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手工测序以及自动测序均属于DNA序列测定,手工测序可分为maxam-gilbert化学降解法与sanger双脱氧链终止法,事实上,目前dna序列分析的主流是自动测序。373型、377型、310型、3700和3100型等多种型号DNA测序仪均已经被美国pe abi公司生产出来了,在这几款DNA测序仪中,临床检测实验室使用Z多的一种型号要属310型。
操作步骤
一、pcr测序反应
1、取0.2ml的pcr管,用记号笔编号,在颗粒冰中插上pcr管,将2μl 灭菌去离子水、1μlm13(-21)引物、1μl 待测dna的正向引物、1μl pgem-3zf (+) 双链dna、1μl 待测的质粒dna、1μl bigdye mix加入,轻矿物油或石蜡油不添加,将pcr管盖紧,用手指弹管混合均匀,稍稍离心。
2、在2400型或9600型pcr仪上放上pcr管进行扩增,在98℃下变性两分钟之后进行pcr循环,60℃4min、50℃ 5s以及96℃ 10s为pcr的循环参数,经历25个循环,在完成扩增以后将温度设置为4℃保温。
二、使用醋酸钠/乙醇法对pcr产物进行纯化
1、离心混合物,往1.5ml ep管中转移入扩增产物。
2、将醋酸钠/乙醇混合液 25μl加入,充分振荡,放到冰上10分钟来使得dna沉淀。12000r/min在4℃条件下离心半个小时,仔细弃上清。
3、将50μl70%(v/v)的乙醇加入,进行2次洗涤沉,12000r/min在4℃条件下离心5分钟,仔细弃上清以及管壁的液珠,再经过10到15分钟的真空干燥沉淀。
三、电泳前处理测序pcr产物
1、在离心管中将12μl tsr加入,剧烈振荡,,使其充分溶解,沉淀dna,稍稍离心。
2、往盖体分离的0.2ml pcr管中转移入溶液,稍稍离心。
3、热变性(95℃ 2min)在pcr仪上进行,在冰中迅速降温,等待上机。
四、将彩色测序图谱分析或打印出来
毛细管根据仪器操作说明来进行安装,校正毛细管位置,人工手动灌胶和将运行的测序顺序文件建立。仪器将往毛细管中自动灌胶,1.2kv预电泳5分钟,根据编程次序自动进样,再预电泳(1.2kv,20min),在7.5kv下电泳两个小时。完成电泳以后,仪器会自动清洗,灌胶,进下一样品,预电泳和电泳。两个半小时为每一个样品电泳总时间,仪器会在完成电泳以后将彩色测序图谱分析或打印出来。
五、序列分析
仪器能够进行自动序列分析,并且能够按照用户要求进行序列比较。
六、清洗与保养仪器
清洗与保养工作在根据操作规程对仪器测序完毕以后进行。
现状和意义
在业外人士眼里,DNA测序足以成为“一项新技术衍生出一个新行业”的典范,非常的高科技,国内外VC和PE视之为宠儿,其在相当短旳时间内得到了非常迅猛的发展。它十年后的发展蓝图还没有人能准确描绘出来,由此可见其的发展速度的快速。所有预测相对于日新月异的DNA测序技术来说均会显得保守。
有50余个研究小组在威康信托基金会中,其是英国Zda的生物医学资助机构之一。双向障碍病、冠心病、克罗恩氏病、风湿性关节炎、高血压以及I型糖尿病和II型糖尿病等多疾病的基因的筛查这一项颇具野心的庞大计划和挑战由他们在过去的几年开展了。有24处与上述7种疾病相关的位点通过对1.7万名英国人的SNPs筛查分析,在基因组中被找到,有10个致病基因在II型糖尿病的筛查中被找到和证实。
从前将致病相关基因从数万个人类基因中筛选出来犹如大海捞针。为了对这个基因究竟在何处想方设法的定位,科学家需要对同一个家族的多位患者的标本进行获取。设计高通量药物,致病或抑病基因的鉴定、疾病易感人群的筛查甚至个性化YL由于具备了如今快速测序技术和SNPs这个强有力的工具而不再是需要向往的事。
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