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晶体日记(四)- 眼不见心不烦?
发布:束蕴仪器(上海)有限公司浏览次数:11谁都喜欢偷懒,这是人的天性。我也同样。 不知道从什么时候开始,Squeeze就成了精修结构的神技,在很多同学眼里,Squeeze成了降低R1值的杀技。甚至不无序的溶剂也草率地用挤压一做了之,眼不见心不烦。说白了就是“懒”,然后振振有词的说,反正checkcif通过了。操作为先的学习模式下,很多同学在不懂Squeeze的原理的时候,竟然错误地认为Squeeze是“删除”Q峰的操作。不管什么情况,如有残余的Q峰很大,就上Squeeze来处理...
Squeeze本身是为了让晶体学工作者摆脱无意义的劳动带来的烦恼(彻底的溶剂无序),然而却被滥用成了“偷懒”的工具。甚至很多反常的结构(包括很多已经发表的结构),完全是挤压造成的...
举例 举个例子,之前遇到的一个数。在拿到res文件的时候,我觉得很神奇。结构乍一眼看起来没什么问题,但是诡异的是分子之间间距很远,没什么相互作用,让人怀疑这个晶体是如何生长出来的。hkl文件看起来也挺好,信噪比,Rint都符合同学们的喜闻乐见。而且确定没有孪晶,但就是R1值很高,将近30%,居高不下。问题是高的Q峰也不过1.1。这是如何发生的?
一切皆有原因,超高的GOOF值,也意味着这个结构模型肯定有问题。果不其然,在查看了原始的数据之后,很快发现这个数据已经是被做过手脚的。做过了挤压,但是并没有重新命名,而是用了原本的hkl文件的名字。好在现在版本的PLATON-Squeeze保留了原始数据的hkl,而不是之前的版本修改了hkl(我十分赞同的这个改动,让很多假的数据现出原形)。所以在去除了ABIN指令后,我惊奇的发现,这个Squeeze起了好大的作用啊...周围很大Q的峰立即显现出来。但是不知道是什么分子。
于是干脆重新解析,原来原本主体分子的周围分散了好多DMSO分子。
此时在没有做各向异性的情况下,R值在25%左右,也好于之前无法理解的27%。但是事情到这里并没有结束。因为这里的每个S原子的温度因子都不正常,旁边的Q峰虽然不大,但是于表明着每个DMSO都存在着倒扣的无序。如果不处理,而是像很多同学“偷懒”,过度的运用约束指令,此时的R1仍然会高达18%。对于一个Rint值只有7.8%的数据,这远远没有达到这个数据该有的水平。 于是这个数据的问题的根源其实已经一目了然,之所以修不下去只是因为“懒”不想做无序处理,又迷信Squeeze的威力,然而却越做越糟糕,反而去怀疑数据本身的问题。 在大概做完无序处理之后,R1值就会直线下降,结果结构很轻松地修到了R1=9%左右,看起来诡异的问题,终于皆大欢喜。而这个结构本身完全没有任何理由去做Squeeze,因为结构中并不存在完全无序的溶剂区域。 所以不要那么草率地去偷懒,偷懒也不是那么容易的...
Squeeze科普 想想还是科普下Squeeze吧。
Squeeze的初衷是如果溶剂分子位于结构的孔洞中间,与主体分子没有什么相互作用,且是高度无序,完全没有办法正常处理的情况下,我们可以使用Platon-Squeeze “人为”地移除它.... 2021-11-26相关仪器- 免责声明
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