Waters Xevo? MRT采用多反射超高分辨率飞行时间(MRT)技术可在较宽的m/z范围内提供始终如一的质谱分辨率和优异的质量精度,即使采集速率高达100 Hz,Xevo MRT质谱仪也能实现高达100,000 FWHM的质量分辨能力与<500 ppb的质量精度。本实验基于Xevo MRT MS成功开发出6 min短梯度高采集速率的方法,凭借该系统超高的质谱分辨率与快速采集能力,相较传统10-20 min的代谢组学采集方法,在保证检测质量不受影响的同时,显著提升了检测效率,为大队列样本的高通量代谢组学研究提供了解决方案。
图1. Xevo MRT MS外观及结构示意图。
样品前处理
血清样品取样50 pL,加入200 pL预冷的乙腈,振荡10 min;12,000 rpm,4度下离心10 min;取上清液100 pL,用于LC-MS分析。
组织样品及粪便样品取样30 mg,放入钢珠研磨30 s,加入300 pL预冷的80%乙腈,振荡10 min;12,000 rpm,4度下离心10 min;取上清液100 pL,用于LC-MS分析。
实验条件
液相色谱条件
液相系统:
ACQUITYTM Premier UPLC System
色谱柱:
ACQUITY UPLCTM HSS T3(2.1x 50 mm, 1.8 μm)
流动相A:
0.05% 甲酸水
流动相B:
乙腈
柱温:
40 ℃
样品室温度:
10 ℃
进样量:
1 μL
梯度:
详见下表
质谱条件
质谱系统:
Xevo MRT MS
采集模式:
DDA, Top 20
动态排除设置:
Acquire and then exclude for a duration of 2 s
采集范围:
m/z 50-1,200
MS采集范围:
20 Hz
MS/MS采集速率:
50 Hz
离子化模式:
ESI+/ ESI-
离子源温度:
120 ℃
脱溶剂气温度:
550 ℃
毛细管电压:
0.8 kV
锥口电压:
20 V
锥口气流速:
100 L/hour
脱溶剂气流速:
1,000 L/hour
数据处理软件
使用waters_connect?软件进行数据采集,在waters_connect的MS Toolkit应用程序中将数据进行可视化,并通过MARS组学软件(Mass Analytica)进行数据处理,使用人类代谢组数据库(HMDB)进行化合物鉴定。
实验结果
①
样品BPI叠加图展示:下图为小鼠粪便样本重复6针进样对应的BPI图,其色谱分离度良好,且谱图重叠性高,表明该方法具有良好的重现性,适用于大队列组学研究。
图2. 人粪便样本BPI图。
②
特定离子色谱图和质谱图展示:本实验使用50 mm的短柱结合0.5 mL/min较高的流速进行数据采集,色谱峰较窄,其中以利血平正离子m/z 609.2807@2.78 min为例,其色谱峰宽5 s左右,可以采集到10个点,见图a; 提取实际样本中利血平连续6针的EIC图,其谱图叠加良好,RSD=2.37%,满足相对定量的要求,见图b;为实现上述定量采点数的需求,采用较高的质谱采集速率(MS 20 Hz, MS/MS 50 Hz)进行数据采集,其中利血平对应的MS和MS/MS谱图见图c,其母离子对应的分辨率在8万以上,显示出Xevo MRT MS超高的质谱分辨率且不受采集速率的影响。
图3a. 利血平正离子EIC图。
图3b. 连续6针进样利血平重现性。
图3c. 利血平MS及MS/MS谱图。
③
样品MS/MS谱图展示:Xevo MRT MS的高灵敏度和采集速度,可以提供足够多高质量的MS/MS谱图,用于后续的鉴定;如下图所示,样品在约0.01 min的时间窗口内(2.766-2.775 min)可以采集到18张MS/MS谱图,单针6 min的检测时长,可以采集到接近10, 000张MS/MS谱图。
图4. 样品MS/MS谱图展示。
④
峰提取结果查看:使用MARS组学软件进行数据处理,共提取到13,710个化合物,其中6,565个化合物得到MS/MS,MS/MS覆盖率接近50%。
图5. MARS组学软件峰提取结果。
⑤
数据过滤及化合物鉴定:可以选择对上述数据进行过滤(MS/MS过滤,空白过滤),使用HMDB数据库进行搜库鉴定(包含217,753个化合物,50,412张MS/MS),最终有4,915个化合物可得到鉴定结果,其中质量偏差在2 ppm以内的化合物有3,623个;其中以离子m/z 203.0825@1.53 min为例, 鉴定结果为色氨酸,它常被视为肠道菌群代谢活性的特征代谢物之一,其质量偏差为300 ppb。
图6. 使用HMDB数据库搜索后得到的鉴定结果。
⑥
分别使用三种不同的采集方法对小鼠的心、肝、脾、肺、肾、血清、粪便样本进行测试,具体采集参数见下表,可以看到三种方法对于各类型样本的代谢物检出数量均在1,000+以上(化合物均包含MS/MS, 质量偏差在2 ppm以内);其中相比传统的12min_top10方法,使用6min_top20的方法整体获得了更优的检出数量,表明Xevo MRT具有相当高的灵敏度和扫描速度,适用于创建短梯度、高采集速率的方法,是高通量代谢组学的研究的有力工具。
表1. 三种采集方式各自对应的参数。
图7. 不同类型生物样本在三种采集方法下代谢物的鉴定数量。
实验结论
本实验采用ACQUITY Premier UPLC-Xevo MRT MS进行DDA模式采集,结合代谢组学软件对小鼠不同类型样本进行代谢组学分析:
01
Xevo MRT MS采用多反射超高分辨率飞行时间(MRT)技术可在相当高的扫描速度下提供始终如一的质谱分辨率:采用MS 20Hz, MS/MS 50Hz进行数据采集,小鼠粪便样本连续6针进样谱图叠加良好,其中以利血平正离子m/z609.2807@2.78 min为例,其一级和二级母离子对应的分辨率皆在8万以上,且6针RSD=2.37%,满足相对定量要求;
02
Xevo MRT系统的高灵敏度、采集速度和质量精度,保证了MSMS覆盖率和化合物鉴定数量:使用DDA Top20进行采集,单针6 min的检测时长,可以得到接近10,000张MS/MS谱图;使用Mars组学软件进行数据处理,小鼠粪便样本可以提取到13,710个化合物,其中6,565个化合物得到MS/MS,MS/MS覆盖率接近50%;使用HMDB数据库进行搜库,最终有3,623个化合物可得到鉴定结果;
03
使用三种不同的采集方法对小鼠不同类型样本进行测试,代谢物检出数量均在1,000+以上;其中使用6min_DDA Top20的方法整体获得了更优的检出数量(代谢物均包含MS/MS谱图且母离子质量偏差<2ppm)表明Xevo MRT MS具有相当高的灵敏度和扫描速度,可创建短梯度、高采集速率的方法,高效支持大队列样本的高通量代谢组学研究。
参考文献
[1] MARS: A Multipurpose Software for Untargeted LC–MS-Based Metabolomics and Exposomics.”Analytical Chemistry 96.4(2024):1468-1477
[2] Goracci, Laura , et al. “Lipostar, a Comprehensive Platform-Neutral Cheminformatics Tool for Lipidomics.” Analytical Chemistry (2017):acs.analchem.7b01259.
[3] Gall, Le , et al. “Metabolomics of fecal extracts detects altered metabolic activity of gut microbiota in ulcerative colitis and irritable bowel syndrome.”.
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