经典磁珠一文解读:AMPure XP纯化实用技巧
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基于SPRI技术的AMPure XP,采用超顺磁磁珠帮助纯化核酸片段,被广泛应用到NGS行业,PCR体系、酶切、连接反应体系的纯化。作为行业的“金标准“试剂盒,AMPure XP有哪些高频Q&A问题呢?
AMPure XP怎么纯化长片段?
怎么提高我的样本得率?
产物纯度有什么优化的方向吗?
我可以选择纯化250 bp的那一条条带吗?
小贝总结了10条AMPure XP Q&A问题实用技巧:
1、乙醇比例
乙醇溶液必须至少70%。当将100%乙醇稀释至70%时,请确保在配置溶液合并之前分别测量水和乙醇的体积。用水补齐乙醇的稀释方式会导致浓度低于预期。请确保存储的乙醇在不使用时保持瓶盖拧紧。
2、充分的混合
在最 初磁珠与样品结合和洗脱混合期间,彻底的混合至关重要。可用略低于总孔体积的吸头进行混合。洗脱时,需要注意最 小洗脱体积(96孔规格为40 μL,384孔规格为15 μL),以确保磁珠充分重悬。还应保持足够的孵育时间,以确保核酸有足够的时间与磁珠结合或解离。由于样品的粘度,结合过程中的涡旋可能效率不高。
3、大反应体系
大体积反应可以采用更长的样品&磁珠结合和磁分离时间。可将binding结合时间增加到10分钟,并确保在弃上清液之前所有的磁珠均被充分磁分离。
4、避免实验中磁珠损失
如果在弃清液的过程中磁珠被吸入枪头,结合在这些磁珠上的核酸则会在这个步骤损失掉。首轮移除上清时,缓慢轻柔地操作,尽可能多地移除清液,同时确保不会干扰磁珠在磁环/磁力架上的吸附。如果意外吸出磁珠,请将所有磁珠重新打回孔中,让磁珠重新磁吸。随后,再度移除上清,尝试缓慢吸液或使用更细的枪头。小体积样品更容易受到磁珠损耗的影响,因为磁珠可能达不到孔中磁铁的水平位置。
5、大片段样品的磁珠干燥
10 kb以上的片段与磁珠结合非常紧密,如果样品变干则难以洗脱。尽可能完全地弃掉最 后一次乙醇清洗液,立即加入洗脱缓冲液并充分混合。保持盖子打开状态,乙醇在洗脱孵育期间将继续从孔中蒸发。
6、低洗脱体积
洗脱体积小会导致回收率降低。这是因为会有少量洗脱缓冲液始终包覆在磁珠上。该体积取决于孔的形状和孔中的磁珠量,因此较小的洗脱体积将导致相对较高比例的洗脱液残留。
7、当你用紫外吸收法检测回收率
不只是PCR双链产物,体系中过量的引物和核苷酸同样产生吸收。因此测量未纯化的PCR反应,可能获得高于实际PCR产物浓度的吸光度值。对比纯化前后的吸收值,则会导致回收率看起来比实际低。小贝建议:在琼脂糖凝胶上运行等量的未纯化PCR反应产物与纯化后的PCR反应产物(例如1/4的未纯化PCR产物和1/4的洗脱液)以便检查回收情况,或使用基于特异性荧光染料的测定,例如PicoGreen。
8、引物的残留
AMPure XP试剂与PCR反应混合后的试剂最 终浓度决定了PCR产物与磁珠结合的片段大小。AMPure XP主要结合> 100 bp的PCR产物,并丢弃小于50个碱基的引物。较大的引物和引物二聚体可以与磁珠结合。请确保您的PCR产物在循环过程中没有蒸发导致体积变小,并添加正确体积的试剂(见下表)。确保用乙醇冲洗在混合和结合过程中样品有接触到孔内壁的任何地方。如果在纯化体系中存在过量的引物,减少该PCR反应的引物量也可以是一个优化的方向。
9、下游酶反应效果不佳
如果您的下游酶反应对痕量乙醇极其敏感,请添加两分钟的保守干燥步骤。请注意,大片段会与磁珠紧密结合,在磁珠完全干燥后可能难以洗脱。
10、如何选择性保留200-500 bp核酸片段
AMPure XP是用于PCR产物纯化的试剂盒。对于片段筛选的应用,请考虑使用 SPRIselect试剂盒。
有关 SPRIselect 片筛的更多信息,请访问经典磁珠一文解读:NGS片段筛选比例计算
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- 经典磁珠一文解读:AMPure XP纯化实用技巧
基于SPRI技术的AMPure XP,采用超顺磁磁珠帮助纯化核酸片段,被广泛应用到NGS行业,PCR体系、酶切、连接反应体系的纯化。作为行业的“金标准“试剂盒,AMPure XP有哪些高频Q&A问题呢?
AMPure XP怎么纯化长片段?
怎么提高我的样本得率?
产物纯度有什么优化的方向吗?
我可以选择纯化250 bp的那一条条带吗?
小贝总结了10条AMPure XP Q&A问题实用技巧:
1、乙醇比例
乙醇溶液必须至少70%。当将100%乙醇稀释至70%时,请确保在配置溶液合并之前分别测量水和乙醇的体积。用水补齐乙醇的稀释方式会导致浓度低于预期。请确保存储的乙醇在不使用时保持瓶盖拧紧。
2、充分的混合
在最 初磁珠与样品结合和洗脱混合期间,彻底的混合至关重要。可用略低于总孔体积的吸头进行混合。洗脱时,需要注意最 小洗脱体积(96孔规格为40 μL,384孔规格为15 μL),以确保磁珠充分重悬。还应保持足够的孵育时间,以确保核酸有足够的时间与磁珠结合或解离。由于样品的粘度,结合过程中的涡旋可能效率不高。
3、大反应体系
大体积反应可以采用更长的样品&磁珠结合和磁分离时间。可将binding结合时间增加到10分钟,并确保在弃上清液之前所有的磁珠均被充分磁分离。
4、避免实验中磁珠损失
如果在弃清液的过程中磁珠被吸入枪头,结合在这些磁珠上的核酸则会在这个步骤损失掉。首轮移除上清时,缓慢轻柔地操作,尽可能多地移除清液,同时确保不会干扰磁珠在磁环/磁力架上的吸附。如果意外吸出磁珠,请将所有磁珠重新打回孔中,让磁珠重新磁吸。随后,再度移除上清,尝试缓慢吸液或使用更细的枪头。小体积样品更容易受到磁珠损耗的影响,因为磁珠可能达不到孔中磁铁的水平位置。
5、大片段样品的磁珠干燥
10 kb以上的片段与磁珠结合非常紧密,如果样品变干则难以洗脱。尽可能完全地弃掉最 后一次乙醇清洗液,立即加入洗脱缓冲液并充分混合。保持盖子打开状态,乙醇在洗脱孵育期间将继续从孔中蒸发。
6、低洗脱体积
洗脱体积小会导致回收率降低。这是因为会有少量洗脱缓冲液始终包覆在磁珠上。该体积取决于孔的形状和孔中的磁珠量,因此较小的洗脱体积将导致相对较高比例的洗脱液残留。
7、当你用紫外吸收法检测回收率
不只是PCR双链产物,体系中过量的引物和核苷酸同样产生吸收。因此测量未纯化的PCR反应,可能获得高于实际PCR产物浓度的吸光度值。对比纯化前后的吸收值,则会导致回收率看起来比实际低。小贝建议:在琼脂糖凝胶上运行等量的未纯化PCR反应产物与纯化后的PCR反应产物(例如1/4的未纯化PCR产物和1/4的洗脱液)以便检查回收情况,或使用基于特异性荧光染料的测定,例如PicoGreen。
8、引物的残留
AMPure XP试剂与PCR反应混合后的试剂最 终浓度决定了PCR产物与磁珠结合的片段大小。AMPure XP主要结合> 100 bp的PCR产物,并丢弃小于50个碱基的引物。较大的引物和引物二聚体可以与磁珠结合。请确保您的PCR产物在循环过程中没有蒸发导致体积变小,并添加正确体积的试剂(见下表)。确保用乙醇冲洗在混合和结合过程中样品有接触到孔内壁的任何地方。如果在纯化体系中存在过量的引物,减少该PCR反应的引物量也可以是一个优化的方向。
9、下游酶反应效果不佳
如果您的下游酶反应对痕量乙醇极其敏感,请添加两分钟的保守干燥步骤。请注意,大片段会与磁珠紧密结合,在磁珠完全干燥后可能难以洗脱。
10、如何选择性保留200-500 bp核酸片段
AMPure XP是用于PCR产物纯化的试剂盒。对于片段筛选的应用,请考虑使用 SPRIselect试剂盒。
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- 磁珠化学发光 磁珠影响发光吗
- 一文解读什么是阳光模拟系统?
阳光辐射在我们的生活中扮演着很重要的角色。
阳光的光谱范围为 100 nm — 4,000 nm。其中包括有 UVC、UVB、UVA、可见光和红外光波。
这种照射,特别是短波照射对绝大多数的现代材料都会产生影响。这就意味着在批准材料上市前必须将材料暴露在阳光辐射下做材料测试。这一操作需要在名为露天风化设备或集成有阳光模拟的特殊环境试验舱内进行。几乎所有的环境条件(冷、热、雨、海拔高度和阳光照射)都能在这些室内进行模拟。
阳光模拟系统可以应用的范围也很多,如:汽车元件老化、汽车面板阳光辐射测试、基本环境测试、军事领域环境测试、甲醛/VOC挥发性气体检测、除霜除雾试验、太阳能电池的阳光模拟、引擎 / 发动机冷却等等。
Honle的阳光模拟系统根据 CIE 20 – 80 标准定义的自然光光谱范围 270 – 3000 nm 来模拟自然光照。还设立了几个类似的标准,例如 DIN 75220(汽车元件老化)、MIL-STD 810(军事领域环境测试)、 IEC 68(基本环境测试程序)、SC03-Test(EPA 机动车辆排放测试)等等。而且符合所有标准并可满足客户的不同要求,因此具有极大的便利性。
Dr. Hönle AG 是领先的工业 UV 技术供应商。能够根据客户需求为客户定制符合特殊要求的产品。
高质量的Honle产品被广泛地应用于电子、微电子、精密工程、光学工业以及印刷、汽车、航空航天和医药领域的生产过程中。
更多详细资料,可联系上海尔迪仪器科技有限公司,拨打电话021-62211270!021-62211270!
上海尔迪仪器科技有限公司是一家从事仪器设备销售、技术服务与工艺开发的创新公司,为您提供一站式采购服务。
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//什么是气管插管?为什么要进行气管插管?
气管插管(以下简称插管)是指将一特制的气管内导管经声门置入气管,进而打开病患呼吸道,为气道通畅、通气供氧、呼吸道吸引和防止误吸等提供ZJ条件。插管是实施危重病患抢救过程中的一项重要技术,也是实施吸入麻醉的基础操作。
气管插管的主要作用:
◆ 保持气道通畅:防止口腔分泌物和胃内容物被误吸。
◆ 通气供氧:良好的氧气供应和辅助通气有助于机体的组织氧供,可以有效预防并发症出现,并在术中出现紧急情况时及时进行急救。
◆ 控制麻醉深度:相比于注射麻醉和面罩吸入麻醉,经气管插管可以有效地控制通气从而控制麻醉深度;同时插管可以防止麻醉气体向周围环境的逸散,保护手术人员不会较多地吸入麻醉药。减少麻醉气体的浪费,更经济。
//最常用的犬猫气管导管-Murphy型
①接头-连接麻醉机供气系统;②导管;③套囊-密闭气道、避免误吸、固定导管、保护气管(保持导管位于气道ZY,避免JD损伤气道);④测试球囊-给套囊充气,可判断充气是否合适;⑤充气连接管;⑥Murphy孔-可以防止导管JD意外贴于气管壁时发生通气堵塞;⑦JD。导管外壁标识,ID为导管内径(mm);OD示值为导管外径(mm);刻度(cm)10、12、14、16、18…表示导管JD到刻度的距离,提示导管插入深度。
//如何选择合适的气管插管?◆ 根据动物的体重选择对应规格的气管导管:
▲Tip:体重非常小的动物,管径选择1.5, 2.0, 2.5mmID;特定品种不适用,短头品种一般气管较细,需要的型号较小;长吻犬的气管较粗,需要的型号大。所以临床应用还要结合体型、品种等因素综合评估。
◆ 对比动物的鼻中隔:将气管导管JD抵于动物鼻中隔处,选择外径和鼻中隔宽度相当气管导管,同时另取前后两个ID(一大一小)的气管导管备用。
▲Tip:兽医还是要在具体操作的过程中根据实际情况做调整。
//气管插管前需要做哪些准备?◆ 润滑剂或局麻剂:利多卡因凝胶
◆ 3种型号的气管插管
◆ 纱布若干
◆ 无针头注射器&套囊压力计
◆ 喉镜,确认光源没问题
//如何进行气管插管?
划ZD:气管插管操作
◆ 选择合适的气管导管(见前文)
◆ 检查气管插管套囊有无漏气:用注射器针管通过测试球囊向套囊注射空气使套囊充盈,按压套囊,套囊漏气则废弃,不漏气的可准备实施气管插管。
◆ 修剪插管为合适长度:比对犬齿到肩胛骨中前缘(第2-3肋骨处)的距离,拔掉接口,修剪插管为合适长度,重新连接接口即可。
◆ 导管壁涂利多卡因凝胶(必要时可将利多卡因气雾剂喷于喉头),以减少喉痉挛
◆ 保持下颌与颈成一条直线,开口,拽出舌头
◆ 配合喉镜,将插管经声门裂插入气管
◆ 套囊适度充气,用套囊压力计量取压力在20 cmH2O;如无套囊压力计,则使用注射器充盈到合适压力,如下图:
◆ 确认插管正确插入:①导管插入气管内 ②导管插入深度合适 ③气道密闭
直视法:看到插管位于气管内;
呼吸袋、气道压力表、呼吸活瓣伴随动物呼吸或人为按压胸廓有同步变化
透明管上可以看到呼出的雾气;
触诊颈部只能摸到一个刚性管状结构;
正压通气时可听诊肺音,可看到胸壁膨胀;
通过呼气末CO2数值及波形图进行判断
◆ 固定插管,连接麻醉机
//拔气管插管的时机
以上是气管插管基本的介绍,get 更多常用气管插管产品信息,欢迎识别下方二维码咨询。
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