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干货 | 一文科普,NGS测序技术不同,所需测序深度也不同!

来源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 更新时间:2025-08-14 18:00:31 阅读量:225
导读:干货 | 一文科普,NGS测序技术不同,所需测序深度也不同!

NGS测序,又称为下一代测序技术或者高通量测序技术。只要涉及到测序,就伴随着测序仪以及对应的测序深度。



那么何谓测序深度呢?

测序深度(Sequencing Depth)是指对目标区域(如全基因组或者某个特定基因片段)进行测序时,碱基被覆盖的平均次数。通常用“X”表示覆盖深度,如10X表示目标区域的每个碱基被平均测序了10次。


测序深度通常是通过生信分析手段来进行统计。而我们普遍在测序时poling的文库,是按照测序数据量来进行计算的。



测序数据量与目标区域大小和测序深度有对应的关系

测序数据量是指整个测序过程中生产的总碱基对的数量,通常用Gb或者Mb作为单位,如测序时,要测6 Gb,那么下机时的reads数乘以测序模式如PE150,则用300 bp/条来进行计算,如PE150测序,下机reads数为100,000条,则粗略估算测序量为100,000 *300 /1000000=30 Mb



测序数据量与测序深度和目标区域大小的计算公式为:

测序数据量=目标区域大小×测序深度

如全基因组测序,一般要求测序深度30 X,而该目标区域是人的全部基因组区域,3 Gb,那么此时要求的测序数据量为3×30 =90,即全基因组测序需要测到90 G以上。



那么为什么不同的技术有不同的测序深度要求呢?

测序深度是考虑技术的特殊性:

  • 可靠性提升:测序深度越高,能够减少因测序错误或者随机性导致的假阳性。

  • 检测突变灵敏度:高深度测序有利于发现低频突变如肿瘤中的亚克隆变异。

  • 不同的测序技术需要平衡成本与精度:测序深度越高,测序成本越高,但是高深度测序可能会导致收益递减。


不同的测序技术,测序深度要求如下:





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翌圣生物科技(上海)股份有限公司成立于2014年,是一家聚焦生命科学产业链上游核心原料,从事核苷酸、蛋白、细胞和类器官四大品类生物试剂的研发、生产与销售的高新技术企业。公司兼备核心技术自主研发和规模化生产能力,核心产品数量达数千种,覆盖分子克隆、qPCR、NGS、体外转录、抗体、蛋白纯化及分析、细胞培养、转染、报告基因检测和类器官等多种系列,广泛应用于生命科学研究、诊断检测和生物医药等领域。


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