状
	2018^[6]	507	MP	耐旱性状
	2020^[7]	524	PBJ	抗倒扶性状
	2021^[8]	1520	JIPB	水稻与褐飞虱互作与进化
	2023^[9]	268	NC	耐盐碱性状
	2025^[10]	6044	MP	抽穗期、产量、逆境响应

针对群体数量较大的GWAS研究，在测序前期湿实验的建库环节无疑是一个巨大的工作任务，无论是全基因组GWAS，还是简化基因组GWAS，都给人工建库带来挑战，而高通量的自动化建库仪为大量样本的建库提供了一个高效、稳定、安全的工作平台，单个工作日可完成200-300个基因组文库的构建。

Vitae 180 NGS-96建库仪

大量样本测序研究中的应用

Vitae 180 NGS-96建库仪适用于高通量（96个样本/run）的建库需求，可自动化完成各类文库构建流程；包含建库所需要的所有功能模块（PCR板冷槽、PCR 板加热模块、PCR 板振荡模块、PCR板磁力架、PCR仪），满足不同建库流程的需要。

全基因组建库流程

盘面布局

产品特点

产品参数

参考文献

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[2] Yang WN, Guo ZL, Huang CL et al., Combining high-throughput phenotyping and genome-wide association studies to reveal natural genetic variation in rice[J]. Nature Communications (2014)

[3] Si LZ, Chen JY, Huang XH, et al., OsSPL13 controls grain size in cultivated rice[J]. Nature Genetics (2016)

[4] Yano K, Yamamoto E, Aya K, et al., Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes influencing agronomic traits in rice[J]. Nature Genetics (2016)

[5] Meyer RS, Choi JY, Sanches M, et al., Domestication history and geographical adaptation inferred from a SNP map of African rice[J]. Nature Genetics (2016)

[6] Guo Zilong, Yang Wanneng, Chang YuMa et al., Genome-Wide Association Studies of Image Traits Reveal Genetic Architecture of Drought Resistance in Rice[J]. Molecular Plant(2018)

[7] Zilong Guo, Xiao Liu, Bo Zhang et al., Genetic analyses of lodging resistance and yield provide insights into post-Green-Revolution breeding in rice[J]. Plant Biotechnology Journal(2020)

[8] Cong Zhou, Qian Zhang, Yu Chen et al., Balancing selection and wild gene pool contribute to resistance in global rice germplasm against planthopper[J]. Journal of Integrative Plant Biology (2021)

[9] Jun Yu, Chengsong Zhu, Wei Xuan et al., Genome-wide association studies identify OsWRKY53 as a key regulator of salt tolerance in rice[J]. Nature Communications (2023)

[10] Xiaoding Ma, Hao Wang, Shen Yan et al., Large-scale genomic and phenomic analyses of modern cultivars 2 empower future rice breeding design[J]. Molecular Plant(2025)

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