干货│酶切实验的这些坑,你肯定遇到过!
分子克隆作为分子生物学的一项成熟技术,几乎每个实验室都或多或少的会涉及。在分子克隆实验中,限制性内切酶是克隆必备产品,但大家也常常因为限制性内切酶的各种问题而感到烦扰。
比如小翌常被问到的:
1.限制性内切酶种类这么多,不知道如何选择;
3.酶切速度慢,需要1 h甚至过夜酶;
……
针对第1个问题,小翌会简单介绍一下什么是限制性内切酶,不同内切酶的分类如何,让您对限制性内切酶有一个更全面的认识。针对第2~4个问题,翌圣 FuniCut® 系列快速内切酶通过菌株改造,配合优化的工艺,可以轻松解决以上难题!
限制性内切酶是一种能够识别双链DNA分子中特定核苷酸序列,并在特定位置切割 DNA链中的磷酸二酯键的一类酶,简称限制酶。不同的限制性内切酶会识别不同的DNA 序列,它可以在识别序列内或距识别序列不远的位置处切割DNA,酶切之后会形成不同类型的产物,如图1中的BamHI形成5’粘性末端产物,KpnI形成3’粘性末端产物,EcoRV形成平末端产物。
图1. BamHI、KpnI、EcoRV 酶切示意图
限制性内切酶除了最常用于分子克隆实验中外,它还可以应用于疫苗研发生产、基因测序、SNP鉴定、ddPCR等领域。
限制性内切酶的命名主要是根据细菌的属名、种名、菌株或血清型、发现的顺序而定,以BstEII为例,命名规则如下表一所示:
表1. 限制性内切酶的命名规则
根据结构的复杂程度、作用方式与辅因子的区别,限制性内切酶可分为四大类,表2总结了各类的特点和典型酶种。
表2. 不同限制性内切酶的区别
除了以上分类,根据识别和切割位点的异同可以分为3类,如下表3所示:
表3. 同裂酶、异裂酶和同尾酶对比
针对目前市面上一些限制性内切酶产品需要过夜酶切,花费时间和精力,并且还容易出现酶切产物不正确的情况。翌圣FuniCut®快速限制性内切酶为您排忧解难,通用缓冲液,5 min完成精准酶切,让您的酶切实验不再有烦恼!
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快速酶切:5~15 min完成酶切,较常规酶切实验可减少1~2 h以上;
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通用缓冲液:任意内切酶组合都能用同一缓冲液,多酶切反应更简便,且兼容进口品牌缓冲液(详情戳链接); -
酶切效果:酶切效果同进口品牌N*、T*一致; -
直接电泳:提供红色Color缓冲液,酶切产物可直接点胶电泳,操作更简便;
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精准酶切:即使过夜酶切,星号活性也极低。
图2. 5 min高效完成单、双和三酶切效果图
图3. 与不同品牌buffer兼容的酶切效果图
分别使用翌圣、T*、N*品牌的HindIII、NheI、PstI、XbaI、XhoI快速内切酶,以λDNA为底物,按照各品牌推荐的实验体系,进行过夜酶切(16 h),酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳。琼脂糖凝胶电泳检测结果表明翌圣限制性系列产品过夜酶切,表现出超低的星号活性。
图4. 与不同品牌的限制性内切酶产品过夜酶切效果
高度冗余,轻松应对一定程度的过量底物
以 FuniCut® EcoRI、XbaI、SacI快速限制性内切酶,分别以1 μg、1.5 μg质粒为底物,酶切5 min,酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳。琼脂糖凝胶电泳检测结果表明翌圣限制性系列产品能轻松处理一定程度的过量底物。
图5. 分别酶切1、1.5 μg底物的酶切效果图
客户分别使用N*品牌和翌圣的BamHI+XbaI对质粒进行双酶切实验检验,结果表明翌圣限制性内切酶产品效果媲美知名品牌N*。(来源于上海客户)
图6. N*品牌和翌圣的双酶切效果图
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