SCIEX祝贺韩家淮院士实验室发表蛋白质组学ding级研究成果

厦门大学韩家淮院士实验室在Nature Methods上发表了基于SCIEX TripleTOF 5600+高分辨液质系统的新型SWATHTM蛋白质组定量技术数据处理方法。

左一是文章通讯作者钟传奇博士，左二是SCIEX公司组学应用支持经理郭立海博士，左三是实验室仪器管理员谢昌传博士，左四是分析测试ZX副主任陈晋安高级实验师。

       ZG科学家开展蛋白质组研究已走过十几年历程，在此领域取得了重多成就，然而在里程碑式的学术刊物Nature或Nature系列刊物上发表有关蛋白质组学的文章还是凤毛麟角，完成这个目标一直是从事蛋白质组学研究的ZG学者心中的愿望。就在此时，我们得到喜讯，厦门大学韩家淮院士实验室5年磨一剑，GX的团队，在短短的时间内就取得了非常骄人的成果，令所有从事蛋白质组研究的工作者为之骄傲，利用SCIEX的TripleTOF 高分辨液质系统将其蛋白质组研究推到了世界ding级水平，并于2015年10月6日在Nature Methods（2014年影响因子32）上发表了他们的成果。成功的在他的实验室开发出新型蛋白质组定量技术SWATHTM的数据处理软件。

       SCIEX公司得知用户的工作达到如此高的国际水准非常高兴，这也是对SCIEX公司产品和技术Zda的肯定和鼓励。为了解更多韩院士实验室的工作, 我们专门采访了该文的通讯作者之一，韩家淮院士的博士后钟传奇博士，了解他们实验室的工作内容和该文章的核心思想，以便给我们广大的质谱工作者和SCIEX质谱仪器用户有所启发。

1 韩院士实验室的主要研究内容是什么？有哪些方向？

答：韩老师实验室主要研究内容是在先天性免疫反应中细胞内信号的传导，具体有细胞程序性坏死的机制，p38信号通路在细胞应激反应中的调控机制等等。但是，蛋白质组并不是主要研究方向，只是其中一小部分，只有3-4个人在做这方面的研究，都是在我的带领下进行的。

2 实验室开展蛋白质组研究的历史或历程？蛋白质组平台是怎样的构成？

答：我（钟传奇博士）在2010年来到韩老师实验室做博士后，韩老师觉得蛋白组是一个强有力的工具，所以要我来负责蛋白组学的研究。现在平台只有2台SCIEX公司的质谱仪，一台TripleTOF 5600和一台TripleTOF 5600+。

3 为什么连续购买SCIEX的TripleTOF？怎样评价现在的平台？

答：主要是因为TripleTOF 5600是一个高分辨率高灵敏度的质谱，扫描速度快，而且5600可以实现新型的蛋白质组定量技术---SWATHTM。购买之后用了差不多4年，一直运行很稳定，数据产出也很多，我们使用比较满意，所以考虑到生科院的使用情况就又买了一台。

4 蛋白质组学平台取得了哪些科研成果？

答：蛋白组学平台还是取得了比较多的成绩，在纯蛋白组领域，我们在如下杂志Molecular Cell Proteomics （2012），Proteomics（2014）和Nature Methods (2015)发表了一系列文章. 在其他领域，我们利用蛋白组为工具推进了其他课题研究的进步，在如下期刊JBC (2013), Cell Host Microbe(2015)和Nature Cell Biology (2015)发表了一系列文章。

5 怎么评价这种SWATHTM全新的蛋白质组定量技术？和其他定量技术比较有什么好处？未来期望哪些地方可以进一步提升？

答：SWATHTM-MS 是一个全新的蛋白质组定量技术，是DIA技术的一种。虽然DIA很早之前就出现了，但是SWATHTM-MS是**个把灵敏度和可使用性结合的**的技术。相比基于IDA的定量技术如SILAC、iTRAQ和label-free，其优点在于能在多个样品之间对肽段进行良好的一致性定量，即SWATHTM的定量准确性、重现性和全面性是其他方法无法比拟的。我觉得，SWATHTM-MS的灵敏度还可以再进一步地提高。

6 为什么仅仅一个软件就可以发表在Nature Methods上？

答：SWATHTM-MS是一个全新的，并且拥有很多优点的蛋白组定量技术，已经被该领域广泛接受和应用，其应用有非常好的前景。但是其后续的信息学处理软件却非常缺乏，尤其是SWATHTM数据直接做蛋白质鉴定。所以这个软件开发解决了一个大家都比较关心的问题。

7 文章里说的Group-DIA的设计思路是什么，比其他的处理软件有哪些优势？

答：SCIEX的SWATHTM2.0商业化软件和Open-SWATHTM在做定量时，需要构建Library，而Group-DIA想解决的主要问题是不需要建library就可以直接实现定量，即对SWATHTM数据同时做蛋白鉴定和定量。其主要的思路是Group-DIA软件在发现母离子和其子离子对的时候，整合了多个样品的信息，故Group-DIA软件能在SWATHTM-MS数据里鉴定和定量到比其他软件如DIA-Umpire更多的肽段。

8 这个软件SCIEX的其他用户可以免费SY吗？到哪里可以下载？

答：当然可以，我们非常欢迎同行来使用这个软件，Group-DIA是开源软件。我们会对软件进行持续更新。我们的Nature Methods文章有提供下载地址。

9 SCIEX自去年就已经将SWATHTM升级到了2.0，定量数据质量的提升很大，您怎么看待SCIEX公司的商业化SWATHTM2.0数据处理软件？咱们的Group-DIA软件和这个有比较吗？是一个互补吗？

答：我们也购买了SCIEX公司的商业化SWATHTM2.0数据处理软件，用起来很方便。SCIEX公司的SWATHTM2.0数据处理软件是基于库的SWATHTM分析软件，Group-DIA是不依赖于库的SWATHTM分析软件，不是很好比较。这两个软件是很好的互补。

10 SCIEX公司已经推出了OneOmics 云端多组学数据分析平台，可以在云端来做SWATHTM数据分析，并可以进行后续的生物信息学分析，同时可以和基因组学数据进行整合分析，帮助科学家更方便的一站式挖掘深层次的生物学意义，您怎么看待OneOmics ?

答：SWATHTM的数据处理是一个较复杂的过程，OneOmics?是一个很好的平台，可以将很多的复杂的过程简单化，处理速度要比本地快很多，利于科学家使用。而且可以在一个云环境里做好多生物信息学分析，非常方便，很容易找到一些有意义的信息。

11 OneOmics 是一个开放式的云端计算平台，科学家可以将自己开发的软件APP放上去，让更多的人使用，咱们有兴趣将Group-DIA代码放进OneOmics 平台吗？

答：我当然希望能将Group-DIA整合到OneOmics 平台，但是中间可能会有一些兼容问题，我们可以和SCIEX合作解决这些问题，将Group-DIA代码放到OneOmics 平台，让更多的同行来应用。

       韩院士实验室在钟博士的带领下，蛋白质组研究能取的这么好的成绩，就像钟博士讲的质谱平台是基础，对质谱和蛋白质组学的技术深入理解是关键，抓技术热点是捷径。所以，我们也希望广大的SCIEX用户能够充分发挥仪器的优势，做出更多更杰出的科研成果，让ZG科学家在国际同行中产生更大的影响力。

韩家淮教授

• 厦门大学生命科学学院教授

• “千人计划”特聘教授

• 长江学者特聘教授

• ZG科学院院士

       韩家淮教授是先天性免疫信号传导领域的世界知名学者，在世界上率先发现p38信号通路。细胞内存在多条信号通路以介导不同的生物学反应。p38信号通路是细胞内Z重要的信号通路之一，它在许多生物学反应包括细胞周期调控、细胞增殖、发育、分化、衰老、凋亡、免疫反应及肿瘤发生中起重要作用。韩家淮教授领导的实验室在p38信号通路的研究领域一直保持世界领xian地位。

细胞应激生物学国家ZD实验室

       “细胞应激生物学”国家ZD实验室（厦门大学）于2010年9月在原“细胞生物学与肿瘤细胞工程”教育部ZD实验室和“福建省癌症生物学”ZD实验室的基础上申请建设，于2011年10月获科技部批准建设。现任国重实验室主任为韩家淮教授，学术委员会主任为王志新院士。

        实验室以细胞应激反应为主线，ZD围绕着细胞应对外界刺激的应激反应生物学、细胞应对自身癌变的应激反应生物学、细胞应对代谢状况变化的应激反应生物学这三个方向开展研究。实验室秉承“边建设边运行”的方针，以基础理论研究为根本，结合应用基础研究，从分子、细胞和个体水平上深入地研究炎症应激反应、肿瘤胁 迫应激反应和代谢应激反应等细胞应激生物学研究领域的关键科学问题。通过多方位、多学科、多层次的联合研究，力求全面提高实验室在细胞应激生物学研究领域的综合实力，为国家人口与健康领域的需求做出重大贡献，并以的原创性成果和高水平人才队伍跻身国际知名研究ZX和人才培养基地之列。