低丰度/稀有菌株筛选，还在“千淘万漉”吗？

来源：长春长光辰英生物科学仪器有限公司      分类：应用方案 2024-11-22 11:13:08 13阅读次数

扫    码    分   享

微生物群落中数量不占优势的低丰度/稀有菌株，往往在群落中扮演着重要角色，且对生态系统的稳定性和功能发挥至关重要。对此类菌株的筛选目前多采用人工单克隆挑取方法，该方法捕获率低、周期长、重复挑取率高、且下游检测成本高。

在低丰度/稀有菌株筛选中，

运气好时是

“千淘万漉虽辛苦，吹尽狂沙始到金”

更多时候是

”千淘万漉好辛苦，吹尽狂沙没有金“！

RAcolony高通量菌落智能筛选系统在培养皿原位，基于菌落微观图像及拉曼光谱表型进行“去重复”分析，高效获取低丰度菌/稀有菌株，提高“淘金”效率。

第一步：样品

用20种肠道菌株构建模拟样本：每个样本包含3种低丰度物种（1%，0.8%，0.5%），每个平皿保证300个左右菌落数，共8个平皿（重复），其中每皿所含的3种低丰度物种分布在不同菌株上。

第二步：开始“淘金”

第三步：“淘金结果”

相同挑取菌落数下，图像去重和拉曼去重后的物种覆盖度显著高于无差别随机挑取 (Fig. 1A和B)

Fig.1 不同挑取数下物种覆盖度比较

A)不同挑取数下图像去重和无差别随机挑取下的物种覆盖度比较；B)不同挑取数下拉曼去重和无差别随机挑取下的物种覆盖度比较。

利用图像“去重”筛选，在含有3株低丰度物种的微生物群体中，挑取总菌落数的1/10，即40个菌落（Fig. 2A和B），去重筛选后的物种覆盖度接近85%，此时丰度低至0.5%的稀有物种的捕获率在80%以上。

Fig.2 图像去重菌落挑取数量与物种覆盖度和低丰度物种捕获率。

A)低丰度物种存在群体中，菌落挑取数量与物种覆盖度的关系图；B)不同低丰度阈值菌株的捕获效率 。

对于拉曼“去重”筛选，同样挑取菌落总数的1/10（40个菌落）（Fig. 3A和B），拉曼去重筛选后的物种覆盖度接近95%，且丰度为0.5%的低丰度物种捕获率为100%。

Fig.3拉曼去重菌落挑取数量与物种覆盖度和低丰度物种捕获率。

 A)存在低丰度物种群体中，菌落挑取数量与物种覆盖度的关系图；B)不同低丰度阈值菌株的捕获效率 。

菌落筛选别再“千淘万漉”

RAcolony可以让低丰度菌株筛选更高效！

END

往期推荐

拒绝“内耗”，对菌落挑取的重复劳动Say no！

2024-09-05

@设备更新选型，来自的国产原创高端设备产品选型指南请收好！

2024-09-05

低产油菌株走开，高产油菌株快来！

2024-08-30

学术成果丨《LWT-FOOD SCI TECHNOL》中国科学院长春光机所李备研究团队发表发酵乳酸菌快速检测新方法

2024-07-30

参与评论

评论

登录后参与评论

登录

获取验证码

我已经阅读并接受《仪器网服务协议》

立即登录

推荐阅读

• 

  低丰度/稀有菌株筛选，还在“千淘万漉”吗？

  菌落筛选别再“千淘万漉”，RAcolony可以让低丰度菌株筛选更高效！

  长春长光辰英生物科学仪器有限公司 23

  2024-10-23

• 

  低丰度/稀有菌株筛选，还在“千淘万漉”吗？

  菌落筛选别再“千淘万漉”，RAcolony可以让低丰度菌株筛选更高效！

  长春长光辰英生物科学仪器有限公司 18

  2024-10-26

• 

  低丰度/稀有菌株筛选，还在“千淘万漉”吗？

  菌落筛选别再“千淘万漉”，RAcolony可以让低丰度菌株筛选更高效！

  长春长光辰英生物科学仪器有限公司 13

  2024-11-22

• 

  低产油菌株走开，高产油菌株快来！

  在生物能源研究中，利用微生物开发新型油脂资源是一个重要方向。过去对于产油微生物的检测定量通常具有破坏性，不利于后续研究。

  长春长光辰英生物科学仪器有限公司 66

  2024-08-22

• 你还在费力地拧离心机转头吗？

  天美仪拓实验室设备（上海）有限公司 845

  2020-07-22

• 

  自动化整合系统UTPA平台：工业菌株超高通量筛选利器

  自动化整合系统UTPA平台：工业菌株超高通量筛选利器

  贝克曼库尔特商贸（中国）有限公司 148

  2024-09-14

• 核酸助沉剂Carrier RNA助力低丰度SARS-CoV-2假病毒核酸检测

  翌圣生物科技(上海)股份有限公司 13

  2024-12-25

• 小型标准气象站——一款千树万树梨花开五要素超声波气象站选型

  山东万象环境科技有限公司 30

  2024-06-21

• 【实验小技巧】调节电子水平泡还在靠运气吗？

  天美仪拓实验室设备（上海）有限公司 1782

  2022-04-21

• 低交联度与高交联度如何评价-低场核磁共振分析技术

  苏州纽迈分析仪器 171

  2022-05-13

• 凝胶成像仪对于某些低丰度或难以检测的生物分子可能需要采用其他

  上海培清科技有限公司 1283

  2024-02-27

• 低扩散润滑脂，防扩散润滑脂，低油离度润滑脂

  深圳市埃科润滑材料有限公司 75

  2022-06-24

• 课堂 | 人工智能显微成像能够高效检测稀有事件

  徕卡显微系统(上海)贸易有限公司 493

  2024-01-12

• 低场核磁法交联度仪器

  苏州纽迈分析仪器 206

  2022-06-29

• GB/T328.14-2007防水卷材低温柔度试验仪

  献县科宇高铁仪器设备厂 771

  2018-05-12

• 

  数字PCR知多少 | 千层云（上）

  数字PCR知多少 | 千层云（上）

  罗氏诊断产品（上海）有限公司 23

  2024-07-16

• 

  听，来自千年前的声音……

  听，来自千年前的声音……

  英斯特朗（上海）试验设备贸易有限公司 40

  2024-09-27

• 

  文献解读 | Bio Tech Reports 通过BioLector进行小规模酵母菌株筛选，进行木质纤维素水解物的评价

  文献解读 | Bio Tech Reports 通过BioLector进行小规模酵母菌株筛选，进行木质纤维素水解物的评价

  贝克曼库尔特商贸（中国）有限公司 633

  2024-01-17

• EVA的交联度-低场核磁法

  苏州纽迈分析仪器 630

  2022-05-13

• 测定交联度的低场核磁法

  苏州纽迈分析仪器 103

  2022-06-10