用primer-blast检测引物的时候 为什么比对结果中出现要扩增基因的mRNA序列？

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  towerrt 2013-11-09 00:00:00

  根据mRNA（真核的）设计的引物，一般如果用DNA做模板的话，那么会出现的情况会是以下几种。一是能扩增出条带，但目标条带比你要的条带要大，因为你会连同内含子一同扩增出来，所以片段会偏大。二是什么都扩增不出来，这种情况一般是两种原因，1个是内含子片段太大，taq聚合酶没有延伸完，这种情况是很常见的，真核生物的基因组DNA编码序列中的内含子一般都很大。还有一种原因是你设计的引物正好是跨了内含子的序列，也就是说你的引物序列设计的时候位于两个外显子之间，这样的情况是扩增不出东西的。不过这种情况很少，因为一般设计的引物长度约20bp，而且位于序列的Z两边，在Z两边的这么少数碱基中出现内含子的可能性很小。Z后一种情况是扩增出正好和你目标序列差不多的片段，原因是基因组DNA中有一些序列是没有内含子的，典型的就是线粒体和叶绿体DNA，这些DNA更接近于原核生物，编码的基因是没有内含子的。

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