晶体日记（二十四）-别高兴太早- X射线衍射XRD

太忙，许久没有写什么东西。也很少能找到时间静下心来去思考一些事情。大环境太卷，都不知道在卷什么。

即便忙到飞起，还是有很多时间很可惜的浪费掉了。解析结构也是如此。有时忙活半天才发现，起初的结论压根就是个“苦笑”的错误。

从电报乌龙看科学解析的局限

培训时，突然想起初中时一件啼笑皆非的事情。在那个还几乎没有电话的年代，依稀记得初二那年，语文老师突然接到东北老家发来的电报，意思是父亲病故速回。语文老师哭红了眼睛跟我们说她回去几天。然而一个礼拜之后语文课上，她十分气愤地告诉我们这是一个大乌龙，译报员翻译错了电报信息......。具体是什么，已不记得。但是译报员的工作和我们解析结构其实并没有什么区别。

人眼睛是有局限的，只能看到晶体的外形。衍射仪也是有局限的，只能给你晶体的衍射空间数据。我们想要的结构是要靠程序和电脑去从衍射数据里挖掘的。既然没有直接看见，意思如同一个老师讲的那样“所见非所得”，我们只是在靠科学的手段去猜罢了。如同在破译电报，破译错了很多时候也看起来像那么回事。所以数据库里或者文章里的很多结构不见得就是对的。
常见的结构解析错误

比较常见的结构解析错误，包括晶胞定错，晶系定错以及空间群定错，当然还有模型的搭建错误等等。而空间群定错基本上十分的隐蔽，即便是从业多年的晶体民工，也很难分清一些细小的差别。记录下错误也许下次才不会再犯。

这个晶体呢，确实有难度而且衍射很弱。XPREP给出的空间群是P222₁。

然而P222₁解析不出结构。尝试了许久才终于在P2₁2₁2₁下得到了原料组成的框架。并且精修下来还不算太差。更有趣的是，结构连接成了COF的框架结构。虽然数据分析并不支持P2₁2₁2₁的空间群，但也许会有孪晶的原因，且这是只能拿到的结果。看到这样的结果其实是有些兴奋的，这样连接成的COF结构完全属于出乎意料的结果，是个“新的发现”。

然而这样的结果，并不能让人放心，太多的反常。比如堆积十分的紧密，原子间的间距太近。有些透不过来气的感觉。这样看起来像那么回事的结构真的存在么？还好，这样的怀疑保持到了结束。其它的实验表征也不支持这是一个COF晶体。也就是需要推导了重来。仔细分析空间群可能的结构，以及衍射图上的系统消光规律，其实可以推导出空间群有可能的是P2₁2₁2，而不是P2₁2₁2₁。有了合理的分析后，结构解析也就可以在确定的方向上不断努力，而不是到处乱猜。结果得到了更合理的结果，甚至溶剂也都可以看到了。

结论

所以刚开始看到的有趣的结构，被一系列的反常所打破。因为空间群定错的原因，我们破译错了衍射信息，自然也就得到了错误的结构。即便精修的参数看起来并不是那么差，但也不过是假象罢了。

如果这样的结构发表了，也真就变成了笑话了。切记仔细小心！

转载于《布鲁克X射线部门》公众号