第二期主题:脱盐柱
① 缓冲液置换的原理和应用
缓冲液置换的原理是凝胶过滤层析的组分分离 (Group Separation) :超过填料排阻极限的生物大分子,因为无法进入填料孔隙中,而排阻在外,紧跟着外水体积(30%柱体积)Z先出峰;而小分子则依据其分子量大小,会不同程度的进入填料孔隙中,晚出峰,从而将大分子和小分子杂质分开。常用于样品准备、层析步骤之间的衔接、去除染料或小分子标记物、终止反应、去除核苷酸以及脂质体包封率的检测[1/2]等。脱盐本身即是一种缓冲液置换,将样品从高盐缓冲液置换到低盐或无盐缓冲液。
② 填料介绍
Sephadex G系列填料,为葡聚糖交联还原氯丙烷(即异表氯醇)。目前Sephadex系列产品主要用于组分分离,如缓冲液置换。Sephadex G系列填料的不同数字(G-10、G-15、G-25、G-50、G-75和G-100),代表其使用不同分子量范围的葡聚糖,G后面数字越小,葡聚糖共聚物的交联度越高,分离样品的分子量范围越小。另外,随着交联度的增加,填料的溶胀降低。
表1:G系列填料参数表
表2:Sephadex G系列填料对于球蛋白、多糖和DNA的分离范围[3]
G系列填料对于球蛋白、多糖和DNA样品的分离范围请参考表1和表2。其中,G-25Z为常用,适合目的样品分子量大于5 KD[4]。缓冲液置换要求目的样品的分子量大于排阻极限(可以参考分离范围的上限),也就是无法进入填料孔隙中,同时,杂质小分子Z好低于分离范围的下限,在接近1个柱体积位置出峰,对于G-10和G-15建议Z好小于100 Da。
③ 产品的选择
根据样品分子量、体积和操作方式,选择合适的脱盐柱产品。
1
根据目标样品的种类和分子量,选择合适的填料,如上。
2
样品体积:一般脱盐实验的上样体积不超过柱体积的30%(即外水体积)。对于装填柱效良好的柱子,外水体积占柱体积的30%,这点可以近似用圆柱体和内切圆的体积计算,圆柱体体积πr^2*2r,球体的体积4/3πr^3,二者之差2/3πr^3,所以外水占圆柱体总体积的1/3。在层析图谱中亦有体现。为了避免样品稀释,建议选择样品体积和脱盐柱的样品容量接近。
3
根据操作方式的差异,包括重力、离心、抽真空、蠕动泵、?KTA层析系统等。
表3:脱盐柱产品选择[5]
HiTrap系列 (5 mL) ,可以注射器、蠕动泵或?KTA仪器操作,Z多5根串联。更大体积连接?KTA仪器使用的HiPrep系列 (15 mL) ,Z多4根串联。
图1:HiTrap Desalting及HiPrep desalting串联操作
例如HiTrap串联后,上样量随着柱体积而增加,反压增加需适当降低流速,但是分辨率也稍好[6]:
图2:HiTrap Desalting 1根和5根串联操作层析结果图
当需要处理更大体积样品时,也可以购买散装填料自行装填空柱。粗颗粒 (Coarse) 反压低、流速较快,细颗粒 (Fine) 流速较慢但分辨率较高。一般,选择装填高度较矮 (10~30 cm) 且直径大的柱子[4],以提高流速缩短运行时间。
表4:Sephadex G系列散装填料[5]
G系列填料装填方法请参考产品操作说明[12/13],溶胀后粒径大小如下,可以用于评估柱效:
表5:Sephadex G系列填料溶胀后粒径大小
不同形式的预装脱盐柱和填料的对应关系如下:
表6:脱盐柱和填料对照表
④ Z常用的PD-10脱盐柱
PD-10脱盐柱(货号17085101)预先装填了8.3 mL的Sephadex G-25 M填料,顶端和底端各有一片烧熔的聚乙烯多孔滤板(孔径20-85 μm),确保填料在重力流的作用下不至于流干。PD-10空柱体积为13.5 mL,可以购买LabMate PD-10 Buffer Reservoir储液槽将空柱的体积增加25 mL,使得平衡、wash等在一步内完成(无需反复多次补充缓冲液)。
表7:PD-10重力柱配套
图3:PD-10 Desalting柱配件展示,右侧分别为离心和重力操作
PD-10重力和离心操作之间的差异:
重力操作简单方便,可以获得高的回收率和更佳的脱盐效果,但和普通分子筛一样存在稀释效应。无需仪器,可以多根柱子同时操作。每次重力操作后,外水体积仍然保留。
离心操作不会造成样品稀释、操作速度快,但脱盐效率稍差。注意:离心操作时,如果使用固定角转子的离心机,需要用镊子等提前去除顶端的滤板,样品加到顶端填料中间位置,离心后填料顶端将形成一个斜面(且高度下降一部分),请确保脱盐柱每次放入的方向一致。如果使用水平转子离心机,顶端滤板也可以不去。每次离心操作后,填料外水体积被去除,但内水体积基本仍然保留。
表8:PD-10 Desalting Column两种方式的操作数据[8]
手动脱盐的效果:通常,PD系列手动脱盐柱的脱盐效率在85~90%以上,样品回收率在70%~95%以上(依据样品性质而定)[6]。
⑤ 关于上样体积
作为一种分子筛,脱盐应用中的Z关键的影响因素是样品体积(而非样品量)。例如,PD-10柱床体积是8.3 mL,推荐Z大上样体积8.3 mL*30%(外水体积)≈2.5 mL,重力操作的典型出峰情况如图4[8]。平衡柱子后,上2.5 mL样品(注意这个时候流出的是之前的平衡缓冲液,无需收集),之后加3.5 mL buffer赶出目的样品,即在2.5~6 mL进行收集,洗脱体积一共为3.5 mL。
图4:PD-10 Desalting柱重力操作结果图
HiTrap Desalting 5 mL,推荐上样体积1.5 mL。超过该范围继续增加上样体积,峰展宽和面积增加,蛋白峰和盐峰之间的交叉变多,分辨率降低[4]。根据收集样品体积的不同,将损失样品回收率或纯度。
图5:HiTrap Desalting不同上样体积层析结果图
为了确保脱盐效率,可以降低上样体积至15-20%柱体积[4],但手动操作时可能需要补足体积而造成样品被进一步稀释,此时也可以考虑多次重复过柱脱盐。
⑥ 关于样品浓度
一般,样品浓度对于脱盐无显著影响。样品浓度和流动相之间的粘度系数 (Viscosity) 在1.5倍以内即可,对于常规的水溶性缓冲液,基本对应于蛋白浓度在70 mg/mL[4]以下,但通常建议蛋白浓度低于30 mg/mL;高分子量聚合物如多糖建议浓度在5 mg/mL以内[4];DNA样品在1 mg/mL以内[9]。另外,注意样品充分溶解且稳定、无聚集沉淀、不过于粘稠而造成峰形拖尾。上样前注意用0.45 μm或0.22 μm滤膜过滤或离心(15,000×g, 15 min)去除颗粒[4]。
表9:部分溶质在水中的粘度系数(和温度相关)[10]
脱盐柱对于部分复杂样品同样适用,如HiPrep 26/10 Desalting用于10 mL小鼠血浆(10,000 g离心10 min后)样品[4]以及毕赤酵母表达重组蛋白的发酵上清(0.45 um滤膜过滤)[6]。
⑦ 缓冲液的选择
如果要将样品从buffer A中置换到buffer B中,则全程需要用buffer B来平衡柱子以及洗脱样品。上样后,走外水的样品其实是跟着平衡时的缓冲液B出峰并溶解在其中的(而非Z后赶出样品用的洗脱缓冲液)。
缓冲液的选择,需依据实验要求和填料本身耐受性,并确保样品在该缓冲液中稳定存在。通常对于含有带电基团的样品,推荐至少含有25 mM 盐如NaCl用于避免样品和填料之间发生离子型非特异性吸附;避免盐浓度高于1 M而促进疏水吸附;更高的盐浓度如1.5 M硫酸铵,则会造成填料可逆性皱缩。建议使用10-50 mM缓冲体系(如磷酸缓冲液),中性pH 7.0~7.4,或挥发性缓冲液如100 mM乙酸铵或碳酸氢铵以便于后续冻干[4]。
⑧ 填料的化学耐受性
Sephadex填料的强度和pH稳定性,根据其交联程度而有差异。以Sephadex G-25为例[6],在常用的缓冲液中稳定,如8 M尿素、6 M盐酸胍以及离子和非离子型去污剂。低浓度的醇类(如甲醇、乙醇、异丙醇)可以用于缓冲液或样品中,推荐浓度低于25 v/v%。避免超过推荐pH范围或使用氧化剂。操作条件下pH稳定区间在2~13。测试中,暴露于0.1 M HCl中1~2小时或0.02 M HCl中6个月,不影响填料性能。甚至可以储存于0.01 M NaOH中(功能改变需自行测试)[11]。案例中,PD-10脱盐柱可以去除蛋白样品中的DTT或碘乙酰胺。对于尿素的去除,建议逐步降低缓冲液中尿素的浓度并设置梯度进行多次换液,避免蛋白变性沉淀。
⑨ 脱盐柱是否可以重复使用?
PD-10脱盐柱等手动脱盐产品,均设计为一次性使用,理论上不建议重复操作。但是,当多次操作之间的交叉污染不是关注点时,可以少次重复使用。仍然建议用于同一种样品,并检测实验重复性。可以参考HiPrep 26/10 Desalting的清洁操作[4]如下:
图6:HiPrep 26/10 Desalting的清洁操作
优先推荐碱洗,注意交联度更低的G-50~G-100在进行碱洗时,请将填料移出柱管,避免填料体积膨胀。Sephadex G-25使用0.2 M NaOH进行60~90 min的清洁和消毒,之后使用水或缓冲液冲洗,可以耐受上百次循环处理[6]。另外,Sephadex可以在120度 (pH 7.0) 高压湿热灭菌[12/6]。
⑩ 填料储存
Sephadex G-25干粉填料,建议储存在4~30度。装柱前参考表1量取填料(建议按照Z小溶胀体积计算,量取尽可能多的填料)并溶胀后使用,或者直接购买预装柱,保存前水洗,储存在20%乙醇或10 mM NaOH[11]中,4~30度,不要冷冻。
? 核酸样品的脱盐
DNA样品的脱盐推荐illustra系列产品,如NAP-5/10/25。NAP柱子中的填料是Sephadex G-25 Superfine, DNA grade(即DNase free),经过测试,保证重复性和DNA样品的高回收率,基本无非特异性吸附。可以排阻~10 bp以上的DNA片段。更小体积 (25–100 μl) 的核酸脱盐,可以尝试illustra MicroSpin S-200, S-300 and S-400 HR产品。
点击下方图片即可观看操作视频
B站视频:如何使用离心法对PD系列脱盐柱进行操作
参考文献
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