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微生物往往被视为“无处不在，无所不为”的生物，制作重组基因的载体和表达重组基因的受体也需要微生物。20世纪90年代后期开始了微生物基因组的研究。这项研究是从对微生物完整的全基因核苷酸测序入手，在分析基因结构的基础上，认识微生物的完整生物学功能。 微生物基因组研究具有目标明确、相对投入少、收效快、

成果易于转化为产品等许多优点。大多数微生物基因组已被国外学者报道，或正在测序，但还有一些我国特有的微生物资源，如投入力量进行基因组研究，有可能很快获得高起点的基地。

近日，青岛生物能源、过程研究所所单细胞中心、中国海洋大学提出低成本微生物组测序技术2bRAD-M。该技术与扩增子测序(16S/18S/ITS)和鸟枪法宏基因组测序(WMS)相比，有效克服了测序的核心缺陷，可服务于人体与环境中痕量、高度降解或污染严重之菌群样品的高效解析。该技术能够有效处理低生物量菌群样本。2bRAD目前已经被应用于包括人体、模式动物、海洋动物等上百个单一物种的基因组研究。

基因测序是一种新型基因检测技术，能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。基因测序相关产品和技术已由实验室研究演变到临床使用，可以说基因测序技术是下一个改变世界的技术。

基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。自上世纪90年代初，学界开始涉足“人类基因组计划”。而传统的测序方式是利用光学测序技术。用不同颜色的荧光标记四种不同的碱基，然后用激光光源去捕捉荧光信号从而获得待测基因的序列信息。

基因测序仪中，芯片代替了传统激光镜头、荧光染色剂等，芯片就是测序仪。通过半导体感应器，仪器对DNA复制时产生的离子流实现直接检测。当试剂通过集成的流体通路进入芯片中，密布于芯片上的反应孔立即成为上百万个微反应体系。这种技术组合，使研究人员能够在短短2小时内获取基因信息。而使用传统的光学测序技术需等待数周乃至数月后才能得到结果。

扩增子为DNA或RNA扩增后的一段核苷酸序列。比如通过PCR扩增得到的某个基因的扩增片段。更简单地说，扩增子是经过人工扩增的DNA片段或RNA片段的扩增产物。扩增子为基因组的一个DNA片段，当生物接触某种抑制该片段所含基因的功能的药物后，该DNA片段可形成多个线性拷贝。例如，哺乳动物中二氢叶酸还原酶可被甲氨喋呤抑制，当哺乳动物接触该药物后，则引起二氢叶酸还原酶基因的扩增。扩增片段常会有除被抑制基因序列以外的其它序列。宏基因组测序是指对微生物群体进行高通量测序，分析特定环境中微生物群体基因组成及功能、微生物群体的多样性与丰度，进而分析微生物与环境、微生物与宿主之间的关系，发现具有特定功能的基因。