转化医学研究强力引擎：SCIEX本土化Triple Quad 7500+系统赋能高通量靶向定量蛋白质组学分析

本研究采用人细胞和大肠杆菌样本，按照3种预设比例（1:9, 1:1, 9:1）进行混合，每个混合样本独立重复检测三次。如图2A所示，目标肽段在优化后的梯度洗脱条件下实现有效的分离。图2B展示了9针重复样本分析，2000条特征肽段保留时间重现性，结果表明基于Triple Quad? 7500+系统的MRM方法保留时间稳定，重现性好。图3柱状图展示了肽段保留时间偏差分布结果，95.2%的肽段保留时间CV<5%，99.6%的肽段CV <10%（图3）。

图2. 九针重复进样的肽段保留时间重现性

图3. 九针重复进样的肽段保留时间CV分布

MRM定量方法通过对选择的离子对的峰面积来实现对目标肽段的定量，定量结果的准确性需要良好的峰面积重现性和稳定性。在Skyline软件中，将离子对峰面积与理论谱库比例进行对比，可从二级质谱的层面确认肽段被正确检测，最大程度地减小假阳性或假阴性结果。以CAPR1蛋白肽段YQEVTNNLEFAK为例，如图4A所示，该肽段所选择的离子对在在3个不同比例混合的样本分布进行的三次重复中，均可获得良好的峰面积一致性。此外在Skyline软件中输入各个样本的浓度信息后，可建立标准曲线并获得线性方程与R值，如图4B所示标准曲线线性良好，R2达到0.998。

图4.以CAPR1蛋白YQEVTNNLEFAK肽段为例展示Skyline软件中峰面积定量与线性数据

进一步对所检测的2000条肽段的峰面积CV进行统计分析，以 K562与E. coli 按照1:9进行混合的样本为例，将所有肽段汇总分析得到三针重复进样的峰面积CV值。结果显示，92.4%的肽段峰面积CV小于20%，中位数为5.4%（图5A）。通过将线性信息导出可观察到按峰面积强度排列的R值分布情况（图5B），结果显示该方法良好的准确性。

图5. K562与E.coli按照1:9比例混合的样本中2000条肽段三针重复进样峰面积CV分布(A)和肽段线性R值分布汇总(B)。

本文使用本土化产品 Triple Quad? 7500+ 系统成功建立了单次进样同时对2000条特征肽段进行靶向定量分析方法，仅需8min有效梯度，方法重现性良好。该方法不仅能高效准确地检测出样品中的肽段相对含量，而且能够提供有效地差异性分析，为高通量分析不同模型下蛋白的差异提供了快速可靠的方法，为加速蛋白质生物标志物研究及转化医学应用提供极具价值的参考。