非小细胞肺癌基因无突变可以用哪种靶向药盲试

       在非小细胞肺癌(NSCLC)靶向治疗过程中，有可能会出现获得性耐药的问题。虽然目前已经发现了许多获得性耐药的驱动因素，但在治疗过程中导致肿瘤进化的潜在分子机制还不完全了解，治疗在多大程度上通过促进突变过程积极推动肿瘤的发展尚不明确。因此来自美国马萨诸塞州总医院的Hideko Isozaki和Ammal Abbasi等科学家发表了一篇名为《APOBEC3A drives acquired resistance to targeted therapies in non-small cell lung cancer》的文章，文中作者研究了在NSCLC靶向治疗期间，是否有特定的突变机制驱动肺癌的基因组进化。结果表明靶向治疗诱导胞苷脱氨酶APOBEC3A (A3A)突变可能促进非小细胞肺癌获得性耐药的发展。

       作者在研究中发现，临床常用的肺癌靶向治疗诱导A3A的表达，导致耐药癌细胞持续发生突变。诱导A3A可以促进了药物治疗细胞中双链DNA断裂(DSBs) 的形成，从而导致耐药细胞进化过程中的染色体不稳定性，如拷贝数改变和结构变异。通过基因缺失或RNAi介导来预治疗诱导的A3A突变可以延缓耐药的出现。因此，靶向治疗诱导A3A突变可能促进非小细胞肺癌获得性耐药的发展。A3A的表达或酶活性可能是一种潜在的治疗策略，以预防或延迟获得性耐药的肺癌靶向治疗。因此靶向治疗诱导A3A突变可能促进非小细胞肺癌获得性耐药的发展。 A3A的表达或酶活性可能是一种潜在的治疗策略，以预防或延迟获得性耐药的肺癌靶向治疗。

       在DNA双链损伤形成时,H2AX的Ser139 位点会被迅速磷酸化,从而形成γH2AX，γH2AX可以作为双链修复的标志物。文章中作者通过免疫荧光技术，利用ECHO Revolve正倒置一体荧光显微镜进行免疫荧光观察。在奥希替尼治疗2周后，我们观察到PC9细胞中组蛋白变体H2AX的Ser139磷酸化水平升高（图1），说明TKI诱导的A3A突变导致基因组不稳定，促进耐药克隆的进化。将γH2AX映射到TKI处理的PC9细胞的细胞周期分布上显示，γH2AX最显著地定位于一个恢复细胞分裂并处于G2期的细胞亚群（图2），因此，TKI治疗诱导增殖耐药细胞中A3A催化的基因组损伤。

▲图1：用1 μM奥希替尼处理PC9细胞0或14天，用γH2AX染色以量化DNA损伤。NT，没有处理；比例尺= 70μm。

▲图2：左图是用1 μM奥希替尼处理PC9细胞14天，用EdU/DAPI染色以分辨细胞周期，代表G1、S、G2细胞;比例尺= 10 μm。右图是EdU细胞周期试验的散点图，用γH2AX定量DNA损伤。NT：未处理。

       
      作者的研究结果表明，TKI治疗后APOBEC突变信号的获取可能指示了耐药克隆的进化路径，并提供了一种新的机制，通过该机制，靶向治疗可能在治疗期间无意中增加了癌细胞的适应性突变。因此，阻止A3A的表达或酶活性可能是一种潜在的治疗策略，以预防或延迟获得性耐药的肺癌靶向治疗。

参考文献：H Isozaki, Abbasi A , Nikpour N , et al. APOBEC3A drives acquired resistance to targeted therapies in non-small cell lung cancer. 2021.

DOI:10.1101/2021.01.20.426852

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循环肿瘤DNA（ctDNA）是一类具备广泛应用前景的肿瘤标志物，可用于肿瘤发展及预后状态的无创测定。现有的ctDNA检测方法要根据每位癌症患者的情况来制定繁琐的检测步骤，且敏感度低，难以适用于广泛的临床应用。近期在Nature Medicine上发表的一篇文章中1，研究人员介绍了一种全新的ctDNA检测技术：癌症个体化深度测序分析方法（CAPP-Seq，cancer personalized profiling by deep sequencing）。该方法利用定制化的NimbleGen SeqCap EZ Choice Library作为”筛选器” (selector)对样本进行靶向捕获后再进行深度测序，其对非小细胞肺癌（NSCLC）的ctDNA检测结果灵敏度高，特异性强且经济可行。

研究者从肿瘤基因突变数据库（COSMIC）等来源找出与NSCLC复发突变相关的外显子，再对来自肿瘤基因图谱（The Cancer Genome Atlas)数据库的407位NSCLC患者全基因组测序结果进行筛选，并应用迭代算法使筛选出的区域在充分覆盖每个样本的错义突变的同时尽可能的精简。由于部分NSCLC有ALK、ROS1、RET相关的重排，因此研究者也将这些基因中复发突变的外显子或内含子一并包含在目标区域内。罗氏NimbleGen根据以上区域定制了NimbleGen SeqCap EZ Choice Library靶向序列捕获产品作为本次CAPP-Seq的”筛选器”，包含了139个相关基因的521个外显子和13个内含子，共约125kb。NimbleGen”筛选器”有效的把测序区段浓缩到整个基因组大小的0.004%， 使得后续超高深度测序得以实现。

研究者还在不同阶段的非小细胞肺癌（NSCLC）中对CAPP-Seq进行了验证，发现II-IV期的NSCLC中检测敏感性为，I期的NSCLC中敏感性为50%，而且在各期肺癌中的特异性均在96%，甚至ctDNA比例低至约0.02%的时候也还能够被CAPP-Seq检测到.II-IV期和所有分期的肺癌样本中，根据ROC曲线计算出的AUC值分别为0.99和0.95，足以见得CAPP-Seq检测的威力

研究者还发现，除去两例I期样本肿瘤大小明显高于其ctDNA值所对应的大小外，用CAPP-Seq测定的ctDNA水平和肿瘤大小(用CT和PET评估) 之间存在显著相关性（p＝0.0002，R2=0.89）。后续研究发现， ctDNA水平随着病程进展和相应的ZL也在不断的变化。研究者对于7例阳性和3例阴性样本进行了肿瘤样本（侵入性活检）和血液样本（非侵入性CAPP－Seq检测）的筛查和基因型检测对比， 结果发现CAPP－Seq能够准确测定肺癌的基因型，其检测效能与作为金标准的肿瘤活检相比毫不逊色。

虽然本研究主要是基于肺癌， 但研究人员认为，CAPP-Seq法将会广泛应用于临床，检测多种类型的恶性肿瘤，促进个性化癌症ZL的发展。

担当CAPP-Seq这一新方法中举足轻重的“筛选器”重任的NimbleGen SeqCap EZ Choice Library因其灵活的个性化定制和GX的靶向捕获能力，使得对于不同肿瘤特异性的ctDNA的捕获富集成为可能，成为CAPP-Seq进军临床的助推器。基于靶向富集和高通量测序技术的CAPP-Seq是否能成为ctDNA检测的金标准， 让我们拭目以待吧！

1. Newman A M, Bratman S V, To J, et al. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage[J]. Nature medicine, 2014.