2025-01-10 17:05:38荧光探针标记
荧光探针标记是一种利用荧光物质作为标记物来检测生物分子或细胞结构的技术。荧光探针通过与目标分子结合或嵌入,在特定波长光的激发下发出荧光,从而实现对目标分子的可视化追踪和定量分析。该技术具有高灵敏度、高特异性、非破坏性等优点,广泛应用于生物学、医学、环境监测等领域。通过荧光探针标记,可以深入研究生物分子的功能、相互作用及动态变化过程。

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2017-09-24 22:18:07荧光探针标记基团fam和hex的区别
 
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2022-07-22 15:27:25荧光定量PCR实验,荧光标记怎么选?
荧光定量PCR技术是将常规的PCR和荧光检测技术相结合,利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程,以此实现对初始模板的定量分析。荧光定量PCR技术作为当今生物学研究的重要手段之一,在基础科学、生物技术、医学研究、法医学、诊断学等多方面具有广泛的应用前景。说到荧光定量PCR技术,我们经常会问类似于“你的实验是染料法还是探针法”,“你用的探针是什么类型”等之类的问题,这其实是对荧光标记的选择。根据荧光标记的不同,可以将荧光定量PCR实验分为探针法和染料法两大类。染料法染料法利用能与DNA双链结合的染料来实现,如SYBR Green I。该染料在游离状态下呈现微弱的荧光,一旦与双链DNA的双螺旋小沟结合,其绿色荧光增强约1000倍。因此其总的荧光强度与双链DNA含量成正比,利用这一关系可以反映生成的PCR产物的量(图 1)。SYBR Green I的吸收约在497 nm,发射波长约在520 nm,与FAM荧光分子的光谱性质类似,因此在所有的荧光定量PCR设备中都是通道检测,即“FAM/SYBR Green I”通道。▲ 图1 染料法原理图理论上,所有能与双链DNA结合的染料都可以用于qPCR检测,如溴化乙锭EtBr,碘化丙啶PI,吖啶橙、Cy3等。而选择用于qPCR反应的染料通常会从信号强度、生物安全性、检测简便性和经济适用性这几个因素考虑。例如EtBr可能存在潜在的致癌性。综合考虑下来,SYBR Green I成了比较理想的选择。目前,使用Evagreen的实验者也越来越多,Evagreen作为一种新型的染料,其光谱性质与SYBR Green I类似,其优势在于:▶  对PCR反应的抑制程度小。高浓度SYBR Green I会强烈抑制PCR反应,因此要控制其使用浓度,一定程度上降低了DNA检测的灵敏度。▶ 与DNA结合密度高。单位长度的DNA双链上Evagreen的密度更高,为饱和型染料,消除了SYBR Green I存在的“染料重分布”的缺陷,提高检测灵敏度的同时也可用于高分辨率溶解曲线HRM。▶  化学性质更稳定,适合长期保存。TaqMan 探针TaqMan 探针基本可以满足60%以上的qPCR实验,如常规的基因表达和拷贝数变异CNV实验。TaqMan 荧光探针是一种寡核苷酸探针,荧光基团连接在探针的5'末端,而淬灭剂则在3'末端(图2)。PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针,探针完整时,报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收; PCR扩增时, Tag酶的5'-3'外切酶活性将探针酶切降解,使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离,从而荧光监测系统可接收到荧光信号,每扩增一条DNA链,就有一个荧光分子形成,实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。常用的荧光基团是FAM,TET,VIC,HEX。▲ 图2 Taqman探针MGB探针对于要分辨单碱基差异的SNP实验,采用对碱基错配容忍度更低的MGB探针,在淬灭基团后加入了DPI3基团(图3),从而提高了与靶标结合的亲和力;而且可以对靶点碱基进行化学修饰,如PeptideNucleic Acid和Locked Nucleic Acid。▲ 图3 MGB探针双杂交探针Taqman探针对探针的长度有比较严格的要求,双杂交探针则消除了这一“缺陷”。双杂交探针是由两条寡核苷酸单链组成,一条的3’端带有供体荧光分子,另一条的5’端带有受体荧光分子(图4)。游离状态下荧光供体会发出荧光,但当两条单链都匹配到模板链上时,就会发生荧光共振能量转移FRET,受体荧光分子就可以发出荧光,其荧光强度与生成的产物的量成正比。双杂交探针的优势有两点:摆脱了探针长度的限制,较长的探针可以提高与模板匹配的成功率;只有上下游两条探针都正确匹配后才能检测到受体荧光分子发出的荧光,特异性有所提高。▲ 图4 双杂交探针分子信标探针游离状态下,分子信标探针是一种茎环结构,其环状部分的15-30个碱基可以与靶标区域相结合匹配,下端的配对区域(左右一般各5-6个碱基)则由重复的GC组成,从而将5’的荧光分子和3’的淬灭基团紧紧聚在一起,荧光发生淬灭;当退火时,分子信标探针解开环并与模板靶标杂交,这样荧光分子和淬灭基团的物理距离就变大了,荧光淬灭的前提就打破了(图5)。除了MGB探针,分子信标探针也非常适合用于SNP检测。▲ 图5 分子信标探针除了上述几种类型的探针之外,还有尝试将引物和探针功能相结合的技术,如Amplifluor、LUX等,在设计难度上有所提高,但使用时更简便。各有其应用的侧重点和设计上的利弊,在此不多赘述。那么在荧光定量PCR实验中,我们应该如何进行选择呢?在这里,给大家总结了一些两种方法的区别,供大家参考。表1 染料法和探针法的区别
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2022-04-18 13:45:53Neuron:北大李毓龙课题组构建一种全新的ATP荧光探针
文章概述三磷酸腺苷(Adenosine 50-triphosphate,ATP)是一种广泛存在于体内的能量存储分子。除了参与细胞内的能量代谢功能外,越来越多的证据表明,释放到细胞外空间的ATP可以作为一种分子信号(嘌呤能递质),能够结合并激活离子型P2X受体以及代谢型P2Y受体。在神经系统中,释放的ATP参与了多中生理病理过程,包括痛觉感受、机械/化学感知信号转导、突触传递、损伤、炎症等。对于ATP在这些生理过程中的作用,目前的研究并未完全阐明。为了进一步研究ATP的生理功能,2021年12月22日,北京大学生命科学学院李毓龙教授团队发表在《Neuron》期刊上发表题为“A sensitive GRAB sensor for detecting extracellular ATP in vitro and in vivo”的研究论文,该项工作展示了团队最新开发的一种可遗传编码的荧光分子探针——GRABATP1.0(简称ATP1.0;GRAB:G protein-coupled receptor activation-based sensors),该探针以P2Y受体作为ATP的结合支架,能够对细胞外的ATP进行高灵敏度、高选择性以及高时空分辨率的实时测量。该项工作是李毓龙教授团队在相继开发了乙酰胆碱、多巴胺、去甲肾上腺素、血清素和腺苷等一系列分子探针之后的后又一重要成果,对于我们深入研究并理解ATP的生理功能具有重要意义。核心观点1、ATP1.0是一个可遗传编码的细胞外ATP感受器;2、ATP1.0对于细胞外ATP具有高敏感性和高时空分辨率;3、ATP1.0可用于离体以及在体ATP释放的实时监测。研究结果分析1. ATP1.0表现出卓越的细胞外ATP检测性能为了开发一个遗传编码的ATP荧光探针,研究者首先系统地筛选了能够被ATP激活的G蛋白耦合受体(G protein-coupled receptors, GPCRs),包括人源的P2Y1、P2Y2、P2Y4、P2Y11、P2Y12和P2Y13等。以这些GPCRs作为支架,研究者将结构敏感的绿色荧光蛋白(circularly permuted enhanced GFP, cpEGFP)插入到这些受体结构中。其中hP2Y1在插入cpEGFP后表现出最佳的膜转运和对ATP的响应性,因此随后研究者选择了基于hP2Y1的嵌合体ATP0.1进行进一步优化,并且最终得到了对ATP荧光响应性最 好的ATP1.0。当ATP1.0在HEK293T细胞中表达时,它能够很好的被运输到细胞膜上表达,并对细胞外100mM的ATP产生一个~500%的dF/F0峰值。在特异性方面,ATP1.0对细胞外ATP的反应能够被P2Y1的拮抗剂MRS-2500阻断。ATP1.0对其它递质不会产生反应,包括谷氨酸、GABA、甘氨酸、多巴胺、去甲肾上腺素、血清素、组胺和乙酰胆碱等,对二磷酸腺苷(Adenosine Diphosphate, ADP)的反应与ATP类似,但是对于其它结构类似的嘌呤能分子或衍生物,如一磷酸腺苷、腺苷、二磷酸尿核苷等几乎不产生反应。ATP1.0的反应具有快速动力学的特征,其反应平均上升时间常数约为28 ms,平均衰减时间常数约为283 ms。在荧光强度上,ATP1.0被ATP激活时的亮度达到了直接表达hP2Y1-EGFP融合蛋白荧光强度的64%,并且ATP1.0在单光子激发下的光谱与EGFP相似,激发峰在500 nm,发射峰在520 nm。在与其它细胞外ATP分子探针的比较中,ATP1.0表现出更大的动态检测范围、更强的荧光反应、以及更低的信噪比。接下来,研究者探讨了ATP1.0在原代培养的星形胶质细胞和神经元中的表达能力以及反应性。ATP1.0能够广泛的表达到星形胶质细胞和神经元的细胞上,包括胞体、突起等部位。表达到星形胶质细胞和神经元上的ATP1.0对细胞外ATP均有较好的反应,其平均dF/F0峰值分别约为1000%和780%。此外,ATP诱导的荧光反应也能够被P2Y1、受体拮抗剂MRS-2500阻断。此外,与HEK293T中结果相似,神经元中表达的ATP1.0对ATP和ADP均有反应,但对一磷酸腺苷、腺苷、二磷酸尿核苷均无反应。更重要的是,ATP1.0在细胞表面非常稳定,在给予10mM 的ATP 两小时后,表达ATP1.0的神经元的荧光没有出现明显下降。综上所述,ATP1.0能够适用于多种类型的细胞,对细胞外的ATP产生高灵敏度、高选择性和高稳定性的荧光增强反应。2. ATP1.0可用于监测体外培养细胞外的ATP水平接下来,研究者测试了ATP1.0是否能够用于检测神经-胶质共培养细胞中内源性ATP的释放。在大脑中,机械刺激和细胞肿胀均能诱发胞内ATP被释放。在表达ATP1.0的细胞中,给予细胞机械刺激(利用玻璃微电极按压某个细胞),能够引起一个快速、局部增强的dF/F0信号,反映了ATP的释放。为了诱导细胞肿胀,研究者将细胞浸泡在低渗溶液(130 mOsm/kg)中;在1min内,dF/F0信号显著增加。并且在应用MRS-2500后,这两种刺激引起的反应都被完全抑制。研究者还发现,低渗刺激诱导的ATP释放可能不需要依赖经典的SNARE囊泡释放机制,因为细胞表达了破伤风毒素轻链(tetanus toxin light chain, TeNT,可以切割突触短肽并阻止胞外分泌过程),但是对低渗刺激诱导的反应没有影响;而作为对照,表达TeNT阻断了低渗刺激诱发的谷氨酸释放。除了刺激诱发的ATP释放外,研究者还观察到,即使在没有外部刺激的情况下,神经-胶质共培养细胞中也存在自发、局部、以及短暂的ATP1.0信号。在1.6mm2成像视野中,这些自发事件以1.2次/min的速率出现,其dF/F0的平均峰值约为210%。ATP自发释放的平均上升时间约为11s,衰减时间约为43s,其释放范围的平均直径约为32mm。为了确保ATP1.0信号反映了细胞外的ATP动态变化,研究者利用三磷酸腺苷双磷酸酶(ATP的水解酶)对细胞进行处理并成像,观察到三磷酸腺苷双磷酸酶能够显著阻断自发事件的发生。与以前的检测手段相比,ATP1.0具备更高的灵敏度,能够在普通条件下特异性的检测ATP的释放。3. ATP1.0可用于监测斑马鱼幼体中ATP的动态变化在证明了ATP1.0可用于体外ATP的检测后,研究者接着探讨了它是否可以用于监测体内(如斑马鱼中)ATP的动态变化。在斑马鱼幼体神经元中特异性地表达ATP1.0后,利用ATP局部处理会引起视顶盖中dF/ F0信号出现强烈的瞬时增加,这些信号能够被MRS-2500阻断。在验证了ATP1.0能够对外源ATP做出反应后,研究者进一步探讨了ATP1.0是否能够用于检测活斑马鱼内源性ATP的释放。ATP信号在促进小胶质细胞向损伤部位迁移中发挥关键作用。在表达ATP1.0的斑马鱼中,研究者发现激光消融诱导视顶盖损伤后会导致荧光增强,其反应从损伤部位向外呈放射状传播。损伤后11s和64s释放ATP的范围,其平均直径分别为~23mm和~34mm。接下来,研究者通过在斑马鱼的视顶叶中表达ATP1.0,同时监测ATP的释放和小胶质细胞的迁移,斑马鱼的小胶质细胞用红色荧光蛋白DsRed标记。研究者们发现,在激光消融后,小胶质细胞沿着ATP传播路径逐渐迁移到损伤部位。因此,ATP1.0非常适用于活体斑马鱼幼虫ATP监测,并且具有较高的时空分辨率。4. ATP1.0可用于监测小鼠全身炎症引起的ATP局部释放ATP是应对机体急慢性炎症反应的关键细胞外信使,但是在全身炎症期间ATP释放的模式还不清楚。研究者在小鼠腹腔注射细菌脂多糖(lipopolysaccharides, LPS)诱导全身炎症,并通过双光子显微镜来观察直接观察视觉皮层ATP1.0的荧光反应。注射LPS 24小时后,研究者观察到皮质内多次ATP局部释放事件,在记录的20min内,其发生频率约为5 – 10次/min。在星形胶质细胞中,ATP释放的上升时间相对较快(
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2022-12-14 14:26:52naica®微滴芯片数字PCR系统对韩牛分子标记物的准确评估
导读韩牛(Bos taurus coreanae)是一种驯化的哺乳动物,在韩国消费市场作为食物资源,其牛肉消费量远超其他品种,这种消费模式导致了区分韩牛和其他牛品种的分子研究的出现。不仅是牛,其他经济动物的不同品种在市场中的经济价值也存在较大的差异,所以准确进行种质鉴定势在必行。在之前的一项研究中,使用传统的PCR方法和Sanger测序验证确定了由TE关联缺失事件产生的韩牛特异性SV。它可以用作区分不同牛品种的分子标记(即韩牛与荷斯坦牛)。然而,PCR存在缺陷,每个样品都有各种最终拷贝定量。为了克服传统PCR的局限性,并准确评估先前研究中确定的韩牛特异性SV位点,檀国大学生物医学科学系联合畜牧研究所和檀国大学医学院,使用naica️®微滴芯片数字PCR系统对韩牛特异性SV位点进行了更为精确的检测,并将成果《Quantitative evaluation of the molecular marker using droplet digital PCR》发表在Genomics & Informatics杂志上。转座元件(TEs)约占牛基因组的一半。它们可以是一个强大的物种特异性标记,在基因组进化时没有结构变异(SV)的回归突变。因此,作者应用naica️®微滴芯片数字PCR系统对韩牛特异性SV进行准确的定量检测。虽然样品在韩牛群体中的等位基因频率变化较低,但naica️®微滴芯片数字PCR系统可以通过绝对定量进行高灵敏度检测,可以做到比PCR更准确的定量。所以naica️®微滴芯片数字PCR系统平台相比于传统PCR更适用于分子标志物的定量评价。应用亮点:▶  使用naica®微滴芯片数字PCR系统对韩牛特异性SV进行准确的定量检测。▶ dPCR测定在计数单分子和分析特定群体的少量拷贝时可以高精度地定量,与qPCR相比,具有更高的准确性。▶ 经过sanger测序,确定了naica️®微滴芯片数字PCR系统检测准确无误,且操作和成本均低于测序。▶ naica️®微滴芯片数字PCR系统适用于分子标志物的定量评价。实验方法:检测样本信息:共提取了五个棕色韩牛DNA和五个荷斯坦DNA作为实验样本。检测方法:为了更准确地检测韩牛特异性SV,将“Del_96”位点应用于naica️®微滴芯片数字PCR系统(Stilla Technologies)。进行naica️®微滴芯片数字PCR系统前确认韩牛和荷斯坦牛的DNA的浓度定量。FAM引物组和FAM探针用于检测韩牛和荷斯坦牛基因组。VIC引物组和VIC探针设计在韩牛特异性缺失(图 1B)。因此,FAM引物组和FAM探针(阳性对照)设计在所有牛DNA中检测。VIC引物组和VIC探针设计用于仅检测韩牛的荧光。▲图 1B实验结果:FAM染料在所有牛基因组中均被检测到,VIC染料仅在韩牛样品中显示出显著的检测。这表明所有韩牛基因组都包含特定的缺失序列(Del_96区域)。在韩牛样品中检测到VIC染料的信号平均浓度为243(copies/ μL)。虽然在荷斯坦样品中也检测到平均浓度0.12(copies/μL)的VIC染料信号,但这些信号相比韩牛可忽略不计。▲naica®微滴芯片数字PCR系统检测韩Del_96和荷斯坦样品之间区域的绝对拷贝数比较。浓度图在 X 轴上指示样品数,在 Y 轴上指示对数刻度条(拷贝/μL)。(A)在所有样品中检测到FAM荧光。韩牛样品的绝对拷贝数大约是荷斯坦样品的两倍。(B)仅在韩牛样品中强烈检测到VIC荧光。最后,文章Results and Discussion给出-数字PCR适合作为验证物种特异性标记的平台。综上,对于naica️®微滴芯片数字PCR技术,准确定量绝对拷贝数是一个关键特征,相比qPCR准确性更高,naica®微滴芯片数字PCR为本文的检测提供了有利的支持,也验证了这一特征。在不久的将来,通过将物种识别工具应用于naica️®微滴芯片数字PCR系统,它作为大样本量物种鉴定平台具有巨大潜力。所以naica️®微滴芯片数字PCR系统适合作为验证物种特异性标记的平台。期刊介绍:Genomics & Informatics是由韩国基因组组织发行的涉及农业和生物科学、生物化学、遗传学、分子生物学、健康信息学等领域的期刊。
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2022-04-29 12:54:04直播回顾 | 抽丝剥茧,超多重免疫标记解密肿瘤微环境之奥秘
4月20日上午,徕卡与转化医学网共同举办了网络研讨会——“抽丝剥茧,超多重免疫标记解密肿瘤微环境之奥秘”。徕卡生命科学部的高级应用专员刘继红和Cell DIVE应用科学家Michael Smith为广大观众揭示了CELL DIVE 超多重标记解决方案如何轻松应对复杂的肿瘤微环境,为临床肿瘤的研究和治 疗提供了优秀的研究工具。Indica Labs应用科学家赵永田重 点介绍了在HALO中对获取的Cell DIVE图像的处理、分析步骤以及如何进行高纬的空间生物学分析,用以了解肿瘤微环境中肿瘤细胞和免疫细胞的相互作用关系对研究肿瘤免疫应答的作用机制。01CELL DIVE使用的抗体是开放的吗?有大约多少种经过验证的抗体?A:CELL DIVE 的抗体是开放的,有350种以上的抗体经过验证的抗体可以使用。02CELL DIVE可以在临床上用吗,是否有注册证?A:目前没有注册证,正在申请中。03这个平台的检测联系哪位呢?A:可以联系Leica公司各地的应用支持和销售。04这个染色是仪器自动染色吗?A:可以手动染色也可以和自动染色仪联用自动染色。05哪个实验室可以检测?A:Leica公司有DEMO机,可以提供一定的演示。06成像是全片还是一个视野?A:成像仪可以选择全片成像或者选取一个或多个视野成像。07怎样避免非特异性染色 ?核阳性的和胞浆包膜可以随意搭配吗?A:首先要选择特异性好的抗体,我们抗体库的抗体都是经过验证的抗体。细胞核阳性和胞浆包膜理论上可以自由搭配。08每一轮染完了,除了染料失活,是不是还需要去除一抗?A:每一轮染色成像完成,染料失活 不需要去除一抗。09CELL DIVE是不需要摸索一抗浓度的吗,固定的protocol会不会造成有的组织染不出来有的组织却染色过强?A:徕卡的protocol适用于绝大多数的组织,有些组织的某个marker 表达特别高或者特别低,可能需要修改抗体浓度。10抗体是什么方法学检测标记?除了主讲人介绍的荧光滤镜,能否使用其他的荧光标记和滤镜?A:抗体验证时参照同样marker的免疫组化的结果;为了减少串色的发生,我们推荐使用Cy2、Cy3、Cy5、Cy7光谱基本相同的染料标记。11成像也是设备自动化进行的吗?A:成像时设备自动进行的,但是可以在拍照前根据样本的染色情况进行优化。12Did you find any nonspecific staining while utilizing the different CD markers for immune cells?(Michael Smith)A:The Cell DIVE solution comes with a list of 350+ antibodies that have been validated for use with the workflow, and for specificity and sensitivity. For antibodies that are not used from the list, we provide details on a three part antibody validation process that also ensures that antibodies used are specific. In the case of residual nonspecific signal, this is likely removed by the autoflourescence imaging and removal of that signal that occurs at every round. So, in our hands, nonspecific staining is minimized at the level of antibody quality control and the image processing that the software performs.13关于细胞间邻近距离的分析,我们如何设定所计算的距离范围?A:关于细胞间邻近距离的分析,所定义距离的范围目前还没有相应的标准。考虑到不同细胞亚型的相互作用,不同免疫细胞亚群之间邻近距离的设定可能需要不同的标准。在分析中,HALO可以对距离进行设定,并按照不同的区间(例如0~5μm,5~10μm,10~15μm……)给出邻近细胞的数量和密度。分析中先进行预分析,根据不同距离范围内免疫细胞的密度和临床信息进行相关性分析。再把确定的距离应用到所用的样本切片中。14在分析过程中,我们可以选择局部视野进行分析吗?还是仅能对全组织切片进行分析?A:分析中,我们建议针对全景组织切片进行分析,但HALO也可以定义ROI区域进行选择性的视野进行分析。这两种分析方法在HALO里都可以实现的。
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