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手工测序以及自动测序均属于DNA序列测定,手工测序可分为maxam-gilbert化学降解法与sanger双脱氧链终止法,事实上,目前dna序列分析的主流是自动测序。373型、377型、310型、3700和3100型等多种型号DNA测序仪均已经被美国pe abi公司生产出来了,在这几款DNA测序仪中,临床检测实验室使用Z多的一种型号要属310型。
电泳
1. 预电泳
(1)在完全聚合凝胶以后,将鲨鱼齿梳拨出,翻转梳子,在凝胶中插入有齿的一头,使加样孔形成。
(2)立即在测序凝胶槽中固定胶板,通常测序凝胶槽的上下槽是分开的,所以,只有将凝胶板固定好以后,才可以将TBE缓冲液加入。
(3)对10×TBE缓冲液进行稀释变成1×TBE,在上下二个电泳槽中加入该缓冲液。将产生的气泡去除,将电源接上,对预电泳进行准备。
(4)如LKB的Macrophor等电泳槽是使用水浴加热的,那么预电泳之前需要先加热水浴至55℃,一些保温是依靠电泳过程中自身产生的热而不是通过水浴加热。
(5)利用30 V/cm的电压预电泳20~30min,将凝胶的杂质离子去除同时使凝胶板达到所需的温度是预电泳的目的,高温电泳会对GC丰富区形成的发夹状结构加以避免,会对测序的结果产生影响
2. 制备样品
样品的制备在预电泳时就能够进行,在沸水浴中加热反应完毕的样品1~3min,马上放入冰中就行。如果长时间没有对样品进行使用,那么就应当重新处理。能够使用4~6%聚丙烯酰胺凝胶,胶厚0.4 mm。信号太弱可能是由厚度小于0.4 mm引起的。在加样的时候,没有必要将上层覆盖的矿物油吸去,然而需要对矿物油下的蓝色样品小心地进行吸取。
3. 上样及电泳
将电泳仪关闭,样品孔用移液枪吸缓冲液进行清洗,将在预电泳时扩散出来的尿素去除掉,然后马上用毛细管进样器对样品进行吸取,在样品孔中加入,G、A、T、C通常为上样顺序,在结束加样以后,马上电泳。开始可用30 V/cm进行电泳,5分钟后可提高至40~60 V/cm,并保持恒压状态。通常而言,在2500 V恒压状态下将一个55 cm长,0.2 mm厚的凝胶板电泳2h就能够走到底部,同时能够稳定地在电泳过程中将电流从28 mA降至25 mA,能够采用两轮或多轮上样以便使得更长的序列被读到。
当今世界,如果要评说哪个地方会诞生传奇,那么必定是高科技领域,从前DNA测序还作为一个前沿技术令人高山仰止,如今却成为一个生命科学常规技术,迅速地得到普及,目前为止,能够和电脑芯片运算能力增强的速度相媲美的也就只有DNA测序成本下降的速度,DNA测序的发展除了在降低成本方面得到了体现,还在高通量测序大幅度提高了工作效率方面得以表现,其铺平了DNA测序产业化的道路。
Z大的基因组测序及研究应用ZX之一位于深圳的华大基因研究院,华大基因承担了人类基因组计划1%的工作任务,之后又对国际HAPmap计划进行了参与与完成,并且将叫做“炎黄一号”di一个ZG人也是di一个亚洲人的基因组测序完成了。
在DNA测序商业化的浪潮下,完成5个以上有重大经济价值的基因或蛋白的转化应用、约500个新的功能基因的发现,10000种微生物、100种动植物基因组测序等目标在我国《生物产业发展“十二五”规划》中被提出。根据30-50万元为微生物进行“基因组完成图”测序的大致费用而言,千亿元级别为DNA测序带来的市场容量,其还只是DNA测序商业应用市场的冰山一角。
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