自动化建库
当前,高通量测序已成为生命科学领域最有力的工具,极大促进了肿瘤、遗传病和病原等领域的发展。高通量测序中的建库操作仍存在流程繁琐、人力资源依赖程度高、自动化程度低等问题,限制了其在临床转化上的应用。为促进生产转型和临床应用,高效稳定的自动化建库方案是必由之路。

图1. 转录组测序流程(网图,侵删)

图2.中华家系1号全转录组RNA标准物质
(预印版文献链接https://doi.org/10.1101/2022.09.26.507265)
※测试样本:中华家系1号RNA标准品(Quartet RNA)D5、 D6 、F7、 M8,且三次平行重复;
※建库试剂盒:Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit(Cat#12309ES);
※自动化平台:MGISP-960自动化平台;
※测序平台:DNBSEQ-G99。

图3.mRNA 建库试剂盒流程原理图
MGISP-960自动化建库与手动建库文库浓度
4个中华家系一号RNA标准品D5、D6、F7、M8样本,每个样本3次重复,同时采用MGISP-960自动化平台建库和手动建库,自动化建库与手动建库均具备高度均一的文库产量。


图4.自动化建库与手动建库文库浓度对比
MGISP-960自动化建库RNA-seq数据与中华家系一号的参考数据集对比
数据质量综合评分
12309ES测序数据对比到中华家系一号的参考数据集,以分值来代表SNR和RC的综合水平。
Great!12309ES的数据质量评分高达9.733

数据评价结果
基因counts、表达谱数据质量评价结果:每组样本包含 3 个技术重复,SNR为31.1,基因表达量结果在技术重复之间具有非常好的可重复性。

图5.样本表达谱数据 PCA 分析结果

图6.基因表达差异倍数与参考数据集一致性分析结果
MGISP-960自动化建库RNA-seq数据的post alignment分析
表1:post alignment分析的基本QC指标


图7.rRNA残留的占比
|
产品名称 |
产品货号 |
产品应用 |
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Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit |
mRNA建库 |
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Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Premixed version) |
total RNA建库 |
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Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V2 |
酶切法建库 |
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Hieff NGS® DNA Library Prep Kit |
机械法建库 |
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Hieff NGS® DNA selection Beads(Superior Ampure XP alternative) |
DNA纯化磁珠 |
|
|
1×dsDNA HSAssay Kit |
双链DNA(dsDNA)定量 |
翌圣生物携手华大智造联合推出翌圣-MGI联合品牌MGISP-960高通量自动化样本制备系统。

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