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翌圣热敏UDG酶---轻松控制气溶胶污染

来源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 更新时间:2024-12-25 14:21:05 阅读量:171

操作环境中的气溶胶污染是造成PCR结果假阳性常见的因素。美国科学家Lindahl最早在大肠杆菌和枯草芽孢杆菌中发现了UDGUracil DNA Glycosylase,尿嘧啶DNA糖基化酶),UDG酶与dUTP搭配使用,可建立PCR防污染体系,保证PCR扩增结果的准确性。

UDG酶可有效催化水解单链或双链DNA中的尿嘧啶碱基和糖磷酸骨架的N-糖苷键,但对RNA无活性。使用UDG酶时,以dUTP取代dTTP进行PCR扩增,在PCR反应开始前,UDG酶能降解含尿嘧啶的PCR产物,消除PCR残余污染。
 

UDG酶作用原理
 

dUTP/UDG酶是作为PCR反应体系的配制成分发挥防污染作用的。PCR反应前,在25℃、10 min的条件下,UDG酶催化水解含有dU-DNA链中的尿嘧啶碱基和糖磷酸骨架的N-糖苷键,产生缺嘧啶位点,释放游离尿嘧啶。然后进行95℃、2 min热处理,使UDG酶失活。同时,高温使得缺嘧啶位点的磷酸骨架极易水解断裂,从而消除含有尿嘧啶的PCR产物的污染。天然的、未经修饰的DNA不含dU,不受UDG酶影响,可继续作为PCR/qPCR扩增的模板进行扩增。
 

 

17.png

图1. dUTP/UDG酶防污染系统去除残留扩增污染物示意图
 

UDG酶的类型
 

目前市售UDG酶主要包括大肠杆菌和枯草芽孢杆菌来源的普通UDG酶及嗜冷海洋细菌来源的热敏型UDG酶两种类型。普通UDG酶较为耐热,经95℃、10 min处理仍会残留有少量的尿嘧啶-DNA糖基化酶活性,热敏型UDG酶则对温度敏感,50℃、5min即可完全失活,避免了常规UDG酶灭活后可能存在的残留活性在常温下对含dU扩增产物的降解作用。
 

翌圣生物-热敏UDG酶
 

1. 产品特性

Uracil DNA Glycosylase(UDG/UNG),heat-labile,1 U/μL(Cat#10303ES)来源于嗜冷海洋细菌,是经大肠杆菌表达纯化的重组蛋白,在25-37℃发挥活性,热敏感,50℃、10 min或95℃、2 min即发生不可逆灭活。

1)10 U本品经E.coli 16S rDNA特异性的TaqMan qPCR检测,E.coli基因组残留低于10拷贝。

2)无核酸内外切酶和RNase残留。

3)尿嘧啶是此酶识别的唯一碱基。

2. 使用方法(仅供参考)

1)根据实验需要,dUTP终浓度可在0.2~0.6 mM之间调整,并选择性掺入0.2 mM dTTP。

2)反应体系中热敏UDG酶的添加量为1个单位,30 min内可消化1 μg dU-DNA。

3)PCR反应程序前加上25℃~37℃,2~10 min的保温步骤活化UDG酶活性。

4)根据实验需求,正常进行后续PCR程序。

3. 0.025U热敏UDG酶即可完全消化360 ng 200 bp的dU-DNA。

 

18.png

图2. 0.05 U、0.025 U、0.0125 U、0.00625 U、0.003125 U热敏UDG酶与360 ng 200 bp dU-DNA在25℃孵育30 min(95℃、2 min灭活)电泳结果图。

 

4. 应用场景

1)去除单链或双链DNA中的尿嘧啶碱基,对RNA无活性。

2)去除PCR残留污染,消除由于PCR扩增产物的污染导致的假阳性结果。

3)适用于PCR、qPCR、RT-qPCR等反应。
 

FAQ
 

Q1: UDG酶可以用于已存在的扩增产物气溶胶污染吗?
A: 已存在的扩增产物气溶胶污染不含dU,此时UDG酶不能发挥作用。建议选取其他扩增区域,重新设计引物,并建立dUTP/UDG酶防污染系统,即可避免“未来”的气溶胶污染。

Q2: dUTP会影响扩增产物的dU-DNA在杂交、测序、克隆和酶切等方面的下游应用吗?

A:含dU的PCR产物可正常进行核酸杂交和测序,效果与常规PCR产物无差别。在分子克隆实验中,连接产物需使用UDG酶缺失的感受态细胞进行转化和质粒扩增。酶切实验中,已证实EcoRI和BamHI不受dU影响,但HindIII酶切效率有所降低,更多内切酶效果还需自行尝试。

Q3: 含dU的PCR产物后续做了连接和转化,无克隆,这是什么原因?

A: 需要特别注意在分子克隆实验中,连接产物需使用UDG酶缺失的感受态细胞进行转化和后续的质粒扩增。

Q4: UDG酶用于RT-qPCR或RT-PCR体系时,会干扰逆转录实验吗?
A: 可选用耐受性能良好的逆转录酶,如Hifair® V Reverse Transcriptase(Cat#11300ES)反应温度50-55℃,此时热敏UDG酶活性极低。

Q5: UDG酶会切割RNA吗?

A: 不会。在生物体内,UDG酶在DNA修复过程中发挥重要作用。它可以修复dC脱氨基形成dU的突变,进而避免GC碱基对突变为AT碱基对的可能。

Q6: UDG酶反应Buffer是什么?

A: UDG酶可以在各类缓冲液中发挥作用,如常规的Taq酶Buffer、连接酶Buffer、酶切Buffer等。

Q7: UDG酶对DNA链的碱基个数有要求吗?

A: 不能从6碱基或更少的寡核苷酸上水解尿嘧啶。

 

【订购指南】

产品定位

产品名称

产品货号

热敏UDG

Uracil DNA Glycosylase(UDG/UNG),heat-labile,1 U/μL

10303ES

普通UDG

Uracil DNA Glycosylase (UDG, 1 U/μL)

10304ES

dUTP

dUTP,100mM Solution 脱氧尿苷三磷酸溶液(100 mM)

10128ES

dNTP

dNTP Mix (25 mM each)

10125ES

RT-qPCR逆转录酶

Hifair® V Reverse Transcriptase (200 U/μL)

11300ES

RT-qPCR用热启动Taq

Hieff Unicon® Hotstart Direct Taq DNA Polymerase (5 U/μL)

10717ES

RT-Lamp逆转录酶

Hifair® III Reverse Transcriptase (200 U/μL)

11111ES

RT-LampBst

Bst  Plus DNA Polymerase (40 U/μL)

14402ES

RNase抑制剂

Murine RNase inhibitor (40 U/μl) 鼠源RNase抑制剂

10603ES

Taq酶单克隆双封闭抗体

Hieff® Double-Block anti-Taq DNA Polymerase Antibody

31303ES

 

【注】:以上产品均有高浓度或无甘油产品,可做成冻干形式。详情咨询18186211438。

 

 

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