cfDNA 甲基化测序：选酶法转化还是 BS 转化？一篇文章讲透

DNA 甲基化作为表观遗传学研究的核心领域，是疾病早筛、液体活检、法医学分析等方向的重要分子标记，而DNA 甲基化转化是甲基化检测的关键前置步骤。数十年来，亚硫酸盐转化（BC）一直是该领域的 “金标准”，但面对 cfDNA（游离 DNA）、法医样本这类低质量、低浓度的珍贵样本，其化学处理带来的 DNA 降解问题始终难以解决。

近年来，酶法转化（EC）的出现为这一痛点提供了新的解决方案，凭借温和的酶促反应从根本上减少 DNA 损伤，成为低质量样本甲基化分析的热门选择。但两种方法究竟孰优孰劣？不同研究场景该如何选择？

2025 年，Simons 等人在《Clinical Epigenetics》发表的最新研究，首次利用自研的 qBiCo 多重 qPCR 检测法，对目前主流的 BC 和 EC 试剂盒进行了系统性、独立的性能基准测试，从转化效率、DNA 回收率、片段化程度三大核心维度展开全面对比，还针对 cfDNA 这类降解样本的适配性进行了专项验证，为甲基化研究的方法选择提供了最具参考价值的实验数据。

亚硫酸盐转化（BC）的原理是通过强酸强碱的化学处理，将未甲基化的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），而甲基化胞嘧啶（5mC）因结构稳定保持不变，后续通过测序即可区分甲基化状态。这一方法技术成熟、认知度高，成为甲基化分析的经典方案，但同时存在三大固有缺陷：

    ?  DNA 片段化与丢失严重；

    ?  对起始DNA 量要求高； 

    ?  导致序列复杂度降低。

为解决这些问题，酶法转化（EC）应运而生。其核心是通过两步酶促反应实现甲基化区分：

??优势：DNA 回收率高、输入范围广、成本低、技术成熟；

?劣势：强化学处理导致 DNA 严重片段化、对预降解 DNA 耐受性差、回收率存在系统性高估；

适用场景：高浓度、高质量的完整 DNA 样本，对成本敏感、需高回收率的实验。

??优势：温和酶促反应，DNA 片段化程度极低、对降解 DNA（游离 cfDNA、法医样本）能保持其完整性；

?劣势：回收率低、成本高、两步纯化繁琐；

适用场景：低质量、预降解的 DNA 样本（如 cfDNA、法医样本、FFPE 样本），对成本不敏感。

针对酶法转化这一甲基化研究的主流趋势，翌圣生物依托自主 ZymeEditor 酶改造及发酵纯化工艺平台，深耕酶法转化核心原料研发多年，不仅国内首家推出适配 TAPS 转化的高活性 TET2.0 酶（12212ES），转化率突破 90%，还开发出氧化效率≥99% 的 TET/T4-BGT 酶、脱氨效率≥99% 的 APOBEC 酶等全套酶法转化核心试剂(12213ES)，完美适配 EM-seq、TAPS 等主流酶法转化技术，在保证转化效率的同时，实现对 DNA 样本的低损伤处理，尤其适配 cfDNA、FFPE 等降解珍贵样本。

基于在甲基化领域的全链条技术积淀，翌圣生物更打造了一站式甲基化建库整体解决方案，实现从核酸提取、甲基化专属打断、化学 / 酶法双路径转化到单 / 双链建库的全流程覆盖：从高效提取各类样本高纯度 DNA 的核酸提取试剂盒，到精准保留甲基化位点、低损伤的 Hieff?mathyShear 甲基化片段化酶(12218ES)，再到转化率超 99.5% 的亚硫酸盐转化试剂盒(12229ES)与全套酶法转化试剂，搭配适配 Illumina/MGI 平台、支持低起始量的甲基化单(12226ES) / 双链建库试剂盒(12214ES)，辅以耐 U 高保真扩增酶、分选磁珠等配套产品，全方位兼容化学 / 酶法转化测序流程，为 cfDNA 液体活检、FFPE 样本分析、单细胞甲基化研究等各类表观遗传研究场景，提供稳定、高效、高性价比的实验工具，一站式赋能甲基化研究全流程。