事情的起因是前段时间做产品培训,其中涉及了sgRNA退火实验的编程问题,所用的程序按某位热心客户提供的试剂说明书照搬。但当讲得正嗨时,突然感觉这程序貌似不太对……
有兴趣的小伙伴可以细品一下
sgRNA(单导RNA)是CRISPR-Cas9基因编辑系统中的关键组成部分,其作用是引导Cas9蛋白靶向特定的基因序列。退火过程是将单链的引物通过加热和逐渐降温的方式,使其形成双链结构的过程。这一过程的核心是通过极缓的降温速率,最大限度的降低碱基发生错配的概率。
既然对实验过程要求如此严苛,那就容不得半点马虎。上图所述实验程序:95℃加热后按照0.1℃/cycle阶梯式降温至25℃,最后4℃保存。降温过程中的变温速率为0.1℃/s,每个cycle保持8sec。逐步编辑程序铁定不现实,当用TouchDown程序时问题就出现了。首先普通PCR仪GOTO计数模式问题,首个循环不计入总数;其次要确保每个循环段的最后一个循环所执行的温度要比下一个循环段首个循环所执行的温度高0.1℃,这样才能保证仪器实际的运行温度与刚才提到的实验程序相一致(比如95℃,N个循环,在最后一个循环的时候,所执行的温度得是85.1℃,这样才能与下面85℃开始的循环无缝衔接)。
N是100吗?不,N是99!
由此可见,之前照搬而来的程序确实是有问题:95℃以后的每个循环段的首循环都多跑了一次!
So,正确的程序应该是这样子的
虽然程序流程已经确定,但编辑起来也确实繁琐,步骤多到需要不断的拉滚动轴才能看全整个流程。编辑完成后的核对工作更是给这份繁琐上了个double……
柏恒梯度PCR仪最小可按0.01℃/s的变温速率进行降温(全球独家技术),无需TouchDown程序辅助直接进行95℃至25℃的缓慢降温。在不影响效果的前提下,直接把程序步骤优化至最简。
杭州柏恒科技有限公司成立于2009年,是一家集研发、生产、销售及服务于一体的国家高新技术企业。公司10多年以来一直专注于分子生物实验室设备,主营产品有实时荧光定量PCR仪,等温荧光PCR仪,定性梯度PCR仪,全自动PCR仪,全自动核酸提取仪、酶标仪、超微量以及相关配套产品。
电话:0571-88992477
网址:www.bio-gener.com
地址:浙江省杭州市富阳区春江街道纬山路588号1号楼2-3层
全部评论(0条)
Q9600 系列 实时荧光定量PCR仪
报价:面议 已咨询 2222次
柏恒科技微型离心机 MC-10K
报价:面议 已咨询 3108次
柏恒科技双槽二维梯度PCR仪
报价:面议 已咨询 3327次
杭州柏恒科技GET96-PLUS智能六路基因扩增仪
报价:面议 已咨询 3756次
杭州柏恒科技GE-TOUCH 智能梯度基因扩增仪
报价:面议 已咨询 4018次
柏恒科技 手动单道移液器DROPLET
报价:面议 已咨询 3394次
RePure系列智能二维梯度基因扩增仪
报价:¥78000 已咨询 949次
H8800 系列 等温扩增荧光检测仪
报价:面议 已咨询 3252次
①本文由仪器网入驻的作者或注册的会员撰写并发布,观点仅代表作者本人,不代表仪器网立场。若内容侵犯到您的合法权益,请及时告诉,我们立即通知作者,并马上删除。
②凡本网注明"来源:仪器网"的所有作品,版权均属于仪器网,转载时须经本网同意,并请注明仪器网(www.yiqi.com)。
③本网转载并注明来源的作品,目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点或证实其内容的真实性,不承担此类作品侵权行为的直接责任及连带责任。其他媒体、网站或个人从本网转载时,必须保留本网注明的作品来源,并自负版权等法律责任。
④若本站内容侵犯到您的合法权益,请及时告诉,我们马上修改或删除。邮箱:hezou_yiqi
参与评论
登录后参与评论