探索未至之境 | ZenoTOF 8600进行单细胞水平深度蛋白质组学分析

如图1所示， 总结了250 pg和500 pg两种上样量的 K562 酶解样品中蛋白和肽段的鉴定和定量结果，在单细胞水平250 pg上样量条件下，重复采集三针，鉴定出超过4,900个蛋白和35,000条肽段，其中大约 70% 的蛋白（>3,400） 和 54% 的肽段（>19,000）定量结果CV <20%。将上样量增加到 500 pg，蛋白鉴定数超过5,500，肽段鉴定数超过43,000，同样，定量结果上，70% 的蛋白和 56% 的肽段 CV <20%。

图2显示了ACTG_HUMAN蛋白的代表性肽段AVFPSIVGR 的谱图，上图是三针重复进样的y6碎片离子的提取离子流色谱图（XIC），下图是250 pg和500 pg上样量下的相应MS/MS谱图。可以看到，即使在低上样量下，信号强度、重现性和MS/MS谱图质量也很高。当样品上样量从250 pg增加到500 pg时，观察到XIC峰高、峰面积和MS/MS碎片离子强度明显增加了两倍。这些结果凸显了 ZenoTOF 8600 系统上 Zeno SWATH DIA 的灵敏度和准确度，表明了其适用于低上样量样品或单细胞蛋白质组学应用。

本文介绍了使用 ZenoTOF 8600系统进行单细胞水平的定量蛋白质组学工作流程，该方法利用高灵敏度的Zeno SWATH DIA数据采集，使用纳升液相分离，能够以每天40个样品（SPD）的通量从250 pg的人细胞样品中鉴定超过4,900个蛋白和35,000条肽段。ZenoTOF 8600 系统的高灵敏度有助于从单细胞水平皮克样品量中发现和定量可靠的生物标志物，使其成为单细胞蛋白质组学应用的理想平台。

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