NGS测序,又称为下一代测序技术或者高通量测序技术。只要涉及到测序,就伴随着测序仪以及对应的测序深度。
那么何谓测序深度呢?
测序深度(Sequencing Depth)是指对目标区域(如全基因组或者某个特定基因片段)进行测序时,碱基被覆盖的平均次数。通常用“X”表示覆盖深度,如10X表示目标区域的每个碱基被平均测序了10次。
测序深度通常是通过生信分析手段来进行统计。而我们普遍在测序时poling的文库,是按照测序数据量来进行计算的。
测序数据量与目标区域大小和测序深度有对应的关系
测序数据量是指整个测序过程中生产的总碱基对的数量,通常用Gb或者Mb作为单位,如测序时,要测6 Gb,那么下机时的reads数乘以测序模式如PE150,则用300 bp/条来进行计算,如PE150测序,下机reads数为100,000条,则粗略估算测序量为100,000 *300 /1000000=30 Mb
测序数据量与测序深度和目标区域大小的计算公式为:
测序数据量=目标区域大小×测序深度
如全基因组测序,一般要求测序深度30 X,而该目标区域是人的全部基因组区域,3 Gb,那么此时要求的测序数据量为3×30 =90,即全基因组测序需要测到90 G以上。
那么为什么不同的技术有不同的测序深度要求呢?
测序深度是考虑技术的特殊性:
可靠性提升:测序深度越高,能够减少因测序错误或者随机性导致的假阳性。
检测突变灵敏度:高深度测序有利于发现低频突变如肿瘤中的亚克隆变异。
不同的测序技术需要平衡成本与精度:测序深度越高,测序成本越高,但是高深度测序可能会导致收益递减。
不同的测序技术,测序深度要求如下:
产品推荐
翌圣生物
翌圣生物科技(上海)股份有限公司成立于2014年,是一家聚焦生命科学产业链上游核心原料,从事核苷酸、蛋白、细胞和类器官四大品类生物试剂的研发、生产与销售的高新技术企业。公司兼备核心技术自主研发和规模化生产能力,核心产品数量达数千种,覆盖分子克隆、qPCR、NGS、体外转录、抗体、蛋白纯化及分析、细胞培养、转染、报告基因检测和类器官等多种系列,广泛应用于生命科学研究、诊断检测和生物医药等领域。
全部评论(0条)
梯度PCR仪(双模块) NA-2双槽梯度基因扩增仪(80491ES)
报价:面议 已咨询 152次
48通道自动化核酸提取仪 AP-48核酸自动制备系统(80511ES)
报价:面议 已咨询 122次
96通道自动化核酸提取仪 AP-96N核酸自动制备系统(80510ES)
报价:面议 已咨询 128次
梯度PCR基因扩增仪(单模块) ES-PCR96-1梯度PCR基因扩增仪
报价:面议 已咨询 134次
翌圣ES-PC30微孔板离心机 可调节转速离心机
报价:面议 已咨询 122次
迷你水平离心机 翌圣ES-HC13水平离心机
报价:面议 已咨询 123次
低速离心机(可调节转速) 翌圣ES-MC10低速离心机
报价:面议 已咨询 126次
2×Hieff Canace®高保真酶预混液|PCR Master Mix
报价:面议 已咨询 117次
①本文由仪器网入驻的作者或注册的会员撰写并发布,观点仅代表作者本人,不代表仪器网立场。若内容侵犯到您的合法权益,请及时告诉,我们立即通知作者,并马上删除。
②凡本网注明"来源:仪器网"的所有作品,版权均属于仪器网,转载时须经本网同意,并请注明仪器网(www.yiqi.com)。
③本网转载并注明来源的作品,目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点或证实其内容的真实性,不承担此类作品侵权行为的直接责任及连带责任。其他媒体、网站或个人从本网转载时,必须保留本网注明的作品来源,并自负版权等法律责任。
④若本站内容侵犯到您的合法权益,请及时告诉,我们马上修改或删除。邮箱:hezou_yiqi
参与评论
登录后参与评论